Стол по певзнеру: Лечебные столы (диеты) № 1-15 по Певзнеру: таблицы продуктов и режим питания

15 диет по Певзнеру, виды питания при заболеваниях

Лечебные столы Певзнера – диетические рационы питания, составленные под конкретное заболевание, направленные на активизацию оздоровительного эффекта лечения и облегчение процесса протекания болезни.

Лечебные столыЛечебные столы

Основы лечебного питания по Певзнеру

Лечебные диеты – великая разработка советского профессора Мануила Исааковича Певзнера. Каждая из диет называется столом и имеет свой порядковый номер. Основоположник гастроэнтерологии и диетологии уверен, что питание играет одну из главных ролей в процессе лечения человека. Высокая эффективность столов по Певзнеру каждый раз подтверждается на медицинской практике – такое питание внедрено во всех лечебно-профилактических учреждениях и санаториях.

Питание столов разрабатывалось не просто исключением жаренной острой пищи, учитывалась физиология человека и биохимия усвоения различных веществ организмом.  Лечебные диеты по Певзнеру подразумевают собой список разрешенных продуктов, режимы приема пищи и объемы порций, технологии кулинарной обработки и температуру еды при подаче. Отхождение от рекомендаций диеты может привести к обострению заболевания.

Разработано 15 основных лечебных столов, некоторые из которых делятся на подпункты, обозначаемые буквами. Они предполагают более строгий режим питания для конкретного случая или наоборот, диету, подводящую к обычному рациону.

Лечебные диеты по Певзнеру №1-15 решают множество медицинских задач от коррекции метаболизма при диарее до очистки мочевыводящей системе при почечнокаменной болезни. Если у человека сочетается сразу два заболевания, ему необходимо соблюдать принципы сразу двух диет.

Полный список столов №1-15

Питание поделено не на полезное и вредное, а на подходящее и неподходящее для конкретного случая. Например, при некоторых заболеваниях рекомендуемы к употреблению «вредные» с точки зрения правильного питания белый хлеб и молочные супы, но это сделано для того, чтобы не раздражать ЖКТ. Именно поэтому «Универсальной диеты по Певзнеру» не существует – для каждого заболевания составлен свой список продуктов.

Лечебные столы №1-15

Лечебные столы №1-15

Стол № 1

Применяется при язвенной болезни (желудок и 12-перстая кишка) на протяжении полугода. Цель стола – максимально ограничить механическую, термическую и химическую агрессию на желудок. Суточная норма БЖУ: 100 г белков, 200 г жиров и практически 500 г углеводов, которые реализовываются при энергетической ценности в 3200 калорий. Запрещаются медленно переваривающиеся и бродящие в желудке продукты. Питание состоит из овощных перетертых супов, молока, котлет на пару, говяжьего языка и белого хлеба, потерявшего свежесть. Из сладостей можно кушать пастилу мед, смузи из фруктов и ягод.

Стол № 1а

Применяется при начальной стадии острого гастрита, язвенной болезни, состоявшегося кровотечения и иных заболеваниях, нуждающихся в щажении желудка. Состав стола подгоняется под энергетическую ценность в 2000 калорий, где 100 г – жиры, 80 г – белки, 200 г – углеводы. Шестиразовое дробное питание включает в меню молоко, яйца, ягоды и фрукты.

Стол № 1б

Предусматривает менее жесткое щажение, нежели стол № 1а. Диета уместна при заболеваниях желудочно-кишечного тракта на завершающем этапе, когда хронический гастрит или язвенная болезнь затихает. Суточная калорийность стола – 2600 калорий, где на белки и жиры приходится по 100 г, а углеводы употребляются в размере 300 г. Меню аналогично тому, что при диете № 1а, только добавляются каши в перетертом виде и сухари из цельнозернового хлеба.

Стол № 2

Назначается при хронических гастритах с пониженной кислотностью, колитах без обострений, энтеритах и хронических стадиях энтероколитов. Суточная калорийность стола 3000 калорий, где по 100 г белков и жиров, 400 г углеводов. Рекомендуемо паровое меню, в котором будут присутствовать фруктовые и овощные блюда, постные супы, сухари из белого хлеба, кисломолочные продукты, какао. Употребление копченого, соленого и сладкого стоит ограничить. Копченья, жирные сорта мяса, красная рыба, шоколад и сдобная выпечка не должны присутствовать в рационе.

Стол № 3

Применяется при заболеваниях кишечника хронического характера, которые сопровождаются атоническими запорами. Диета подразумевает употребление большого количества углеводистой пищи до 600 г, в то время как белки и жиры сокращаются до 110 г. Суточная калорийность стола – 4000 калорий. В разрешенное меню входить все продукты, богатые клетчаткой. Под запрет попадают продукты, обладающие закрепляющим эффектом. Это макаронные изделия, сдоба, шоколад, рис, крепкий чай, кисель и виноград.

Стол № 4

Диета показана при заболеваниях кишечника, которые сопровождаются поносами: дизентерией, хроническим колитом и гастроэнтеритом в стадии обострения. Энергетическая ценность стола – 2000 калорий, где 250 г углеводов, 100 г белков и 70 г жиров. Питание состоит из каш на воде и постных слизистых супов, парового мяса, белого хлеба, крепкого чая и кофе. Из меню исключаются блюда, увеличивающие перистальтику кишечника: кисломолочные продукты, сдобная выпечка, газированные напитки, свежие фрукты. Продолжительность стола минимальна (2-3 дня) с последующим переходом на стол № 2 или № 5а.

Стол № 4а

Рекомендуется при колитах с преобладанием процессов брожения. Энергетическая ценность стола урезается до 1600 калорий, где 140 г – углеводы, 120 г – белки и 50 г – жиры. Диета длится пару дней, во время которых ограничиваются все продукты, раздражающие кишечник и усиливающие процессы брожения в нем.

Стол № 4б

Приемлем при хронических и острых заболеваниях кишечника в стадии затухающего брожения при сочетании с заболеваниями желудка, поджелудочной железы, печени и желчевыводящих путей. Общий калораж стола довольно высокий – 3100 калорий, где белков и жиров по 100 г и углеводов около 400-450 г. Питание должно иметь вид паровых или отварных блюд. Суточная норма свободной жидкости – 1,5 литра. Ограничение по использованию поваренной соли – 8 грамм. Запрещаются все продукты, усиливающие глинистые и бродильные процессы в кишечнике. Дробное питание разделено на шесть приемов пищи за день.

Стол № 4в

Рекомендуем после острых заболеваний кишечника в сочетании с заболеваниями поджелудочной железы. Целью стола стоит ограничить рацион от механических и химических раздражителей ЖКТ и плавно перевести пациента из диетологического к классическому питанию. Общая калорийность, список разрешенных и запрещенных продуктов у стола № 4 идентично столу № 4б.

лечебные столы менюлечебные столы меню

Стол № 5

Назначается при заболеваниях желчных путей и печени, хронических гастритах и колитах с возможными запорами. Целевое назначение стола – щажение функций печени, разгрузка холестеринового и жирового обмена, активизация работы кишечника в его привычном режиме. Химический состав стола: 100 г белков, 70 г жиров, 50 г углеводов. Питание стола направлено на употребление овощных салатов, нежирных сортов мяса и рыбы, молочных продуктов. Еда ни в коем случае не должна быть холодной. Запрещается употреблять жирные блюда, сало, пряности, консервы, свежую выпечку, сливки, масло и черный кофе.

Стол № 5а

Используется при заболеваниях печени, желчного пузыря и желчевыводящих путей на стадии обострения, при их возможном сочетании с гастритом или колитом. Стол № 5а – переходное питание после стола № 4. Эта диета минимизирует механическое раздражение желудка и кишечника путем исключения из меню грубой растительной клетчатки, в остальном другом же ее принципы совпадают с принципами стола № 5.

Стол № 5п

Назначают исключительно при хроническом панкреатите. За счет резкого ограничения в жирах, белках животного происхождения и углеводах, суточных калораж вписывается всего в 1800 калорий. В отношении витаминного и минерального состава диета должна быть полноценной. Химический состав стола: 200 г углеводов, 80 г белков и 55 г жиров. Суточное потребление свободной жидкости – 2 литра, поваренной соли – 10 г. Все продукты, усиливающие секрецию пищеварительных соков и вызывающие вздутие живота недопустимы к употреблению. Меню должно состоять из паровых и отварных блюд полужидкой консистенции.

Стол № 6

Применяется при подагре и почечнокаменной болезни с образованием камней из солей мочевой кислоты. Целью стола – нормализовать функциональную работу кишечника и разгрузить пуриновый обмен в организме. Химический состав рациона состоит из 100 г белков, 110 г жиров и 400 г углеводов. Питание варьируется в суточном диапазоне калорий от 2700 до 35000. Меню больного должно содержать продукты, обделенные пуринами. Это овощи, фрукты, сало, сахар, варенье, крупы, яйца, молоко. Из суточного рациона необходимо исключить мясные супы, лук, копчености, кофе, шоколад и какао.

Стол № 7

Назначается при хронических и острых нефритах и предусматривает умеренное щажение функций почек. Стол № 7 является переходным вариантом меню от стола № 7б до повседневного питания. Энергетическая ценность рациона около 3000 калорий, из которых 430 г – углеводы, 100 г – жиры и 80 г – белки. Во время лечения меню должно состоять из кефира, молока, нежирной рыбы, овощных супов, винегретов, несоленого сливочного масла, томатных соусов, белого хлеба и отвара шиповника. Запрещаются острые и соленые блюда. Они мешают выводить жидкость из организма. Только по усмотрению врача поваренная соль может выдаться для самостоятельного подсаливания блюд в размере не больше 5 г за сутки.

Стол № 7а

Поможет при тяжелых формах почечной недостаточности и нефрита. В список ее обязанностей входит повышение мочеотделения, разгрузка белкового обмена и максимальное щажение почек. Суточный калораж укладывается в 2000 калорий, среди которых 350 г углеводов, 60 г жиров и 25 г белков. Больному организовывается пятиразовый постельный режим питания. За период не более 10 дней исключается потребление поваренной соли, бобовых культур, экстрактивных веществ, мяса и рыбы всех сортов.

Стол № 7б

Применяется при хронических нефритах почек или после стола № 7а в стадии затихания острого воспалительного процесса в почках. Задачи диеты – увеличить количество отделяемой мочи, организовать щажение паренхимы почек и организовать противовоспалительный процесс. Отличие стола № 7б от № 7а в небольшом увеличении суточного калоража до 2400 калорий, добавлении в меню каш, нежирного рыбы и мяса в отварном виде (не более 50 г) и молочных супов.

Стол № 7г

Соблюдается при термальном состоянии хронической почечной недостаточности, то есть при нахождении на аппарате искусственной почки. Общий калораж стола 3000 калорий, который набирается 450 г углеводов, 11 г жира и 60 г белка. Меню диеты состоит из отварных несоленых блюд. Количество суточного потребления поваренной соли 1-2 грамма, свободной жидкости – 0, 5-0,7 литра.

Лечебные столы калоражЛечебные столы калораж

Стол № 8

Применяется при ожирениях различных степеней. Меню стола должно иметь заниженную калорийность от 2000 до 2400 калорий, где 300 г углеводов, 110 г белков и 65 г жиров. В рацион стола должны входить нежирные сорта мяса или рыбы, овощные супы, фрукты и ягоды, кроме бананов и винограда, хлеб из муки грубого помола, но не больше 200 г в день. Исключаются все сладкие, жирные и высококалорийные блюда, пряности и специи, которые возбуждают вкусовые рецепторы.

Стол № 9

Показан для больных сахарным диабетом с подбором точных доз инсулина. Цель стола – ограничить потребление углеводов. Под запрет попадает виноград, изюм, бананы, варенье, сладкие соки и газированные напитки, содержащие сахар. Также нельзя злоупотреблять солеными и маринованными овощами, мясными и кулинарными продуктами высокой калорийности. Калораж стола 2300 калорий, где 250 г углеводов, по 120 г белков и жиров. Питание состоит из продуктов, богатых клетчаткой и белками: ржаного хлеба, куриного мяса без шкурки, яиц, винегретов, овощей, фруктов кислых сортов, гречневой каши, несладких чая и кофе.

Стол № 10

Применяется при заболеваниях сердечно-сосудистой системы с недостаточностью кровообращения. Это полноценная диета с ограничением употребления жидкости (1,5 литра) и поваренной соли (5 г).  Калораж стола – 3000 калорий, среди которых 400 г углеводов, 80 г белков и 70 г жиров. Меню включает в себя нежирную телятину, вареную рыбу, молоко, сливки, овощи, ягоды, отвар шиповника и фруктовые компоты. Запрещаются все продукты с высоким содержанием жира, соли, холестерина и веществ, возбуждающих нервную систему.

Лечебные столы продуктыЛечебные столы продукты

Стол № 11

Рекомендуется при различных формах туберкулеза, а также при истощенном состоянии после травм и операций. Меню стола нацелено на повышение сопротивляемости организма к острым и хроническим инфекциям, укрепление иммунной системы. Суточный калораж питания 4500 калорий. Он набирается злаковыми культурами, сливочными и растительными маслами, хлебом, макаронами твердых сортов, молоком, медом и яйцами. Химический состав стола: 550 г углеводов, по 130 г жиров и белков. Из рациона исключаются все виды животных жиров и фабричные сладости.

Стол № 12

Применяется при заболеваниях центральной нервной системы функциональных типа. Целевое назначение стола – седативное воздействие на нервную систему. Калораж диеты – 4000 калорий, где по 110 г белков и жиров, 550 г углеводов. Рацион больного состоит из нежирных молочных продуктов, бисквитной выпечки, мармелада, натуральных соков и морепродуктов. Запрещаются все продукты, обладающие тонизирующим действием: крепкие наваристые супы, сало, жирные жареные блюда, соленые сыры, крепкий чай и кофе.

Лечебные столы рецептыЛечебные столы рецепты

Стол № 13

Рекомендуется при острых инфекционных заболеваниях. Химический состав диеты 400 г углеводов, по 80 г белков и жиров вписывается в суточный калораж 3000 калорий. Частое и дробное питание состоит из супов, каш, макарон, яиц, кисломолочных продуктов малого процента жирности, киселей, фруктов и ягод в отварном или запеченном виде. Исключаются: сдоба и любой свежий хлеб, злаковые культуры, плоды, богатые клетчаткой и фабричные сладости.

Стол № 14

Назначается при почечнокаменной болезни с отхождением камней из оксалатов, способствуя нормализации кислотно-щелочного баланса. Диета подразумевает употребление колбас, бульонов, макаронных изделий и различных круп, яиц, меда и отвара шиповника. Калораж стола – 3500 калорий, где 500 г углеводов, по 110 г жиров и белков. Запрещаются свежевыжатые соки, молочные продукты, овощные супы и копчености.

Стол № 15

Применяется при различных заболеваниях, не нуждающихся в особом отхождении от классических принципов правильного питания или после лечебной диеты на конечной стадии выздоровления. Энергетическая ценность стола – 3700 калорий, набираемый 55 г углеводов, 110 г белков и жиров. Разрешены все качественные продукты, предпочитаемые человеком. Режим стола сводится до трехразового приема пищи.

Лечебные столы № 15Лечебные столы № 15

Питание по Певзнеру для последнего стола подразумевает употребление практически всех продуктов. Ограничение налаживается только на тугоплавкие животные жиры, перец и горчицу.

Принципы столов по Певзнеру

Лечебные диеты составляют исходя из состояния здоровья человека. Все 15 столов прошли многочисленные клинические испытания и исследования, поэтому могут похвастаться грамотно разработанными меню. Кроме того:

  • Все диеты по Певзнеру (кроме 15) обязывают организовать дробное питание – суточное меню должно состоять из 5-6 приемов пищи;
  • Ряд рационов предназначен для больных на постельном режиме и не требуют поддержания физической активности;
  • Ни один из 15 столов не может заменить медикаментозного лечения заболевания, а является всего лишь частью комплексного подхода к решению проблемы;
  • Все 15 столов по Певзнеру в обязательном порядке включают в свой рацион белки, жиры, углеводы все зависимости от наличия патологического состояния больного. Для полноценной работы организма наличие всех компонентов БЖУ обязательно, компенсировать один компонент другим невозможно;
  • Дефицит в диете каких-либо витаминов и минералов восполняется аптечными витаминами или БАДами;
  • Ни в одном из 15 столов не допускается употребление спиртных напитков даже в ограниченном количестве.

Лечебные столы выводыЛечебные столы выводы

Таблица диет по Певзнеру используется во всех лечебно-профилактических учреждениях и санаториях.  Как сама диетотерапия, так и отклонения от рекомендуемого меню может быть допустимо только при разрешении лечащего врача. По его решению при одном и том же заболевании могут назначаться совершенно разные лечебные диеты от 1 до 15 номера. Выбор стола зависит от многих факторов, среди которых общее состояние больного, степень обострения болезни и даже время года.

ЭТИ СТАТЬИ ПОМОГУТ ВАМ ПОХУДЕТЬ

Ваш отзыв на статью: Лечебные столы выводыЛечебные столы выводы Загрузка…

Ваш отзывы, комментарии, вопросы

Диетические столы по Певзнеру

Оглавление раздела:

Настоящие диеты (столы) по профессору М. И. Певзнеру из книги «Основы лечебного питания», разработанные в Институте питания более полувека назад до сих пор доказывают свою эффективность. По сравнению с большинством современных зарубежных диет, они не создают слишком строгие ограничения, а потому не являются стрессовыми для организма, провоцирующими срывы или развитие дефицита питательных веществ.

Рекомендуемые диеты являются только схемой. Естественно, что в каждом отдельном случае в зависимости от различных обстоятельств, в частности от сопутствующих заболеваний, должны быть внесены коррективы.

Певзнер М. И.

Под словом «масло» в рационе диетических столов, вероятнее всего, подразумевается сливочное масло. Использование растительного масла обычно оговаривается явно. (примечание автора сайта)


Диеты при заболеваниях органов пищеварения

Диеты при заболеваниях желудка

Диеты под номером «1» также называют «первыми диетами Певзнера«.

Диеты № , и 1 в основном применяются при язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Также диета №1, наряду с диетой №2, применяются при гастритах с пониженной кислотностью. Диета №2 содержит все необходимое для рационального питания, богата экстрактивными веществами, солями и витаминами. В связи с этим диету №2 можно применять длительное время как в стационаре, так и при амбулаторном лечении. При гастритах с повышенной кислотностью также могут применяться диеты № 1А и 1Б.

Приведенные нормы питания в диетах №1, 1А, 1Б и их вариантах рассчитаны на человека нормального роста и веса. При высоком росте и у лиц, привыкших к тяжелому физическому труду, питание может оказаться недостаточным. В таких случаях следует повысить питательную ценность пищевого рациона, начиная с диеты № 1Б, на 10—20%, равномерно увеличивая количество белков, жиров и углеводов. В такой же степени следует ограничить калорийность питания у людей с низким ростом.

Выбор конкретной диеты происходит исходя из состояния больного. Диета № 1А является наиболее щадящей. Больной, находящийся на диете № 1А, должен соблюдать строгий постельный режим. Во время пребывания на диете № 1Б больной продолжает оставаться в постели. С переводом на диету № 1, т. е. после 3—4-недельного лежания, больному разрешается вставать с постели. В некоторых случаях, как при сильном истощении, можно сразу начинать использовать диету №1Б, минуя №1А, если состояние органов пищеварения того позволяет.

Больным, у которых имеются выраженные явления вегетативной дистонии и у которых заболевание протекает с симптомами раздраженного желудка (упорная изжога, кислые срыгивания, склонность к спазмам привратника, желудочная гиперсекреция с превалированием первой фазы секреции и т. п.), мы рекомендуем применять вариант диеты с ограничением углеводов. Также диету с ограничением углеводов применяют в  случае резкого повышения бродильных процессов в кишечнике.

Ограничение углеводов рекомендуется в связи с экспериментальными и клиническими исследованиями, свидетельствующими о том, что при ограничении углеводов снижается возбудимость вегетативной нервной системы, рефлекторная возбудимость желудка, в частности сокращается первая нервнорефлекторная фаза желудочной секреции. Вместе с тем смягчаются симптомы раздражения желудка и проявления реактивной гипогликемии (см. главу 11 — «Использование лечебного питания для воздействия на реактивную способность организма»). 

При язвенных кровотечениях в зависимости от интенсивности кровотечения и состояния больного в диеты № 1А, 1Б и 1 вносятся коррективы или применяются голодные дни. В особо сложных случая показано оперативное вмешательство, и только после этого применяются противоязвенные диеты. Подробнее см. раздел «Лечебное питание при осложнениях язвенной болезни».

Более чем в 30% случаев язвенная болезнь сопровождается одновременным поражением желчных путей и печени. Конечно, подобное сочетание надо учитывать при назначении лечебного питания. В рационе № 1А цельные яйца заменяют белковым омлетом и мясным суфле. Количество жиров ограничивают до 70 г, а количество углеводов увеличивают до 250 г за счет сахара и меда. Аналогичные коррективы вносятся в диету № 1Б; ограничиваются до 70—80 г жиры, увеличивается на 50—100 г количество углеводов и добавочно вводится творог. Вместо диеты № 1 применяется вариант диеты № 5 (диета № 5А).

Под влиянием систематического дифференцированного противоязвенного лечения обычно в первые 1—2 недели стихают все болезненные явления, проходят боли и диспептические явления, уменьшаются объективные показатели болезни (явления со стороны брюшины, болезненность при пальпации и поколачивании и т. п.). Благотворное влияние противоязвенного лечения на больного настолько ясно выражено, что создается впечатление специфичности этого лечения.

Стационарный курс противоязвенного лечения длится не менее 4—6 недель. В больницах больных язвенной болезнью нередко выдерживают меньше — всего 2—3 недели. Такой срок недостаточен для заживления язвы. В лучшем случае за это время удается добиться лишь улучшения состояния больного или исчезновения болезненных явлений, но отнюдь не прочного излечения. В ряде случаев язва не заживает и в течение 6 недель. После стационарного лечения больной должен долго, примерно в течение полугола, соблюдать диету.

Гиперсекреция уменьшается примерно в половине случаев, а повышенная кислотность проявляет тенденцию к снижению лишь в части случаев. Существенное значение имеет давность заболевания, глубина поражения, наличие осложнений и другие показатели, характеризующие тяжесть заболевания. 

Необходимым условием успешного лечения является устранение всех вредных факторов. Сюда в первую очередь относятся чрезмерно тяжелая физическая работа, связанная с нервно-психическим перенапряжением, и хронические интоксикации (свинцом, никотином, алкоголем). Но, конечно, решающее влияние на результаты лечения больного язвенной болезнью оказывает характер питания.

М. И. Певзнер настойчиво рекомендовал каждые 6 месяцев (лучше всего ранней весной и осенью) в течение ближайших 2 лет после окончания противоязвенного лечения назначать больному профилактические (ускоренные и сокращенные) курсы противоязвенного лечения. В течение первой недели больной соблюдает диету типа №1А (с постельным содержанием), через неделю его переводят на диету №1Б и постепенно разрешают вставать с постели. Общая длительность такого профилактического курса 2—3 недели.

Более подробно все вопросы рассмотреные в разеделе «Лечебное питание при язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки».

Для понимания принципа использования данных диет рекомендуем прочесть главу 1 — «Лечебное питание при заболеваниях желудка», либо, как минимум, ознакомиться с первым разделом главы 1 — «Основные принципы лечебного питания при заболеваниях желудка». Для целостного понимания взглядов Певзнера М.И. и его коллег на диетотерапию, рекомендуем прочесть книгу «Основы лечебного питания» целиком.

Диеты при болезнях кишок

Эти таблицы являются лишь схемой лечения. В зависимости от течения хронического колита то или иное питание должно назначаться на более значительный или более короткий срок. При рецидивах необходимо возвращаться к более строгому питанию и т.д. Подробнее об использовании данных диет в главе 2 — «Лечебное питание при болезнях кишок» и в подразделе «Лечебное питание при хронических колитах».

Диеты при болезнях печени и желчных путей


Диеты при сердечно-сосудстых заболеваниях

Диеты при заболеваниях сердца

Диеты при атеросклерозе

Диеты при гипертонической болезни


Лечебные столы при болезнях почек


Столы при болезнях нарушения обмена веществ

Диеты при сахарном диабете


Диеты при инфекционных заболеваниях

Диеты при туберкулёзе

Диетические столы при острой дизентерии и брюшном тифе

 


Другие диеты по Певзнеру

Диета Стол номер 1. Меню на неделю по Певзнеру

Закрыть
  • Болезни
    • Инфекционные и паразитарные болезни
    • Новообразования
    • Болезни крови и кроветворных органов
    • Болезни эндокринной системы
    • Психические расстройства
    • Болезни нервной системы
    • Болезни глаза
    • Болезни уха
    • Болезни системы кровообращения
    • Болезни органов дыхания
    • Болезни органов пищеварения
    • Болезни кожи
    • Болезни костно-мышечной системы
    • Болезни мочеполовой системы
    • Беременность и роды
    • Болезни плода и новорожденного
    • Врожденные аномалии (пороки развития)
    • Травмы и отравления
  • Симптомы
    • Системы кровообращения и дыхания
    • Система пищеварения и брюшная полость
    • Кожа и подкожная клетчатка
    • Нервная и костно-мышечная системы
    • Мочевая система
    • Восприятие и поведение
    • Речь и голос
    • Общие симптомы и признаки
    • Отклонения от нормы
  • Диеты
    • Снижение веса
    • Лечебные
    • Быстрые
    • Для красоты и здоровья
    • Разгрузочные дни
    • От профессионалов
    • Монодиеты
    • Звездные
    • На кашах
    • Овощные
    • Детокс-диеты
    • Фруктовые
    • Модные
    • Для мужчин
    • Набор веса
    • Вегетарианство
    • Национальные
  • Лекарства
    • Антибиотики
    • Антисептики
    • Биологически активные добавки
    • Витамины
    • Гинекологические
    • Гормональные
    • Дерматологические
    • Диабетические
    • Для глаз
    • Для крови
    • Для нервной системы
    • Для печени
    • Для повышения потенции
    • Для полости рта
    • Для похудения
    • Для суставов
    • Для ушей
    • Желудочно-кишечные
    • Кардиологические
    • Контрацептивы
    • Мочегонные
    • Обезболивающие
    • От аллергии
    • От кашля
    • От насморка
    • Повышение иммунитета
    • Противовирусные
    • Противогрибковые
    • Противомикробные
    • Противоопухолевые
    • Противопаразитарные
    • Противопростудные
    • Сердечно-сосудистые
    • Урологические
    • Другие лекарства
    ДЕЙСТВУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА
  • Врачи
  • Клиники
  • Справочник
    • Аллергология
    • Анализы и диагностика
    • Беременность
    • Витамины
    • Вредные привычки
    • Геронтология (Старение)
    • Дерматология
    • Дети
    • Женское здоровье
    • Инфекция
    • Контрацепция
    • Косметология
    • Народная медицина
    • Обзоры заболеваний
    • Обзоры лекарств
    • Ортопедия и травматология
    • Питание
    • Пластическая хирургия
    • Процедуры и операции
    • Психология
    • Роды и послеродовый период
    • Сексология
    • Стоматология
    • Травы и продукты
    • Трихология
    • Другие статьи
  • Словарь терминов
    • [А] Абазия .. Ацидоз
    • [Б] Базофилы .. Богатая тромбоцитами плазма
    • [В] Вазопрессин .. Выкидыш
    • [Г] Галлюциногены .. Грязи лечебные
    • [Д] Деацетилазы гистонов .. Дофамин
    • [Ж] Железы .. Жиры
    • [И] Иммунитет .. Искусственная кома
    • [К] Каверна .. Кумарин
    • [Л] Лапароскоп .. Лучевая терапия
    • [М] Макрофаги .. Мутация
    • [Н] Наркоз .. Нистагм
    • [О] Онкоген .. Отек
    • [П] Паллиативная помощь .. Пульс
    • [Р] Реабилитация .. Родинка (невус)
    • [С] Секретин .. Сыворотка крови
    • [Т] Таламус .. Тучные клетки
    • [У] Урсоловая кислота
    • [Ф] Фагоциты .. Фитотерапия
    • [Х] Химиотерапия .. Хоспис
    • [Ц]

Диета по Певзнеру | vnarkoze.ru

Диета по Певзнеру, разработанная ещё несколько десятков лет назад, до сих пор остаётся актуальной и востребованной. Медицинские столы с 1 по 15, некоторые из которых еще имеют несколько подвидов, чутко настроены на облегчение восстановления пациентов после операций или при различных заболеваниях. В каждой конкретной ситуации применяется свой стол, который способствует быстрому выздоровлению.

Диета Певзнера: характеристика

Методика медицинских диет с 1 по 15 впервые была разработана в далеком 1929 году. Питание по Певзнеру активно применялось в лечебных заведениях, в том числе и в санаториях СССР. Великого терапевта можно по праву считать основателем советской медицинской диетологии.

Варианты стандартной диеты и номера диетических столов по Певзнеру подбираются индивидуально, согласно диагнозу. В его списке присутствуют диеты и при проблемах с ЖКТ, и гипертонии, болезнях сердца, печени, и питание после операции для восстановления сил. Практически на каждый случай можно отыскать свой стол.

Такой подход к питанию упрощает жизнь и врачу, и пациенту. Доктора часто назначают лечебные диеты по Певзнеру: тщательное соблюдение своего стола и рациона помогает пациенту избежать лишних проблем со здоровьем и быстро восстановиться. Поэтому можно смело сказать, что такое питание – это первый шаг к здоровью.

Диетические столы по Певзнеру с 1 по 15 в таблице

Выше уже говорилось, что лечебных столов по Певзнеру 15 – для каждого случая свой. В список входят:

При каком заболевании Что можно\нельзя Скачать меню на неделю
Диета №0
После хирургического вмешательства на органах пищеварения Можно супы-пюре, хлеб, каши, мед, язык, мясо. Убирают из меню огурцы, крепкие бульоны, жареное.
Диета №1
Проблемы с ЖКТ, особенно при язве желудка Можно супы-пюре, хлеб, каши, мед, язык, мясо. Убирают из меню огурцы, крепкие бульоны, жареное.
Стол №2
Гастрит с низкой кислотностью Запрещено жареное, соленое, жирное, копченое, сладкие ягоды, лук, бобовые.
Диета №3
Запоры и проблемы с кишечником Можно яйца, овощи, черствый хлеб, бисквит, молочные каши. Нельзя копчености, картофель, жирн

Лечебные столы по Певзнеру — диеты при заболеваниях

Ложные воспоминания при недостаточном сне

Предыдущие исследования установили, что недостаток сна провоцирует потерю памяти. Но в принципиально новом исследовании ученые из Калифорнии и Мичигана предположили,…

Бронхиальная астма

Бронхиальная астма – это хроническое воспалительное заболевание дыхательных путей, основным проявлением которого являются периодически возникающие приступы удушья, связанные…

Горчица

Горчица сарапетская (Brassica juncea) – это однолетнее травянистое растение семейства крестоцветных (капустные) достигающее в высоту до 1 м. Стебель прямостоячий,…

Помощь при боли в сердце

Боли в области сердца могут быть проявлением таких форм ишемической болезни сердца, как стенокардия и инфаркт миокарда. В этих…

Тайский массаж является одной из древнейших и популярнейших процедур. Его еще называют йога-массажем, так как во время процедуры мышцы растягивают…

Голландская диета

Голландская диета получила такое название благодаря основным принципам питания жителей Голландии. Ее основой является молоко и сыр, благодаря чему она…

Свойства грибов

Грибы обычно относят к овощам, однако в действительности они не являются в полной мере растениями. По ряду признаков, таких как…

Эпилептический статус

Эпилептический статус (ЭС) – это патологическое состояние, характеризующееся эпилептическими припадками продолжительностью более 30 минут, либо повторяющимися припадками, в промежутке между…

Отравление метиловым спиртом

Метиловый, или древесный спирт (метанол) – бесцветная летучая жидкость, легко воспламеняется, смешивается с водой, эфиром и этиловым спиртом в любых…

Крушина слабительная

Крушина слабительная, или жостер слабительный (лат. Rhámnus cathártica) – это сильноветвистый высокий кустарник или дерево, иногда достигающее в высоту до…

Брюшное ожирение и гиподинамия

Исследование, проведенное в Стэнфордском университете, предположило, что основная масса случаев ожирения связана с сидячим образом жизни людей, а не с…

Отравление щелочами

К едким щелочам относятся – нашатырный спирт, каустическая сода (каустик) – едкий натр, едкое кали, гашеная известь. Чаще отмечаются отравления…

Диета 4-й стол по Певзнеру. Меню на неделю

Закрыть
  • Болезни
    • Инфекционные и паразитарные болезни
    • Новообразования
    • Болезни крови и кроветворных органов
    • Болезни эндокринной системы
    • Психические расстройства
    • Болезни нервной системы
    • Болезни глаза
    • Болезни уха
    • Болезни системы кровообращения
    • Болезни органов дыхания
    • Болезни органов пищеварения
    • Болезни кожи
    • Болезни костно-мышечной системы
    • Болезни мочеполовой системы
    • Беременность и роды
    • Болезни плода и новорожденного
    • Врожденные аномалии (пороки развития)
    • Травмы и отравления
  • Симптомы
    • Системы кровообращения и дыхания
    • Система пищеварения и брюшная полость
    • Кожа и подкожная клетчатка
    • Нервная и костно-мышечная системы
    • Мочевая система
    • Восприятие и поведение
    • Речь и голос
    • Общие симптомы и признаки
    • Отклонения от нормы
  • Диеты
    • Снижение веса
    • Лечебные
    • Быстрые
    • Для красоты и здоровья
    • Разгрузочные дни
    • От профессионалов
    • Монодиеты
    • Звездные
    • На кашах
    • Овощные
    • Детокс-диеты
    • Фруктовые
    • Модные
    • Для мужчин
    • Набор веса
    • Вегетарианство
    • Национальные
  • Лекарства
    • Антибиотики
    • Антисептики
    • Биологически активные добавки
    • Витамины
    • Гинекологические
    • Гормональные
    • Дерматологические
    • Диабетические
    • Для глаз
    • Для крови
    • Для нервной системы
    • Для печени
    • Для повышения потенции
    • Для полости рта
    • Для похудения
    • Для суставов
    • Для ушей
    • Желудочно-кишечные
    • Кардиологические
    • Контрацептивы
    • Мочегонные
    • Обезболивающие
    • От аллергии
    • От кашля
    • От насморка
    • Повышение иммунитета
    • Противовирусные
    • Противогрибковые
    • Противомикробные
    • Противоопухолевые
    • Противопаразитарные
    • Противопростудные
    • Сердечно-сосудистые
    • Урологические
    • Другие лекарства
    ДЕЙСТВУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА
  • Врачи
  • Клиники
  • Справочник
    • Аллергология
    • Анализы и диагностика
    • Беременность
    • Витамины
    • Вредные привычки
    • Геронтология (Старение)
    • Дерматология
    • Дети
    • Женское здоровье
    • Инфекция
    • Контрацепция
    • Косметология
    • Народная медицина
    • Обзоры заболеваний
    • Обзоры лекарств
    • Ортопедия и травматология
    • Питание
    • Пластическая хирургия
    • Процедуры и операции
    • Психология
    • Роды и послеродовый период
    • Сексология
    • Стоматология
    • Травы и продукты
    • Трихология
    • Другие статьи
  • Словарь терминов
    • [А] Абазия .. Ацидоз
    • [Б] Базофилы .. Богатая тромбоцитами плазма
    • [В] Вазопрессин .. Выкидыш
    • [Г] Галлюциногены .. Грязи лечебные
    • [Д] Деацетилазы гистонов .. Дофамин
    • [Ж] Железы .. Жиры
    • [И] Иммунитет .. Искусственная кома
    • [К] Каверна .. Кумарин
    • [Л] Лапароскоп .. Лучевая терапия
    • [М] Макрофаги .. Мутация
    • [Н] Наркоз .. Нистагм
    • [О] Онкоген .. Отек
    • [П] Паллиативная помощь .. Пульс
    • [Р] Реабилитация .. Родинка (невус)
    • [С] Секретин .. Сыворотка крови
    • [Т] Таламус .. Тучные клетки
    • [У] Урсоловая кислота
    • [Ф] Фагоциты .. Фитотерапия
    • [Х] Химиотерапия .. Хоспис
    • [Ц] Цветовой показатель крови .. Цианоз

Диетический Стол номер 1А по Певзнеру

Закрыть
  • Болезни
    • Инфекционные и паразитарные болезни
    • Новообразования
    • Болезни крови и кроветворных органов
    • Болезни эндокринной системы
    • Психические расстройства
    • Болезни нервной системы
    • Болезни глаза
    • Болезни уха
    • Болезни системы кровообращения
    • Болезни органов дыхания
    • Болезни органов пищеварения
    • Болезни кожи
    • Болезни костно-мышечной системы
    • Болезни мочеполовой системы
    • Беременность и роды
    • Болезни плода и новорожденного
    • Врожденные аномалии (пороки развития)
    • Травмы и отравления
  • Симптомы
    • Системы кровообращения и дыхания
    • Система пищеварения и брюшная полость
    • Кожа и подкожная клетчатка
    • Нервная и костно-мышечная системы
    • Мочевая система
    • Восприятие и поведение
    • Речь и голос
    • Общие симптомы и признаки
    • Отклонения от нормы
  • Диеты
    • Снижение веса
    • Лечебные
    • Быстрые
    • Для красоты и здоровья
    • Разгрузочные дни
    • От профессионалов
    • Монодиеты
    • Звездные
    • На кашах
    • Овощные
    • Детокс-диеты
    • Фруктовые
    • Модные
    • Для мужчин
    • Набор веса
    • Вегетарианство
    • Национальные
  • Лекарства
    • Антибиотики
    • Антисептики
    • Биологически активные добавки
    • Витамины
    • Гинекологические
    • Гормональные
    • Дерматологические
    • Диабетические
    • Для глаз
    • Для крови
    • Для нервной системы
    • Для печени
    • Для повышения потенции
    • Для полости рта
    • Для похудения
    • Для суставов
    • Для ушей
    • Желудочно-кишечные
    • Кардиологические
    • Контрацептивы
    • Мочегонные
    • Обезболивающие
    • От аллергии
    • От кашля
    • От насморка
    • Повышение иммунитета
    • Противовирусные
    • Противогрибковые
    • Противомикробные
    • Противоопухолевые
    • Противопаразитарные
    • Противопростудные
    • Сердечно-сосудистые
    • Урологические
    • Другие лекарства
    ДЕЙСТВУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА
  • Врачи
  • Клиники
  • Справочник
    • Аллергология
    • Анализы и диагностика
    • Беременность
    • Витамины
    • Вредные привычки
    • Геронтология (Старение)
    • Дерматология
    • Дети
    • Женское здоровье
    • Инфекция
    • Контрацепция
    • Косметология
    • Народная медицина
    • Обзоры заболеваний
    • Обзоры лекарств
    • Ортопедия и травматология
    • Питание
    • Пластическая хирургия
    • Процедуры и операции
    • Психология
    • Роды и послеродовый период
    • Сексология
    • Стоматология
    • Травы и продукты
    • Трихология
    • Другие статьи
  • Словарь терминов
    • [А] Абазия .. Ацидоз
    • [Б] Базофилы .. Богатая тромбоцитами плазма
    • [В] Вазопрессин .. Выкидыш
    • [Г] Галлюциногены .. Грязи лечебные
    • [Д] Деацетилазы гистонов .. Дофамин
    • [Ж] Железы .. Жиры
    • [И] Иммунитет .. Искусственная кома
    • [К] Каверна .. Кумарин
    • [Л] Лапароскоп .. Лучевая терапия
    • [М] Макрофаги .. Мутация
    • [Н] Наркоз .. Нистагм
    • [О] Онкоген .. Отек
    • [П] Паллиативная помощь .. Пульс
    • [Р] Реабилитация .. Родинка (невус)
    • [С] Секретин .. Сыворотка крови
    • [Т] Таламус .. Тучные клетки
    • [У] Урсоловая кислота
    • [Ф] Фагоциты .. Фитотерапия
    • [Х] Химиотерапия .. Хоспис
    • [Ц] Цветовой показ

HTML-таблиц


Таблицы

HTML позволяют веб-разработчикам упорядочивать данные в строки и колонны.


Пример

Компания Контакт Страна
Альфредс Футтеркисте Мария Андерс Германия
Коммерческий центр Moctezuma Франциско Чанг Мексика
Эрнст Гендель Роланд Мендель Австрия
Island Trading Хелен Беннет Великобритания
Винные погреба Смеющегося Вакха Йоши Таннамури Канада
Magazzini Alimentari Riuniti Джованни Ровелли Италия
Попробуй сам »

Определите таблицу HTML

Тег

определяет таблицу HTML.

Каждая строка таблицы определяется тегом

. Каждый заголовок таблицы определяется тегом














. Каждые данные / ячейка таблицы определяются с помощью тег.

По умолчанию текст в

элементах выделены жирным шрифтом и по центру.

По умолчанию текст в

элементах являются обычными и выровнены по левому краю.

Пример

Простая таблица HTML:

<таблица>

Имя Фамилия Возраст
Джилл Смит 50
Ева Джексон 94

Попробуй сам »

Примечание: Элементы являются контейнерами данных таблицы.
Они могут содержать всевозможные элементы HTML; текст, изображения, списки, другие таблицы и т. д.



Таблица

HTML — Добавить границу

Чтобы добавить границу к таблице, используйте свойство CSS border :

Не забудьте определить границы как для таблицы, так и для ячеек таблицы.


Таблица HTML — Свернутые границы

Чтобы границы сжимались в одну границу, добавьте CSS border-collapse недвижимость:

Пример

table, th, td {
border: 1px сплошной черный;
граница-коллапс: коллапс;
}

Попробуй сам »

Таблица HTML — Добавить заполнение ячейки

Заполнение ячеек указывает расстояние между содержимым ячейки и ее границами.

Если вы не укажете заполнение, ячейки таблицы будут отображаться без заполнения.

Чтобы установить отступ, используйте свойство заполнения CSS :


Таблица HTML - заголовки по левому краю

По умолчанию заголовки таблиц выделяются жирным шрифтом и выравниваются по центру.

Чтобы выровнять заголовки таблицы по левому краю, используйте свойство CSS text-align :


Таблица HTML - Добавить интервал между границами

Расстояние между границами определяет расстояние между ячейками.

Чтобы установить интервал границ для таблицы, используйте свойство CSS border-spacing :

Примечание: Если таблица имеет свернутые границы, border-spacing не действует.


Таблица HTML - ячейка, охватывающая множество столбцов

Чтобы ячейка занимала более одного столбца, используйте атрибут colspan :

Пример

<таблица>

Имя
Телефон


Билл Гейтс
55577854
55577855

Попробуй сам "

Таблица HTML - ячейка, занимающая много строк

Чтобы сделать ячейку более одной строки, используйте атрибут rowspan :

Пример













Имя: Билл Гейтс
Телефон: 55577854
55577855

Попробуй сам "

HTML-таблица - добавить заголовок

Чтобы добавить заголовок к таблице, используйте тег :

Пример














Ежемесячная экономия
Месяц Экономия
Январь < / td>
100 долларов США
февраль 50 долларов США

Попробуй сам "

Примечание: Тег должен быть вставлен сразу после тега

.


Особый стиль для одного стола

Чтобы определить специальный стиль для одной конкретной таблицы, добавьте id атрибут к таблице:

Пример

<таблица>











Имя Фамилия Возраст
Ева Джексон 94

Теперь вы можете определить специальный стиль для этой таблицы:

# t01 {
ширина: 100%;
цвет фона: # f1f1c1;
}

Попробуй сам "

И добавьте еще стилей:

# t01 tr: nth-child (четный) {
цвет фона: #eee;
}
# t01 tr: nth-child (нечетный) {
цвет фона: #fff;
}
# t01 th {
цвет: белый;
цвет фона: черный;
}

Попробуй сам "

Краткое содержание главы

  • Используйте элемент HTML для определения таблицы
  • Используйте элемент HTML
  • , чтобы определить строку таблицы
  • Используйте элемент HTML
  • для определения данных таблицы
  • Используйте элемент HTML
  • для определения заголовка таблицы
  • Используйте элемент HTML
  • для определения заголовка таблицы
  • Используйте свойство CSS border , чтобы определить границу
  • Используйте свойство CSS border-collapse , чтобы свернуть границы ячеек
  • Используйте свойство CSS padding , чтобы добавить отступ к ячейкам
  • Используйте свойство CSS text-align для выравнивания текста ячейки
  • Используйте свойство CSS border-spacing , чтобы установить интервал между ячейками
  • Используйте атрибут colspan , чтобы ячейка охватывала несколько столбцов
  • Используйте атрибут rowspan , чтобы ячейка занимала много строк
  • Используйте атрибут id , чтобы однозначно определить одну таблицу

  • Упражнения HTML


    HTML-теги таблиц

    Тег Описание
    <таблица> Определяет таблицу
    Определяет ячейку заголовка в таблице
    Определяет строку в таблице
    Определяет ячейку в таблице
    <заголовок> Определяет заголовок таблицы
    Задает группу из одного или нескольких столбцов в таблице для форматирования.
    Задает свойства столбца для каждого столбца в элементе
    Группирует содержимое заголовка в таблицу
    <тело> Группирует содержимое тела в таблицу
    <фут> Группирует содержимое нижнего колонтитула в таблице

    ,

    MetaBAT, эффективный инструмент для точной реконструкции отдельных геномов сложных микробных сообществ [PeerJ]

    Введение

    Высокопроизводительное секвенирование метагенома - мощный инструмент для изучения микробных сообществ, взятых непосредственно из среды их обитания, что позволяет избежать необходимости культивирования или связанных с этим предвзятостей. Сборка коротких метагеномных операций чтения в более крупные геномные фрагменты (контиги) ассемблерами короткого считывания (Pevzner & Tang, 2001; Pevzner, Tang & Waterman, 2001) часто не позволяет получить полноразмерные геномы.Прогнозирование черновых геномов из собранных метагеномных контигов с помощью биннинга метагенома обеспечивает замену полноразмерным геномам (Mande, Mohammed & Ghosh, 2012; Mavromatis et al., 2007). Несмотря на их фрагментированный характер, эти черновые геномы часто происходят от отдельных видов (или «популяционных геномов», представляющих согласованные последовательности различных штаммов (Imelfort et al., 2014)), и они приблизительно соответствуют полным геномам, поскольку могут содержать почти полный набор гены.

    Разработаны два подхода к объединению метагеномов (обзор в Mande, Mohammed & Ghosh, 2012).Подход контролируемого бинирования использует известные геномы в качестве эталонов и полагается либо на гомологию последовательностей, либо на подобие композиции последовательностей для биннинга (Krause et al., 2008; Wu & Eisen, 2008). Этот подход плохо работает с образцами окружающей среды, где многие микробы не имеют близкородственных видов с известным геномом. В отличие от этого, неконтролируемый подход основан либо на составе дискриминационной последовательности (Teeling et al., 2004b; Yang et al., 2010), либо на совместном изобилии видов (или геномных фрагментов) (Cotillard et al., 2013; Ле Шателье и др., 2013; Нильсен и др., 2014; Qin et al., 2012; Wu & Ye, 2011) или оба (Albertsen et al., 2013; Alneberg et al., 2014; Imelfort et al., 2014; Sharon et al., 2013; Wrighton et al., 2012; Wu et al., 2014). ) для биннинга. Недавние исследования показали, что функция совместного обилия видов может быть очень эффективной для деконволюции сложных сообществ, если имеется много доступных образцов (Albertsen et al., 2013; Alneberg et al., 2014; Cotillard et al., 2013; Imelfort et al. , 2014; Karlsson et al., 2013; Ле Шателье и др., 2013; Нильсен и др., 2014; Sharon et al., 2013). Некоторые недавние методы, в частности CONCOCT (Alneberg et al., 2014) и GroopM (Imelfort et al., 2014), также являются полностью автоматизированными процедурами объединения.

    Многие из вышеперечисленных инструментов плохо масштабируются для больших наборов метагеномных данных. В этом исследовании мы разработали MetaBAT ( Meta геном, B с набором A и этра-нуклеотидными частотами T ) как эффективный, полностью автоматизированный программный инструмент, способный объединять миллионы контигов из тысяч образцов. ,Используя новую статистическую структуру для объединения частоты тетра-нуклеотидов (TNF) и вероятностей численности контигов, мы продемонстрировали, что MetaBAT производит высококачественные бункеры генома.

    Материалы и методы

    Обзор программного обеспечения MetaBAT и его вероятностных моделей

    В качестве предварительного условия для биннинга пользователь должен создать файлы BAM, согласовывая чтения каждого образца отдельно с собранным метагеномом (рис. 1, шаги с 1 по 3).MetaBAT принимает файл сборки (формат fasta, обязательно) и отсортированные файлы BAM (по одному на образец, необязательно) в качестве входных данных. Для каждой пары контигов в сборке метагенома MetaBAT вычисляет их вероятные расстояния на основе частоты тетрануклеотидов (TNF) и численности (то есть среднего покрытия оснований), затем два расстояния интегрируются в одно составное расстояние. Все попарные расстояния образуют матрицу, которая затем передается в модифицированный алгоритм кластеризации k-medoid для итеративного и исчерпывающего объединения контигов в бины генома (рис.1).

    Overview of the MetaBAT pipeline.
    Рисунок 1: Обзор конвейера MetaBAT.
    Перед применением MetaBAT необходимо выполнить три этапа предварительной обработки: (1) Типичный эксперимент с метагеномом может содержать множество пространственных или временных рядов выборок, каждая из которых состоит из множества разных геномов (разные цветные кружки). (2) Каждый образец секвенируется с помощью технологии секвенирования нового поколения, чтобы сформировать библиотеку секвенирования с множеством коротких чтений. (3) Перед сборкой de novo библиотеки можно объединить.После сборки показания каждого образца должны быть выровнены в отдельных файлах BAM. Затем MetaBAT автоматически выполняет оставшиеся шаги: (4) Для каждой пары контигов рассчитывается вероятность частотного расстояния тетрануклеотидов (TDP) из распределения, смоделированного на основе 1414 эталонных геномов. (5) Для каждой пары контигов рассчитывается вероятность расстояния изобилия (ADP) по всем образцам. (6) Затем TDP и ADP каждой пары контигов объединяются, и полученное расстояние для всех пар формирует матрицу расстояний.(7) Каждый интервал будет формироваться итеративно и исчерпывающе из матрицы расстояний.

    Мы используем частоту тетрануклеотидов в качестве сигнатур композиции последовательности, поскольку ранее было показано, что разные микробные геномы имеют различные смещения TNF (Mrazek, 2009; Pride et al., 2003; Saeed, Tang & Halgamuge, 2012; Teeling et al., 2004a). , Чтобы эмпирически определить расстояние для различения TNF разных геномов, мы рассчитали вероятность межвидового и внутривидового евклидова расстояния (Deza, 2012), используя 1414 уникальных полных ссылок на геном из NCBI (рис.2А). Это расстояние, полученное эмпирическим путем, называется вероятностью расстояния по частоте тетрануклеотидов (TDP).

    Probabilistic modeling of TNF and Abundance distances.
    Рисунок 2: Вероятностное моделирование TNF и расстояний изобилия.
    (A – D) Дистанционное моделирование TNF. (A) Эмпирические вероятности внутри- (сплошная серая линия) или интер- (пунктирная серая линия) евклидова расстояния TNF между видами оцениваются по секвенированным геномам. Апостериорная вероятность того, что два контига произошли из разных геномов с учетом расстояния TNF, показана красной сплошной линией.Все вероятности рассчитываются с использованием фиксированного размера контига 10 кб. (B) Различные апостериорные межвидовые вероятности для двух контигов одинакового размера при различных размерах контигов. (C, D) Оценка параметров логистической кривой с двумя контигами разного размера. x и y оси представляют длины короткого и длинного контигов соответственно, а z ось представляет оценки каждого параметра b или c на логистической кривой, TDP = 1 / (1 + exp (- ( b + c ∗ TNF))), где TNF и TDP представляют евклидово расстояние TNF и вероятностное расстояние TNF, соответственно.(E – F) Моделирование расстояния изобилия. (E) Соотношение между средним значением и дисперсией базовых глубин (покрытия), которые были показаны на оси x и y соответственно. Каждая точка представляет эту взаимосвязь в каждом геноме, которая рассчитывается по медиане среднего и дисперсии охвата. Теоретическая модель Пуассона была показана синей линией, а нормальная модель - красной линией. (F) Вероятностное расстояние между двумя контигами. Заштрихованная область представляет собой расстояние между двумя контигами в данной библиотеке.

    Чтобы оценить влияние размеров контигов на межвидовое расстояние, мы получили апостериорные распределения вероятности межвидового расстояния с несколькими фиксированными размерами и наблюдали лучшее межвидовое разделение по мере увеличения размера контигов (рис. 2B). Поскольку контиги в реальных сборках метагенома имеют разные размеры, мы затем смоделировали TDP между контигами разных размеров, подбирая логистическую функцию, чтобы отразить динамический характер нелинейной связи между евклидовым расстоянием TNF и TDP для разных размеров контигов.Результаты (рис. 2C и 2D) предполагают, что значения двух параметров модели, b и c нестабильны, если размер любого из контигов очень мал (<2 кб), и нужно быть осторожным, чтобы позволить меньшим контигам быть Binned.

    Хотя ожидается, что контиги, происходящие из одного и того же генома, будут иметь одинаковый охват последовательностей, т. Е. Изобилие генома, охват контигов может значительно варьироваться в пределах библиотеки из-за предубеждений, вызванных текущей технологией секвенирования (Benjamini & Speed, 2012; Harismendy et al. ,, 2009; Накамура и др., 2011; Росс и др., 2013). Как показано на рис. 2E, наблюдаемая дисперсия охвата, полученная на основе данных, состоящих из проектов секвенирования генома изолята (всего 99 из базы данных IMG (Markowitz et al., 2012), далее именуемой набором данных IMG), значительно отклоняется от теоретического распределения Пуассона, в соответствии с представлением о том, что необходимо моделировать как дисперсию, так и среднее значение (Clark et al., 2013). Для удобства вычислений мы выбрали нормальное распределение в качестве приближения, поскольку оно гораздо лучше соответствует наблюдению (рис.2E). Чтобы вычислить расстояние численности двух контигов в одной выборке, мы используем площадь, не разделяемую их предполагаемыми нормальными распределениями с заданными средним охватом и дисперсией (рис. 2F). Среднее геометрическое расстояний для всех выборок используется для оценки окончательной вероятности дистанции численности (ADP) двух контигов. Кроме того, мы применили механизм прогрессивного взвешивания, чтобы отрегулировать относительную силу информации на основе расстояния обилия, что означает, что мы уделяем больше внимания расстоянию обилия, когда оно рассчитывается по множеству образцов (см. Ниже).

    Затем мы интегрируем TDP и ADP каждой пары контигов следующим образом: Pμ1, σ12, μ2, σ22 = maxTDP, АДФ, если TDP> 0.05ADP⋅w + TDP⋅1-ж, в противном случае где w = min [log ( n + 1) / log ( m + 1), α ] ⋅ n , m и α представляют количество отсчетов, большое число (100 по умолчанию) и максимальный вес ADP (0,9 по умолчанию) соответственно. Например, в настройках по умолчанию вес будет около 0.5 при количестве образцов 10 и TDP менее 0,05. Полученная матрица расстояний используется для бинирования (см. Ниже).

    Тетрануклеотидное частотно-вероятностное расстояние (TDP)

    Чтобы установить эмпирические вероятности внутривидового и межвидового для тетрануклеотидного частотного расстояния, мы загрузили 1414 уникальных полных бактериальных геномов из базы данных NCBI и разделили их на фрагменты размером от 2,5 до 500 т.п. Затем мы получили 1 миллиард случайных пар контигов внутри или между геномами.Эмпирическая апостериорная вероятность того, что два контига принадлежат разным геномам, задается следующим образом: ПТ | D = PTPD | TPTPD | Т + PRPD | Р где T или R представляют случаи, когда два контига относятся к разным (меж) или одному и тому же (внутри) видам, соответственно. D - евклидово расстояние TNF между двумя контигами. Были выбраны такие же малоинформативные приоры T и R . В действительности ожидается, что P ( T ) будет намного больше, чем P ( R ), поэтому мы устанавливаем P ( T ) = 10 * P ( R ) как реализация по умолчанию для корректировки возможной неполной выборки при межвидовом расстоянии.

    TDP пар контигов разного размера аппроксимируется с помощью логистической регрессии: PDij; Bij, НЦЖ = 11 + е-Bij + НЦЖ * Dij где D ij представляет собой евклидово расстояние TNF между контигами i и j b и c , два параметра для логистической регрессии, оцениваются на основе эмпирических данных.

    Вероятность расстояния изобилия (ADP)

    Вероятностное расстояние численности было рассчитано следующим образом: предположим, что два контига имеют среднее покрытие μ 1 и μ 2 и дисперсии σ12 и σ22, тогда мы определили расстояние численности как необщее область двух нормальных распределений N ( μ 1 , σ12 и N ( μ 2 , σ22: Pμ1, σ12, μ2, σ22 = 12∫ | φμ1, σ12-φμ2, σ22 | где ϕ представляет собой нормальное распределение с двумя параметрами: μ и σ 2 .Численно это можно упростить с помощью кумулятивных функций распределения следующим образом, предполагая, что σ22 больше или равно σ12: Pμ1, σ12, μ2, σ22 = Φμ1, σ12k0-Φμ2, σ22k0, если σ12 = σ22Φμ1, σ12k2-Φμ1, σ12k1 + Φμ2, σ22k1-Φμ2, σ22k2, в противном случае где Φ представляет собой кумулятивное нормальное распределение, а к0 = μ1 + μ22 k1 * = σ12⋅σ22⋅μ1-μ22-2⋅σ12-σ22⋅logσ2 / σ1-μ1⋅σ22 + μ2⋅σ12σ12-σ22 k2 * = σ12⋅σ22⋅μ1-μ22-2⋅σ12-σ22⋅logσ2 / σ1 + μ1⋅σ22-μ2⋅σ12σ12-σ22 k1 = mink1 *, k2 * andk2 = maxk1 *, k2 *.

    Чтобы объединить множественные вероятности численности в разных выборках, мы вычислили среднее геометрическое вероятностей: Pij = Σn1μin> С или μjn> ​​cΠnPijnμin, σin2, μjn, σjn2 * 1μin> С или μjn> ​​с где P ijn представляет собой вероятность, вычисленную из двух содержаний: μ в и μ jn , а c представляет собой порог разумного минимального содержания для контига.

    Поскольку сборки метагеномов содержат много небольших контигов, включать их или нет - это дилемма; включение небольших контигов, вероятно, улучшит полноту генома за счет качества генома, потому что их большие вариации обилия затрудняют их правильное объединение. Мы попытались эмпирически определить разумный размер контигов, построив график отношения среднего значения и дисперсии из набора данных одного генома IMG. Хотя большинство вариаций генома намного больше, чем их средние значения, их соотношение стабилизируется после увеличения размера контига до 2.5 kb (рис. S1). Поэтому для начального бинирования мы использовали контиги размером 2,5 КБ или больше. Контиги меньшего размера могут быть задействованы после биннинга на основе их корреляции с бинами (Imelfort et al., 2014).

    Итерационный биннинг

    Мы модифицировали алгоритм кластеризации k-medoid (Kaufman & Rousseeuw, 1987), чтобы исключить необходимость ввода значения для k и уменьшить пространство поиска для эффективного группирования. В частности, алгоритм биннинга работает следующим образом:

    1. Найдите контиг семян (например,g., имеющий наибольшее покрытие) и установите его в качестве начального медоида.

    2. Привлечь все остальные контиги в пределах расстояния отсечки (т. Е. Параметры p1 и p2) к семени.

    3. Найдите новый медоид из всех контигов участников.

    4. Повторяйте 2–3 до тех пор, пока в медоиде больше не будет обновлений. Эти контиги образуют корзину.

    5. Для остальных контигов повторите 1–4, чтобы сформировать больше интервалов, пока контиги не останутся.

    6. Сохраняйте большие ячейки (например,> 200 КБ) и растворяйте все остальные ячейки в свободные контиги.

    7. (необязательно) Для набора данных, содержащего не менее 10 образцов, наберите дополнительные свободные контиги в каждую ячейку на основе их корреляции численности.

    Результаты

    Производительность биннинга на «безошибочных» метагеномных сборках

    Набор метагеномных данных (номер доступа: ERP000108) от консорциума MetaHIT (далее именуемый набором данных MetaHIT) (Qin et al., 2010) был выбран для тестирования MetaBAT, поскольку он содержит большое количество образцов, а сообщество содержит много видов. со справочными геномами. Чтобы получить эталонный набор геномов, мы выбрали 290 известных геномов из NCBI, которые присутствуют в MetaHIT в> 5-кратном среднем охвате (таблица S1).Эти эталонные геномы затем были разделены на контиги случайного размера (> 2,5 т.п.н.) после экспоненциального распределения, смоделированного для имитации реальных сборок метагенома. Численность каждого контига в каждой выборке также была получена с использованием реальных данных. Эти «безошибочные» контиги метагенома, информация об их численности, а также их исходные эталонные геномы (как «истинные ответы») были использованы в следующем анализе для оценки производительности биннинга. Полное описание эксперимента см. На вики-странице MetaBAT: https: // bitbucket.орг / berkeleylab / metabat / вики / Home.

    Для сравнения мы запустили несколько альтернативных инструментов биннинга для того же набора данных, описанного выше. Это программное обеспечение включает Canopy (Nielsen et al., 2014), CONCOCT v.0.4.0 (Alneberg et al., 2014), GroopM v.0.3.0 (Imelfort et al., 2014) и MaxBin v.1.4.1. (Wu et al., 2014). Среди них CONCOCT, GroopM и MaxBin также являются полностью автоматизированными инструментами биннинга. Дополнительный ручной шаг в GroopM для улучшения качества ячеек был исключен. Поскольку MaxBin не учитывает несколько образцов, мы объединили несколько образцов в один.

    Мы использовали точность> 90% (отсутствие загрязнения) и отзыв> 30% (полнота) в качестве минимальных критериев для того, чтобы корзина считалась «хорошей», что в основном означает, что корзина должна состоять из одного или нескольких штаммов одного вида. (результаты других пороговых значений см. на рисунках S3 и S4). Формулы для этого расчета описаны в Дополнительной информации 1. Среди всех инструментов биннинга MetaBAT объединял наибольшее количество геномов почти на каждом пороге отзыва (рис.3A). CONCOCT - единственный инструмент, который производит больше бинов генома с более чем 80% или 90% полнотой, чем MetaBAT, но MetaBAT производит намного больше бинов с порогом полноты 70%. Интересно, что мы обнаружили, что эти инструменты дополняют друг друга при формировании бункеров генома (рис. 3B, GroopM был опущен, поскольку он обнаруживает только несколько геномов). Среди уникальных 133 бункеров генома, коллективно сформированных всеми инструментами, MetaBAT объединяет наибольшее количество геномов (111, 83,5%) с 23 бинами (17,2%), которые не были обнаружены никаким другим инструментом.

    Binning performance on synthetic metagenomic assemblies.
    Рисунок 3: Производительность биннинга на синтетических метагеномных сборках.
    (A) Количество геномов (ось X ), идентифицированных каждым методом биннинга (ось Y ) с разным порогом отзыва (полноты) и точностью> 90%, что позволяет рассчитать отсутствие загрязнения. (B) Диаграмма Венна идентифицированных геномов с помощью 4 лучших методов биннинга.

    MetaBAT очень эффективно выполняет вычисления; весь процесс биннинга занял всего 14 минут и 4 ГБ ОЗУ (Таблица 1).Множественные симуляции дали почти идентичные результаты производительности и поэтому не были показаны.

    Таблица 1:

    Производительность биннинга синтетических метагеномных сборок.

    MetaBAT Навес КОНКОКТ MaxBin GroopM b
    Количество идентифицированных бинов (> 200 кб) 340 230 235 260 445
    Количество обнаруженных геномов (точность>.9 и отзыв> .3) 111 90 56 39 6
    Время стены (16 ядер; 32 гиперпотока) 00:13:55 00:21:01 a 104: 58: 01 20:51:19 45:29:39
    Пиковое использование памяти (для шага биннинга) 3.9G 1.82G a 9,55 г 7,7 г 38 г
    DOI: 10.7717 / peerj.1165 / table-1

    Производительность биннинга на реальных метагеномных сборках

    Затем мы проверили производительность MetaBAT на реальных метагеномных сборках. Используя те же необработанные данные о последовательности из указанного выше набора данных MetaHIT, мы объединили последовательности из всех образцов, а затем собрали их с помощью ассемблера Ray Meta (Boisvert et al., 2012). Поскольку реальные метагеномные сборки часто содержат много небольших контигов, мы снизили требования к минимальному размеру контигов с 2,5 кб до 1,5 кб, чтобы включить больше контигов в наш эксперимент с биннингом. В результате для биннинга было использовано 118 025 контигов. Затем мы запустили вышеуказанные 5 инструментов биннинга с их настройками по умолчанию для этого набора данных. В отличие от предыдущего эксперимента по моделированию, в этом эксперименте у нас нет эталонного генома для каждой корзины генома; вместо этого мы использовали CheckM (Parks et al., 2015) для расчета приблизительного уровня отзыва (процент ожидаемых одиночных копий генов, которые объединены) и точности (отсутствие генов из разных геномов).Полное описание этого эксперимента доступно на вики-странице MetaBAT: https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/wiki/Benchmark_MetaHIT.

    Подобно предыдущему «безошибочному» эксперименту, MetaBAT снова идентифицировал наибольшее количество уникальных бинов генома, имеющих точность> 90% (рис. 4A). В этом эксперименте с реальными метагеномными контигами была потеряна превосходная полнота, которую мы видели в CONCOCT во время «безошибочного» эксперимента. Более того, количество бинов генома, сформированных MetaBAT, было постоянно больше других на каждом пороге полноты.Точно так же разные инструменты, как и раньше, дали дополнительные результаты биннинга (рис. 4B). На этот раз вклад MetaBAT, кажется, более заметен. Он пропустил 17 бункеров, сформированных всеми другими инструментами вместе взятыми, но восстановил 31 бункер, который не производил ни один другой инструмент. Один только MetaBAT восстановил 90,2% (133/144) бункеров генома с помощью всех инструментов. Эти результаты предполагают, что MetaBAT очень надежен при работе с реальной сборкой метагенома. В соответствии с экспериментом по моделированию MetaBAT очень эффективен в вычислительном отношении и требует всего 4 мин для завершения этого эксперимента (таблица 2).

    Binning performance on real metagenomic assemblies.
    Рисунок 4: Производительность биннинга на реальных метагеномных сборках.
    (A) Количество геномов (ось X ), идентифицированных каждым методом биннинга (ось Y ) с разным порогом отзыва (полноты) и точностью> 90%, что позволяет рассчитать отсутствие загрязнения. (B) Диаграмма Венна идентифицированных геномов с помощью 4 лучших методов биннинга. Таблица 2:

    Сводная информация о производительности биннинга на реальной метагеномной сборке.

    MetaBAT Навес КОНКОКТ MaxBin GroopM b
    Количество идентифицированных бинов (> 200 кб) 234 223 260 168 335
    Количество обнаруженных геномов (точность> 9 и отзыв>.3) 130 96 64 39 28
    Время стены (16 ядер; 32 гиперпотока) 00:03:36 00:02:31 a 82:19:53 06:49:39 12:19:12
    Пиковое использование памяти (для шага биннинга) 3.0G 1,6 г a 7G 5,8 г 6.3 г
    DOI: 10.7717 / peerj.1165 / таблица-2

    Чтобы проверить производительность MetaBAT на крупномасштабных наборах метагеномных данных, мы использовали набор данных, содержащий 1704 (с повторениями) образцов микробиома кишечника человека (номер доступа: ERP002061 (Nielsen et al., 2014).Весь набор данных был собран с использованием ассемблера Ray Meta (Boisvert et al., 2012) и Megahit (Li et al., 2015), в результате получилось 1058952 контига (> 1 kb), которые затем были использованы для биннинга. MetaBAT потребовалось менее 2 часов для генерации 1634 бинов генома (> 200 КБ) с использованием одного узла с 16 ядрами ЦП (32 гиперпотока), а пиковое потребление памяти составило 17 ГБ. Для сравнения, Canopy занял 18 часов при использовании 36 ГБ памяти при тех же настройках. Другие инструменты объединения - CONCOCT, GroopM и MaxBin - не смогли сгенерировать какие-либо бины генома для этого набора данных, вероятно, из-за их неспособности масштабироваться.Для оценки точности мы использовали CheckM (Parks et al., 2015) и идентифицировали 610 бинов высокого качества (точность> 90% и полнота> 50%) среди бинов, предсказанных MetaBAT, что на 35% больше, чем опубликованные бины CAG ( Nielsen et al., 2014) и на 11% больше, чем бункеры Canopy с использованием нашей сборки. Подробную информацию об использовании MetaBAT в этом большом наборе данных см. По адресу: https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/wiki/Example_Large_Data.

    Пост-биннинг для дальнейшего улучшения качества

    Сборка из объединенных образцов в вышеупомянутом эксперименте повышает вероятность того, что похожие геномы (например,g., разные штаммы), присутствующие в разных образцах, собираются в химерные контиги. Такой уровень загрязнения может быть недопустимым для некоторых приложений. Исходя из предположения, что один образец будет содержать меньше штаммов одного вида, чем все объединенные образцы, мы реализовали дополнительный процесс пост-биннинга, чтобы снизить загрязнение на уровне штаммов. Вкратце, мы сначала выбрали одну выборку с наибольшим количеством чтений, сопоставленных с конкретным бункером, а затем собрали эти чтения в новый набор контигов.Если новые контиги дают лучшие результаты CheckM, мы впоследствии заменили старые контиги в этом бункере новыми.

    Этот этап постобработки значительно улучшил как полноту, так и точность (отсутствие загрязнения) для 61% (992 из 1634) бункеров генома. Всего было 571 бин с точностью> 95% и полнотой> 50% по сравнению с 375 без постобработки. Это улучшение стало более очевидным, когда мы увеличили порог точности до> 99%, поскольку количество бинов высокого качества увеличилось с 46 до 186.

    За счет включения дополнительных данных секвенирования и других оптимизаций после биннинга Nielsen et al. (2014) сгенерировали 373 черновика генома высокого качества («геномы MGS»). Поэтому мы использовали эти черновики геномов MGS в качестве эталона для дополнительной оценки качества бинов генома MetaBAT после постобработки. Как показано на фиг. 5A, 31 проект генома MGS не был хорошо представлен бинами MetaBAT, но MetaBAT восстановил 55 дополнительных бинов генома, о которых не сообщалось в проектных геномах MGS. Для этих перекрывающихся бинов большинство бинов MetaBAT по точности приближается к черновым геномам MGS - точность 94% и полнота 82% (рис.5В).

    Comparison between MetaBAT bins after post-processing and MGS draft genomes from Nielsen et al.
    Рисунок 5: Сравнение бункеров MetaBAT после постобработки и черновиков геномов MGS от Nielsen et al.
    (A) Диаграмма Венна идентифицированных бункеров генома с помощью MetaBAT, имеющих точность> 90% и полноту> 30%, рассчитанную с помощью CheckM, и соответствующие геномы один к одному в черновых геномах MGS. (B) Диаграмма разброса полноты и точности для бункеров генома MetaBAT, когда проект геномов MGS считается золотым стандартом. X - ось представляет собой общую долю баз в терминах бинов MetaBAT (т.е.е., точность), а ось y представляет общую пропорцию оснований с точки зрения геномов MGS (то есть полноты). Каждый кружок представляет уникальные бункеры MetaBAT, имеющие однозначно соответствующие геномы MGS (всего 342 бина), и его размер соответствует размеру бункера.

    Обсуждение

    В заключение, мы разработали эффективный и полностью автоматизированный инструмент для объединения метагеномов, MetaBAT, и оценили его способность реконструировать геномы с использованием как синтетических, так и реальных наборов данных метагенома.Применение MetaBAT к крупномасштабным комплексным данным микробиома человека позволяет восстановить сотни высококачественных бункеров генома, в том числе многие пропущенные альтернативными инструментами. Дополнительный этап постобработки улучшает общее качество биннинга.

    Одним из ограничений этого исследования является выбор оптимальных параметров для биннинга. MetaBAT не выбирает параметры биннинга автоматически на основе базовых данных. Вместо этого MetBAT предоставляет пять предустановленных условий, которые позволяют пользователю выбирать различные уровни чувствительности и специфичности (подробности см. В интерактивном руководстве по программному обеспечению).Пользователям настоятельно рекомендуется изучить различные предустановки для достижения наилучшего результата. Еще одно ограничение этого исследования - выбор наборов данных. Поскольку основная цель заключалась в том, чтобы представить новый алгоритм объединения метагеномов, мы выбрали только синтетический набор данных, небольшой набор реальных данных и большой набор реальных данных, чтобы протестировать производительность MetaBAT и сравнить его с альтернативами. Однако микробные сообщества могут сильно различаться по составу и структуре. Подобные сравнения, примененные к другому набору данных, могут дать разные результаты.Пользователям также рекомендуется систематически оценивать разные биннеры для определенного набора данных для сравнения производительности или объединять результаты из разных инструментов для комплексного биннинга.

    Хотя все методы биннинга, оцениваемые в этом исследовании, основаны на TNF, совместном изобилии или обоих, лежащие в основе алгоритмы сильно отличаются друг от друга. Реализованный в MetaBAT алгоритм несколько отличается от существующих методов. Во-первых, MetaBAT использует различные размеры контигов для вычисления апостериорных вероятностей TNF.Во-вторых, MetaBAT динамически взвешивает TDP и ADP в зависимости от количества выборок. Ни один из существующих инструментов не использует эти два метода. Наконец, MetaBAT использует масштабируемую эвристику для итеративной кластеризации контигов. Для вычисления попарной матрицы расстояний контигов, необходимой для кластеризации, MetaBAT не требует большого количества выборок, так как он использует интеграцию TDP и ADP (когда размер выборки мал, больший вес придается TDP, см. Методы). Напротив, алгоритм кластеризации, используемый в Canopy (Nielsen et al., 2014) требует большого количества выборок, так как он основан на коэффициентах корреляции Пирсона.

    Одним из заметных улучшений MetaBAT по сравнению с другими автоматизированными инструментами является его вычислительная эффективность. В дополнение к низким требованиям к памяти и высокой скорости вычислений, если выполнить несколько циклов биннинга для точной настройки параметров в большом наборе данных (по умолчанию MetaBAT выполняет небольшую оптимизацию параметров), MetaBAT может быть еще быстрее, поскольку он сохраняет промежуточные вычисления. Например, группирование с ~ 1 млн контигов и ~ 1 тыс. Выборок во второй раз занимает всего несколько минут.

    Перед применением MetaBAT следует учесть несколько моментов. Одним из важных соображений является минимальное количество выборок, необходимое для разумной производительности биннинга. Хотя MetaBAT может работать только с одним образцом или даже в режиме только TNF для биннинга, как показано на рис. S6, наш общий совет заключается в том, что большее количество и разнообразных выборок дает лучшие результаты биннинга. Чем больше вариации численности среди выборок целевого вида, тем более вероятно, что MetaBAT создаст хороший геномный набор для этого вида.Второе соображение - это качество сборки метагенома. Мы не ожидаем, что бининг будет хорошо работать с плохими сборками метагенома, например, сборками, включающими множество небольших контигов размером менее 1 КБ, поскольку метрики расстояния, вычисленные для небольших контигов, не будут очень надежными.

    Дополнительная информация

    ,

    : Элемент Table - веб-технологии для разработчиков

    Элемент HTML

    представляет табличные данные, то есть информацию, представленную в двумерной таблице, состоящей из строк и столбцов ячеек, содержащих данные.

    Исходный код этого интерактивного примера хранится в репозитории GitHub. Если вы хотите внести свой вклад в проект интерактивных примеров, клонируйте https://github.com/mdn/interactive-examples и отправьте нам запрос на перенос.

    элементов,
  • необязательный элемент
  • ,
  • либо одно из следующих:
    • ноль или более
  • элементов
  • один или несколько элементов
  • необязательный элемент
  • Категории контента Расход
    Разрешенное содержание В этом порядке:
    1. необязательный элемент
    ,
  • ноль или более
  • Отсутствие тега Нет, и начальный, и конечный тег являются обязательными.
    Разрешенные родители Любой элемент, который принимает содержимое потока
    Неявная роль ARIA стол
    Разрешенные роли ARIA Любая
    Интерфейс DOM HTMLTableElement

    Атрибуты

    Этот элемент включает глобальные атрибуты.

    Устаревшие атрибуты

    выровнять

    Этот перечислимый атрибут указывает, как таблица должна быть выровнена внутри содержащего документа.Может иметь следующие значения:

    • слева : таблица отображается в левой части документа;
    • центр : таблица отображается в центре документа;
    • справа : таблица отображается в правой части документа.

    Установите margin-left и margin-right на auto или margin от до 0 auto для достижения эффекта, аналогичного атрибуту align.

    bgcolor

    Цвет фона таблицы. Это шестизначный шестнадцатеричный код RGB с префиксом # . Также можно использовать одно из предопределенных цветовых словечек.

    Для достижения аналогичного эффекта используйте свойство CSS background-color .

    граница

    Этот целочисленный атрибут определяет в пикселях размер рамки, окружающей таблицу.Если установлено значение 0, атрибут кадра устанавливается на недействительный.

    Для достижения аналогичного эффекта используйте сокращенное свойство CSS border .

    подкладка

    Этот атрибут определяет расстояние между содержимым ячейки и ее границей, отображается или нет. Если длина cellpadding определена в пикселях, это пространство размером в пиксель будет применено ко всем четырем сторонам содержимого ячейки. Если длина определяется с использованием процентного значения, содержимое будет центрировано, а общее вертикальное пространство (вверху и внизу) будет представлять это значение.То же верно и для всего горизонтального пространства (слева и справа).

    Для достижения аналогичного эффекта примените свойство border-collapse к элементу

    со значением collapse, а свойство padding - к элементам
    .

    расстояние между ячейками

    Этот атрибут определяет размер пространства между двумя ячейками в процентах или пикселях.Атрибут применяется как по горизонтали, так и по вертикали к пространству между верхом таблицы и ячейками первой строки, слева от таблицы и первого столбца, справа от таблицы и последнего столбца и нижней части таблицы. таблица и последняя строка.

    Для достижения аналогичного эффекта примените свойство border-spacing к элементу

    . border-spacing не имеет никакого эффекта, если для border-collapse установлено значение collapse.

    рама

    Этот перечислимый атрибут определяет, какая сторона кадра, окружающего таблицу, должна отображаться.

    Для достижения аналогичного эффекта используйте свойства border-style и border-width .

    правила

    Этот перечислимый атрибут определяет, где правила, то есть строки, должны отображаться в таблице.Может иметь следующие значения:

    • нет , что означает, что правила отображаться не будут; это значение по умолчанию;
    • групп , что приведет к отображению правил между группами строк (определенными элементами
    , и ) и между группами столбцов (определенными элементом и элементов) только;
  • строки , что приведет к отображению правил между строками;
  • columns , что приведет к отображению правил между столбцами;
  • все , что приведет к отображению правил между строками и столбцами.
  • Для достижения аналогичного эффекта примените свойство border к соответствующим элементам

    , , , или .

    сводка
    Этот атрибут определяет альтернативный текст, который резюмирует содержимое таблицы. Вместо этого используйте элемент

    Таблица с colgroup

    <Таблица> <Й> Страна <Й> Столица <Й> Население <Й> Язык <Цв> <Й> Известь <Й> Лимон <Й> Orange
     стол
    {
    граница-коллапс: коллапс;
    интервал границы: 0 пикселей;
    }
    таблица, th, td
    {
    отступ: 5 пикселей;
    граница: сплошной черный 1px;
    } 

    Проблемы доступности

    Подписи

    Предоставляя элемент

    Предоставление объявления scope = "col" в элементе

    .
    ширина

    Этот атрибут определяет ширину таблицы. Вместо этого используйте свойство CSS width .

    Примеры

    Простой стол

     <таблица>
      
    John Doe
    Джейн Doe

    Другие примеры

     

    Простая таблица с заголовком

    <Таблица>
    Имя Фамилия
    John Doe
    Джейн Doe

    Таблица с thead, tfoot и tbody

    <Таблица>
    Содержание заголовка 1 Содержание заголовка 2
    Основной текст 1 Основной текст 2
    Содержание нижнего колонтитула 1 Содержание нижнего колонтитула 2
    США Вашингтон, Д.С. 309 миллионов английский
    Швеция Стокгольм 9 миллионов Swedish

    Таблица с colgroup и col

    <Таблица>
    Green Желтый Orange

    Простая таблица с подписью

    <Таблица>
    Замечательная подпись
    Отличные данные
    , значение которого четко и лаконично описывает назначение таблицы, он помогает людям решить, нужно ли им читать остальную часть содержимого таблицы или пропустить ее.

    Это помогает людям ориентироваться с помощью вспомогательных технологий, таких как программы чтения с экрана, людям с нарушениями зрения и людям с когнитивными проблемами.

    Объем строк и столбцов

    Атрибут области действия в элементах заголовка является избыточным в простых контекстах, поскольку область действия определяется. Однако некоторые вспомогательные технологии могут не давать правильных выводов, поэтому указание области заголовка может улучшить взаимодействие с пользователем. В сложных таблицах область действия может быть указана так, чтобы предоставить необходимую информацию о ячейках, связанных с заголовком.

    Пример
     <таблица>
      
    Названия и значения цветов
    Имя HEX HSLa RGBa
    Бирюзовый <код> # 51F6F6 hsla (180, 90%, 64%, 1) rgba (81, 246, 246, 1)
    Золотарник <код> # F6BC57 hsla (38, 90%, 65%, 1) rgba (246, 188, 87, 1) поможет описать, что ячейка находится наверху столбца.Предоставление объявления scope = "row" в элементе поможет описать, что ячейка является первой в строке.

    Сложные столы

    Вспомогательные технологии, такие как программы чтения с экрана, могут испытывать трудности при синтаксическом анализе таблиц, которые настолько сложны, что ячейки заголовков невозможно связать строго по горизонтали или вертикали. Обычно на это указывает наличие атрибутов colspan и rowspan .

    В идеале рассмотрите альтернативные способы представления содержимого таблицы, включая разбиение ее на коллекцию меньших связанных таблиц, которые не должны полагаться на использование атрибутов colspan и rowspan .Помимо помощи людям, использующим вспомогательные технологии, в понимании содержимого таблицы, это также может принести пользу людям с когнитивными проблемами, которые могут испытывать трудности с пониманием ассоциаций, описываемых макетом таблицы.

    Если таблица не может быть разбита на части, используйте комбинацию атрибутов id и заголовков , чтобы программно связать каждую ячейку таблицы с заголовком (ами), с которым связана ячейка.

    Технические характеристики

    Совместимость с браузером

    Обновление данных совместимости на GitHub
    Desktop Mobile
    Chrome Edge Firefox Internet Explorer Opera Safari Android webview Chrome для Android Chrome для Android Firefox Opera для Android Safari на iOS Samsung Internet
    таблица Chrome Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    выровнять Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    bgcolor Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    бордюр Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    обивка ячейки Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    расстояние между ячейками Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    рама Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    правила Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    сводка Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0
    ширина Хром Полная поддержка 1 Кромка Полная поддержка 12 Firefox Полная поддержка 1 IE Полная поддержка Да Opera Полная поддержка Да Safari Полная поддержка Да WebView Android Полная поддержка 1 Chrome Android Полная поддержка 18 Firefox Android Полная поддержка 4 Опера Android Полная поддержка Да Safari iOS Полная поддержка Да Samsung Интернет Android Полная поддержка 1.0

    Обозначения

    Полная поддержка
    Полная поддержка
    Устарело. Не для использования на новых сайтах.
    Устарело. Не для использования на новых сайтах.

    См. Также

      Свойства CSS
    • , которые могут быть особенно полезны для стилизации элемента : .Генератор таблиц HTML

      Div | 𝗗𝗜𝗩 𝗧𝗔𝗕𝗟𝗘.𝗖𝗢𝗠

      Быстрое создание

      Настройте параметры и щелкните поле, чтобы создать таблицу!

      Настройки

      Таблица / Div:

      Теги Div Теги таблицы

      Граница:

      Ширина:

      % ПВ

      Cell Padding:

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      х

      ,

      Добавить комментарий

      Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *