применение, полезные свойства и противопоказания

Что такое перга

Перга, называемая в старину «пчелиным хлебом» или «хлебиной», образуется из пыльцевой обножки (собранных пчелами зерен пыльцы), которую пчелы приносят в улей в специальных корзиночках на задних лапках, а затем утрамбовывают в соты и запечатывают сверху медом. Законсервированная таким образом и лишенная доступа воздуха пыльцевая обножка под воздействием повышенной влажности и температуры проращивается, а затем при участии меда и ферментов пчелиных глоточных желез подвергается молочнокислому брожению, в результате чего и получается перга, являющаяся по сути ценным белковым кормом для пчелиных личинок (молочнокислая ферментация перги полностью заканчивается через 15 дней). Накапливающаяся в перге во время брожения молочная кислота благодаря своему бактерицидному действию способствует стерилизации перги в сотах и соответственно обеспечивает ее длительный срок хранения.

Состав и лечебно-профилактическое действие перги

Так как биохимический состав пыльцевой обножки во многом зависит от видов растений, с которых пчелы собирают пыльцу, то и состав перги, образующейся из пыльцевой обножки, не является постоянным.

Однако в составе перги всегда присутствуют: моносахариды, 16 заменимых и незаменимых аминокислот (глютаминовая, лейцин, аспарагиновая, серин, аланин, треонин, глицин, изолейцин, валин, пролин, тирозин, лизин, фенилаланин, аргинин, гистидин, метионин), 13 жирных кислот (линолевая (Омега-6), линоленовая (Омега-3), миристолеиновая, миристиновая, олеиновая, пальмитиновая, пальмитолеиновая, арахидоновая и др.), каротиноиды (предшественники витамина А),

витамины (Е, С, D, P (рутин), К, B1, B2, B3, B6), макро- и микроэлементы (калий, магний, фосфор, марганец, железо, медь, цинк, хром, йод, кобальт и др.), а также играющие важную роль в различных обменных процессах органические кислоты, ферменты и гормоноподобные вещества. Перга отличается, как правило, высокой концентрацией каротиноидов и витамина Е, а также особенно богата калием, магнием, железом, медью, кобальтом, цинком. Из статьи «Горчичное масло» вы можете узнать подробно о полезных свойствах содержащихся в перге Омега-3 и Омега-6 жирных кислот, каротиноидов, витаминов Е, D, К, B3, B6.

---

По содержанию моносахаридов, витаминов, минеральных веществ и ферментов, а также по пищевой и энергетической ценности и усваиваемости организмом человека перга значительно превосходит цветочную пыльцу, а вот по количеству жиров и белков (близких по аминокислотному составу близки к белкам мяса и куриного яйца) несколько уступает собираемой пчелами пыльце. Стоит также отметить, что при внутреннем употреблении прошедшей молочнокислое брожение перги риск возникновения аллергических реакций намного ниже, чем при употреблении цветочной пыльцы, из которой перга образуется в пчелиных сотах.

---

При регулярном употреблении способствующая повышению жизненного тонуса и укреплению иммунитета перга:

• Восстанавливает нормальный баланс кишечной микрофлоры и улучшает состояние слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта, способствует повышению аппетита, улучшает работу печени, стимулирует желчеотделение, ускоряет выведение из организма различных токсинов.
• Улучшает периферийное, коронарное и мозговое кровообращение, улучшает кроветворную функцию, способствует снижению содержания в крови холестерина и повышению уровня гемоглобина, улучшает реологические свойства крови, благотворно влияет на функциональное состояние сердечной мышцы и кровеносной системы. Богатая необходимыми для полноценной работы сердца калием и магнием, а также оказывающая сосудорасширяющее действие (благодаря таким компонентам как витамин B3, магний и аспарагиновая кислота) перга способствует улучшению кровообращения, метаболических процессов в миокарде и сократительной функции сердечной мышцы. Образованию в просветах кровеносных сосудов атеросклеротических бляшек препятствуют содежащиеся в перге и оказывающие гиполиподемическое действие аминокислоты лизин и аргинин, витамин Е, магний, марганец, цинк, хром, йод. Антисклеротическое действие перги также в значительной степени связано с присутствием в ее составе укрепляющих стенки артерий и капилляров рутина (витамина P) и витамина С. В перге также высока концентрация веществ, играющих важную роль в естественном синтезе гемоглобина (в числе таких компонентов перги — железо, витамин С, медь, цинк, марганец, кобальт, хром, витамин Е, рутин, аминокислоты лизин, метионин, изолейцин, гистидин).
• Способствует повышению устойчивости организма человека к бактериальной и вирусной инфекции, а также к воздействию других неблагоприятных факторов внешней среды (таких как резкие изменения климата, атмосферного давления, холод, жара, воздействие токсинов, ионизирующей радиации).
  Перга, как и большинство других апипродуктов, способна повышать адаптогенную способность организма человека, а также содержит в своем составе вещества, обладающие бактерицидным свойством (молочная кислота и другие органические кислоты), и компоненты, проявляющие противовирусную активность (аминокислота лизин, цинк).
• Предупреждает развитие воспалительных процессов, активизирует регенерацию поврежденных тканей. Данным свойством перга обладает благодаря присутствию в ее составе витаминов Е, К и С, каротиноидов, органических кислот, аминокислот гистидина, лизина, аргинина, лейцина, пролина, валина, а также некоторых макро- и микроэлементов (в числе которых — кальций, магний, марганец, цинк, медь, кобальт).
• Оказывает антистрессовое и антидепрессантное действие, способствует повышению физической и умственной работоспособности. Перга содержит такие природные антидепрессанты как цинк и витамин B6, а также в составе перги присутствуют и другие вещества, необходимые для полноценной работы головного мозга и других участков центральной нервной системы (в их ряду — витамин B3, медь, магний, йод, глютаминовая аминокислота, аминокислоты пролин, валин, глицин и др.). Способствующая увеличению мышечной массы и уменьшению жировых отложений, улучшающая фунциональное состояние мускулатуры перга также отличается высоким содержанием компонентов, повышающих выносливость при интенсивной физической нагрузке (аспарагиновая кислота, аминокислоты валин и аргинин, витамин Е, калий, магний, фосфор).
• Способствует улучшению работы надпочечников и других органов эндокринной системы.
• Способствует восстановлению нормального гормонального баланса и повышению потенции, улучшает кровоснабжение органов женской и мужской репродуктивной систем, благотворно влияет на процесс сперматогенеза и эмбрионального развития. Содержащиеся в перге полиненасыщенные жирные кислоты (Омега-3, Омега-6 и др.) защищают от вредных воздействий клетки мужской и женской репродуктивных систем (сперматозоиды и яйцеклетки). Такие компоненты перги как витамин Е, аминокислота аргинин, цинк и марганец в комплексном сочетании способствуют улучшению эректильной функции, благотворно влияют на выработку спермы и ее качество, а также активизируют синтез мужского полового гормона тестостерона. Эти же вещества, а также входящие в состав перги витамин B6 и фитостеролы способствуют улучшению функционального состояния женской половой системы.
• Препятствует преждевременному старению и благотворно влияет на состояние кожи. Перга является не только богатым источником природных антиоксидантов, но также содержит в значительном количестве вещества, играющие важную роль в естественной выработке белка коллагена, придающего коже упругость и эластичность (витамины С и Е, рутин, каротиноиды, цинк, медь, фитогормоны, аминокислоты лизин, треонин, метионин, лейцин, фенилаланин, молочная кислота).

---

Оказывающая общеукрепляющее действие и способствующая восстановлению энергетических ресурсов организма человека перга существенно снижает риск развития и повышает эффективность лечения:

• Пищевых отравлений и других видов интоксикаций
• Атеросклероза, ишемической болезни сердца, сердечной недостаточности, дистрофии миокарда, артериальной гипертонии, артериальной гипотонии, тромбозов, тромбофлебитов, варикозного расширения вен
• Гепатита, желчекаменной болезни, холецистита, гастрита, колитов, энтерита, энтероколита, дисбактериоза, язвы желудка и двенадцатиперстной кишки и других заболеваний пищеварительной системы
• Аденомы простаты, простатита, мужского бесплодия и других заболеваний мужской мочеполовой системы
• Железодефицитной анемии, лейкемии
• Вегето-сосудистой дистонии, заболеваний нервной и эндокринной систем
• Респираторных заболеваний (ОРЗ (в том числе вызванных вирусом гриппа), туберкулеза легких, бронхиальной астмы, бронхита, ангины, ларингита, фарингита и др. )
• Дерматологических заболеваний (псориаза, нейродермита, экземы и др.)
• Заболеваний почек
• Заболеваний органов зрения
• Заболеваний женской половой сферы

Показаниями к употреблению перги также являются:

• Нарушение кровоснабжения головного мозга, ухудшение памяти
• Депрессивные состояния, синдром хронической усталости
• Иммунодефицитные состояния
• Повышенные физические, умственные и психоэмоциональные нагрузки
• Анорексия, гипотрофия и нарушения пищеварения у детей

Регулярное употребление перги также рекомендуется:

• В период восстановления после перенесенного инфаркта или инсульта
• Онкологическим больным в период восстановления после курсов химио- и лучевой терапии
• В составе комплексной программы укрепления иммунитета
• В составе комплексной программы борьбы с алкогольной или наркотической зависимостью
• Пожилым людям — для активизации обменных процессов, профилактики болезни Альцгеймера и других «возрастных» заболеваний головного мозга
• Беременным и кормящим грудью женщинам (перга повышает уровень гемоглобина у беременных, благотворно влияет на развитие плода, предупреждает развитие послеродовой депрессии, способствует улучшению лактации).

Способ употребления

Средняя разовая доза перги для взрослого человека составляет 0,5 чайной ложки (суточная доза для взрослых — не больше 30 г), для детей 0,3 — 0,25 чайной ложки (или 70-100 мг на 1кг массы тела). Пергу рекомендуется употреблять 2-3 раза в день за полчаса до еды (пергу следует держать под языком до полного рассасывания, не запивая водой). Рекомендуемая длительность лечебно-профилактического курса приема перги составляет 3-4 недели, перерыв между курсами — 10 дней.

Из-за тонизирующего действия употребление перги не рекомендуется позже 18 часов.

Способствующая омоложению, увлажнению и повышению эластичности кожи, перга — это также полезная витаминно-минеральная добавка к косметическим средствам для ухода за зрелой или увядающей кожей (маски с пергой рекомендуется делать 1-2 раза в неделю).

Противопоказания к употреблению

Индивидуальная непереносимость апипродуктов (продуктов пчеловодства), острые инфекционные или онкологические заболевания. С осторожностью употреблять при артериальной гипертонии, бессоннице, повышенной нервной возбудимости.

Другие продукты пчеловодства:

Перга пчелиная натуральная, 100 гр., пластик :: Онлайн-ярмарка :: СП «Золотая пора»

Перга — это цветочная пыльца, собранная пчёлами с цветков растений, сложенная и утрамбованная в соты, залитая сверху мёдом.

Один из ценнейших продуктов пчеловодства.
Её называют также «пчелиным хлебом» или «хлебиной».

«Хлебина» – это основная пища молодых, недавно вылупившихся и, соответственно, активно растущих и развивающихся пчёл, а также важнейшая биоактивная добавка к рациону всего улья.

Пчелиная перга изготавливается трудолюбивыми насекомыми из свежесобранной пыльцы, обогащённой в зобе пчелы особыми ферментами.
Такая пыльца складывается в специальные, «чёрные» соты, заливается мёдом, консервируется молочной кислотой и запечатывается на определённый промежуток времени.
В течение всего срока консервации пыльца с мёдом претерпевают невероятные изменения, превращаясь в насыщенный белково-углеводный корм для расплода.
И если собственно пыльца чрезвычайно полезна и сама по себе, то получившаяся из неё медовая перга – просто сказочная сокровищница полезных веществ.

Перга содержит полный спектр витаминов, необходимых человеку для поддержания здоровья и прекрасного самочувствия, а также огромное количество важных макро- и микроэлементов.
Особенно много в перге витамина C – настолько, что, добавив в сезон простуд 1-2 чайные ложки «консервированной пыльцы» в своё меню, вы можете забыть о носовых платках и градуснике: ваш иммунитет, вдохновлённый столь мощной поддержкой, выдержит любой натиск.
Перга содержит также полезный для кожи и очень важный для нормального функционирования органов половой сферы витамин E, необходимый для зрения витамин A, витамины P, D, B1, B2, B6 и B12.

Способ применения: 0,5 чайной ложки (2,5 г.) перги 2 раза в день.

Первый прием лучше сделать с утра натощак за полчаса до еды. Можно принимать пергу в сочетании с таким же количеством мёда.

Не стоит принимать пергу после 18:00: обладая тонизирующими свойствами, она вполне может вызвать бессонницу.

Место сбора: Краснодарский край.

Перга пчелиная как принимать

Перга пчелиная ценный продукт пчеловодства, обладающий большим количеством полезных свойств, при правильном приеме перги можно не только повысить иммунитет, снять хроническую усталость, но и вылечить многие заболевания. Возникает вопрос — перга пчелиная как принимать, чтобы сохранить все ценные свойства и получить максимальный эффект от приема перги.

Содержание

• Перга пчелиная как принимать взрослым
• Как правильно принимать пергу пчелиную
• Как принимать пергу пчелиную в гранулах
• Как принимать пергу пчелиную для иммунитета
• Перга пчелиная как принимать детям
• Перга пчелиная как принимать дозировка
• Как принимать пергу при некоторых болезнях
• Перга пчелиная способ применения при миокардите и пороках сердца
• Перга пчелиная способ применения при ишемической болезни сердца (ИБС)
• Перга пчелиная способ применения при анемии
• Как правильно принимать пергу при нарушении сердечного ритма
• Как принимать пергу при гипотонии и гипертонии
• Как правильно принимать пергу для профилактики и лечения инфекционных заболеваний
• Как правильно принимать пергу для лечения пищевой аллергии, кожных заболеваний, заболеваний желудочно-кишечного тракта
• Как принимать пергу при расстройствах половой сферы

 

 

Перга пчелиная как принимать взрослым

Перга пчелиная как принимать взрослым зависит от цели приема – для повышения иммунитета, снятия хронической усталости или для лечения конкретной болезни. Как принимать пергу зависит от вида перги – перга в гранулах, перга в виде порошка, или перга в виде медо-перговой смеси. Исходя из наличия перги и цели, определяется дозировка и время приема перги в каждом конкретном случае.

Как правильно принимать пергу пчелиную

Как правильно принимать пергу пчелиную – такой вопрос должен возникнуть у каждого кто решил принимать пергу с целью повышения иммунитета или для лечения болезни. Как правильно принимать пергу пчелиную в первую очередь зависит от вида перги которую человек решил принимать. Как принимать пергу до или после еды? Чаще всего пергу принимают в чистом виде, пергу ложат под язык и рассасывают пергу под языком, прием перги осуществляют два раза в сутки утром и вечером (обедом) примерно за полчаса до еды. Не рекомендуется принимать пергу ночью или после 19 часов, так как перга оказывает тонизирующее действие и может привести к бессоннице и перевозбуждению нервной системы. Спортсмены могут принимать пергу за час до тренировки, что бы повысить возможности организма.

Как принимать пергу пчелиную в гранулах

У перги есть несколько видов, но самая лучшая перга считается перга в гранулах, она больше всего сохраняет полезных качеств, поэтому возникает вопрос, как принимать пергу пчелиную в гранулах, сколько принимать пергу пчелиную в гранулах. Итак, как правильно принимать пергу в гранулах? Вариантов как принимать пергу пчелиную в гранулах два, первый вариант можно изначально отмерив дозу приема измельчить пергу и затем просто рассасывать под языком уже измельченные гранулы перги. Второй вариант как принимать пергу пчелиную в гранулах — можно просто хорошо разжевать гранулы перги и в последующем рассасывать их под языком до полного растворения. Первый вариант более предпочтителен, так как гранулы не всегда хрупкие и процесс приема перги может затянуться.
Как принимать пергу детям в гранулах? Для того что бы дать пергу ребенку желательно сначала пергу в гранулах измельчить и смешать с медом. Немного подождав пока перга немного отмякнет ее можно давать ребенку.
После приема перги в гранулах не надо ее запивать или заедать едой.
.

Как принимать пергу пчелиную для иммунитета

Пчелиная перга это богатый набор витаминов и микроэлементов, по этой причине перга может быть альтернативой таблеткам — химическим поливитаминам. Организм человека, получая витамины и микроэлементы в достаточном количестве, успешно борется с сезонными заболеваниями, быстрее восстанавливается после перенесенных болезней, организм человека держится в тонусе и справляется с повышенными нагрузками. Поэтому часто принимают пергу пчелиную для иммунитета. Как принимать пергу пчелиную для иммунитета.
Прием перги для укрепления иммунитета проводят курсами по 30 дней с перерывом между курсами от 1 до 2 месяцев. Для повышения иммунитета и профилактики гиповитаминоза проводят 3-х месячные курсы в год. Средняя профилактическая доза перги для взрослых людей составляет от 5 до 10 гр перги в сутки. В одной чайной ложке, если ее набрать с хорошей горкой помещается примерно 6 грамм перги, таким образом, дневная дозировка перги пчелиной взрослым для иммунитета равна 1-2 чайным ложкам. Конечно, вес может зависеть от самой чайной ложки — ее формы. Так что вес довольно условный, для более точных дозировок лучше пользоваться аптечными весами.

 

Перга пчелиная как принимать детям

Часто возникает вопрос можно ли пергу принимать детям и пергу пчелиную как принимать детям, вопрос довольно актуальный учитывая что в последнее время у детей в школе пониженный иммунитет, а вирусных болезней с каждым годом появляется все больше. Да пергу пчелиную можно принимать детям, но уменьшенные дозы – 70-100 мг на кг веса ребенка. Детям до 1 года пергу, как и другие продукты пчеловодства, давать не рекомендуется. Маленьким детям в возрасте с 1 года – 0,5 гр в сутки (разовый прием перги в день), детям после 6 лет – прием перги назначается по 1,5 грамма до двух раз в день. Детям не всегда интересно жевать пергу в гранулах, для детей лучше использовать медоперговую смесь.
Для получения медоперговой смеси необходимо смешать пергу с медом в соотношении 1 к 2. При этом необходимо держать медоперговую смесь во рту до полного ее растворения слюной.
Прием перги детям обязательно должен быть согласован с врачем — педиатром до начала лечения пергой.

 

Перга пчелиная как принимать дозировка

Перга пчелиная как принимать дозировка при разных заболеваниях будет разной и назначать ее должен опытный апитерапевт или лечащий врач, самолечение недопустимо. Перед приемом перги стоит ознакомиться с противопоказаниями к приему перги, такие тоже есть. Но есть общие рекомендации как принимать пергу пчелиную.
Перга пчелиная как принимать взрослым дозировка в стадии обострения болезни, дозировку приема перги увеличивают в 2-3 раза, но при этом уменьшают длительность приема перги. Точные дозировки и время приема перги назначает опытный апитерапевт или наблюдающий врач в зависимости от болезни.
Как правило 30 грамм перги в сутки назначают при лечении туберкулеза, ОРВИ, вирусного гепатита и иных вирусных инфекций.

 

Как принимать пергу при некоторых болезнях

Перга пчелиная способ применения при миокардите и пороках сердца 

Перга пчелиная способ применения при миокардите и пороках сердца. Для лечения смешивают пергу с медом в соотношении 1 к 2. Сколько раз в день принимать пергу? Принимают по 1 столовой ложки полученной смеси два-три раза в день, продолжительность приема перги 2 месяца. При этом необходимо держать смесь во рту до полного её растворения слюной.
Перга пчелиная способ применения при ишемической болезни сердца (ИБС). Пчелиный хлеб перга применение при ишемической болезни сердца применяют смесь перги и меда в соотношении 1 к 2.

Перга пчелиная способ применения при анемии

Перга пчелиная способ применения при анемии. Способ приема перги следующий. Берут 800 мл кипяченой воды комнатной температуры. Добавляют в нее 180 г меда и 50 г перги. Сначала растворяют в воде мед. Затем при непрерывном помешивании, добавляют пергу. Получившийся раствор оставляют на несколько дней при комнатной температуре до тех пор пока не начнется процесс ферментации. Принимают смесь по три четверти стакана примерно за 20-30 минут до еды при анемиях.

Как правильно принимать пергу при нарушении сердечного ритма

Как правильно принимать пергу при нарушении сердечного ритма. Принимают пергу в течении 1 месяца, по 0,5-1 столовой ложке перги, предварительно настаивая пергу в течение 10-15 минут при комнатной температуре в 50 мл кипячёной воды. При необходимости можно сделать 2 недели перерыв и крс повторить.

Как принимать пергу при гипотонии и гипертонии

Перга сколько принимать в день? Разовая доза перги, которая обеспечивает стимуляцию защитны организма, составляет для взрослого человека от 1 до 2 г перги в день, для ребенка — от 0,5 до 1 г в день при двухразовом или трехразовом примененении. Увеличение массы разовой дозы применения перги не дает существенного эффекта, так как на стимуляцию организма затрачивается именно это количество, а остальное просто используется как калорийное питание. Как принимать пергу до или после еды? Перга это высокоэнергетический продукт, поэтому восприятие его в зависимости от времени приема — натощак или после еды — неоднозначное. Даже прием небольших доз пчелиного хлеба усиливает приток крови к желудку. Поэтому при приеме перги до еды усиленный приток крови к желудку снижает кровяное давление, и люди с пониженным давлением, страдающие гипотонией, а также с нормальным давлением испытывают дискомфортное состояние в результате оттока крови от головы. Через 30—40 минут давление нормализуется и неприятное состояние исчезает. Поэтому прием до еды можно применять только гипертоникам, для которых это пойдет только во благо как средство эффективного снижения и восстановления давления до нормального.
При приеме препарата после еды усиления притока крови к желудку не наблюдается, и этот режим приема является наиболее благоприятным для большинства людей, как взрослых, так и детей. При приеме пчелиного хлеба необходимо учитывать еще одно условие — его нельзя запивать какой-либо жидкостью как минимум в течение получаса.

Как правильно принимать пергу для профилактики и лечения инфекционных заболеваний

Как принимать пергу для иммунитета? Перга — это прекрасное профилактическое средство для взрослых и детей. Принимать пергу для иммунитета необходимо всего одну дневную дозу, тщательно рассасывая ее под языком, — для детей 0,5 г., для взрослых — 2 г. (четверть чайной ложки). Буквально на третий-четвертый день приема перги для иммунитета начинает ощущатся приток новых сил, снижается утомляемость. Проведенный трехнедельный курс (40 грамм перги) укрепляет иммунную систему человека.
При лечении гриппа, ОРВИ, ангин, фарингитов, гепатитов перга норма приема на курс требуется 60—100 г. перги. Прием увеличивается до 3-х—4-х раз в день по 2—4 грамма. Перга способы применения такие же перга рассасывается под языком и не запивается водой в течение получаса.
Как правильно принимать пергу для лечения пищевой аллергии, кожных заболеваний, заболеваний желудочно-кишечного тракта
Перга способы применения при пищевой аллергии у детей, которая обычно вызвана низким иммунитетом и нехваткой витаминов и минеральных веществ. Хорошо поддаются лечению пергой такие заболевания, как псориаз, нейродермит, экземы, герпес. Перга способы применения следующие — 3—4 приема в день по 2—4 г перги. Дополнительно для лечения необходимо применять крем с прополисом для смазывания пораженных участков кожи.
Перга пчелиная применение при лечении пергой желудочно-кишечных заболеваний — гастрита, колита, язв желудка и двенадцатиперстной кишки. При применении перги микрофлора и слизистая кишечника восстанавливаются уже на 3—4-й день. Дозы применения перги при лечении этих заболеваний — 3 раза в день, примерно по 2—4 грамм перги.

Как принимать пергу при расстройствах половой сферы

Перга пчелиная применение при расстройствах половой сферы. Под действием перги улучшается кровоснабжение нижней части тела и периферийных органов, поэтому перга используется для повышения потенции, при лечении мужского бесплодия, аденомы простаты. Для повышения потенции перга применение как принимать — принимают пергу регулярно 1 раз в день, при активной сексуальной жизни — 2—3 раза в день.
При аденоме простаты перга применение как принимать – пергу принимают 2—3 раза в день, в зависимости от состояния больного, по 2—4 грамма.

 

Срок хранения перги пчелиной.

Хранение перги необходимо осуществлять так, чтобы не ухудшилось её качество. Чтобы все полезные вещества сохранились в неизменном виде. От условий хранения перги зависит её лечебный эффект.  Несмотря на то, что перга стерильна, в ней содержится молочная кислота и натуральные антибиотические вещества, которые препятствуют размножению бактерий и грибков,  всё равно желательно хранить её в прохладном месте, лучше даже в холодильнике, в ящике для овощей и фруктов и соблюдать срок хранения перги.
 

Условия хранения.

Перга пчелиная требует для своего хранения определённой температуры и влажности. Перга  гигроскопична и желательно хранение перги в герметической, хорошо укупоренной таре, чтобы влага не воздействовала на пергу. Можно поместить пергу в бумажный пакет и положить этот пакет в ещё один пакет — целофановый. Перга приятна на вкус и её любят всякие жучки-вредители. Это тоже влияет на условия хранения перги. При длительном хранении периодически пергу надо просматривать. Не любит перга и соседства резких запахов, она их хорошо впитывает в себя. Прямой солнечный свет тоже влияет на срок хранения перги.  

                       

В промышленных масштабах,

чтобы перга хранилась дольше её обрабатывают гамма излучением. На полезные свойства перги это не влияет, благодаря этому она может храниться при комнатной температуре. Необходимо сухое место, без попадания воздуха и прямого солнечного света. Перга пчелиная срок хранения имеет 1 год. Пергу можно не извлекать из сотов, а употреблять жуя соты вместе с пергой. Это самый естественный способ применения перги, без вмешательства со стороны человека, но при хранении у такой перги  есть недостатки. При повышенной влажности соты плесневеют, их могут съесть личинки восковой моли, да и жевать такие рамки не очень приятно, так как пчёлы пергу помещают в основоном в старые чёрные соты. Кроме воска и перги там попадается мерва-рубашки расплодных коконов. Перга извлечённая из сотов хранится гораздо лучше. Срок хранения перги влияет на содержание и качество её полезных веществ. Если перга пчелиная  срок хранения имеет больше года, то  она постепенно теряет свою биологическую активность и становится бесполезной.  
 

На мелких пасеках,

обычно перга не подвергается никакой обработке и хранение перги необходимо проводить в холодном месте (холодильнике), также в закрытой упаковке, без попадания воздуха, посторонних запахов. Срок хранения перги 1 год.

                       

 

Извлечение перги из сотов.

В улье пчелы хранят пергу в сотах, запечатанных сверху восковыми крышечками (забрусом). Для извлечения перги из сот в промышленных масштабах обычно используют специальные машины. Это целая технологическая цепочка, состоящая из сушилки перговых сотов, конструкции по извлечению перги и скарификатора-аппарата для царапания восковых крышечек и получению перги в гранулах. Сначала пергу в сотах высушивают до 10-15 % влаги, далее охлаждают до -1 градуса Цельсия. Загружают в специальный бункер, где перга в сотах измельчается, и получается воско-перговая смесь, которая затем просеивается через специальное решето и разделяется: по одному отводку идет перга в гранулах, по другому восковая масса, которая потом переплавляется в воск.  
На небольших пасеках, где нет механизации процесса. Для извлечения перги используют такую же последовательность (сушка, заморозка, измельчение, просеивание) только при помощи бытового измельчителя и сита. 

Существует способ получения перги без заморозки. После выкачки мёда, перговую рамку ставят обратно в улей для осушки пчелами, затем через 2-3 дня достают и в ручную происходит извлечение перги из сотов. Это довольно трудоемкий процесс, но зато сохраняется наибольшая биологическая активность продукта.

 

 

перга для повышения потенции у мужчин

перга для повышения потенции у мужчин

перга для повышения потенции у мужчин

>>>ПЕРЕЙТИ НА ОФИЦИАЛЬНЫЙ САЙТ >>>

Что такое перга для повышения потенции у мужчин?

Когда у тебя не член, а жалкий отросток, то уже и крест на себе впору ставить. Я все надеялся, что попадется мне какая-нибудь принцесса, которая будет меня любить за мою душу. А им всем большой член подавай. Если бы не Биопотен, не знаю, как бы моя жизнь сложилась. С его помощью отрастил член на 4 см за полгода.

Эффект от применения перга для повышения потенции у мужчин

Биопотен — это конечно полезное средство, больше месяца принимал его, правда его нельзя назвать мощным, оно постепенно помогает, но пользу не оспариваю, мне таблетки помогли, но эффект я стал ощущать только к концу первой недели, ну и дальше потенция наладилась, я это чувствовал, ведь эрекция была хорошей, такой у меня точно давно не было, к тому же таблетки не имеют вредных последствий.

Мнение специалиста

Моя жена на порядок младше меня, и не удивительно, что ей хочется гораздо чаще, чем я это уже могу делать. За советом я обратился к специалисту, который посоветовал мне таблетки для потенции Биопотен. Средство действительно работает, уже после первого применения я ощутил себя гораздо моложе. Жена осталась довольна процессом, и я этому рад, ведь ради нее готов на всё.

Как заказать

Для того чтобы оформить заказ перга для повышения потенции у мужчин необходимо оставить свои контактные данные на сайте. В течение 15 минут оператор свяжется с вами. Уточнит у вас все детали и мы отправим ваш заказ. Через 3-10 дней вы получите посылку и оплатите её при получении.

Отзывы покупателей:

Юля

Я раньше думал, что проблемы с потенцией возникают только у мужчин старше 50 лет. Оказалось, что снижение сексуального влечения обычное дело и в более молодом возрасте. Спасибо специалисту, посоветовавшему капсулы Биопотен для превентивного лечения. Пропил средство курсом (3 недели) и больше не волнуюсь, что могут быть досадные осечки в постели.

Маша

А мне Биопотен на все сто понравился, я раньше виагру принимал, но она сердце лихо садит и давление повышает, а этот препарат только лучше и здоровее меня делает. Я не только улучшение в потенции чувствовал, но и весь мой организм здоровее становился, не знаю как правильно описать, я просто прекрасно себя чувствовал, при этом с очень крепкой и здоровой потенцией.

Купил пробный курс Биопотен ради интереса. Цена была смешная, так что ничем не рисковал. Эффект почувствовал после первой капсулы. Работает почти, как Виагра, только не так агрессивно – для эрекции нужно сексуальное влечение. Мне результат курса реально понравился. Где купить перга для повышения потенции у мужчин? Моя жена на порядок младше меня, и не удивительно, что ей хочется гораздо чаще, чем я это уже могу делать. За советом я обратился к специалисту, который посоветовал мне таблетки для потенции Биопотен. Средство действительно работает, уже после первого применения я ощутил себя гораздо моложе. Жена осталась довольна процессом, и я этому рад, ведь ради нее готов на всё.
Потребляемая для повышения потенции пчелиная перна является универсальным средством, которое стоит использовать для общей нормализации самочувствия и влияния на организм мужчины в целом. Как принимать пергу для потенции правильно? Вполне логичный вопросы, который возникает у любого. Польза пчелиной перги для мужчин. Перга, она же хлебина, или пчелиный хлеб, — это пыльца, которую работающие в улье пчелы . Эффективность продукта для повышения потенции зависит от его свежести и состояния здоровья мужчины. Перга особенно хорошо работает при стрессовых и сосудистых. Польза для мужчин заключается в повышении физической активности и выносливости . Изучая зависимость перги и потенции, ученые пришли к выводу, что в чистом виде хлебина помогает бороться с заболеваниями половой дисфункции. Пчелиная перга улучшает у мужчин кровообращение в сосудах половых органов и в . Биостимулятор способствует повышению мышечной массы, поэтому этот . Дозировка для улучшения потенции. Мужчинам с проблемами в сексуальной функции рекомендуется пергу рассасывать дважды в день по 8 грамм. Основную роль в мужском здоровье занимает восстановление потенции с помощью перги. Для повышения силы рекомендовано употреблять ежедневно в течение месяца по столовой ложке. Прием препарата способен излечить ранее семяизвержение. Это существенно изменит интимную жизнь. Сейчас успешно используется перга для повышения потенции у мужчин. Способ применения этого вещества зависит от того, какую его форму употреблять: в чистом виде, или в составе специальных лекарственных средств. Перга — идеальный продукт, который восстанавливает здоровье, в том числе сексуальное. Абсолютно натуральная, собрана пчелами и делает половой акт продолжительным и качественным, укрепляя организм и иммунитет человека. Позитивна для физической и умственной деятельности мужчины. При использовании народных средств для улучшения потенции очень часто отдают предпочтение продуктам пчеловодства. Обязательно нужно отметить пчелиную пергу. Это пыльца цветов, которая утрамбована в ячейки.
http://www.anma.pl/anma_edytor/povyshenie_soe_v_krovi_u_muzhchin_prichiny6219.xml
http://toledo-m.ru/userfiles/povyshenie_mochevoi_kisloty_u_muzhchin_prichiny9190.xml
http://fanaf.org/article_ressources/povyshenie_trombotsitov_v_krovi_u_muzhchin_prichiny6812. xml
http://standartbio.com/fckfiles/prichiny_povysheniia_bilirubina_u_muzhchin4335.xml
http://www.avonstaff.com/userfiles/povyshenie_potentsii_u_muzhchin_lekarstvennye8951.xml
Биопотен — это конечно полезное средство, больше месяца принимал его, правда его нельзя назвать мощным, оно постепенно помогает, но пользу не оспариваю, мне таблетки помогли, но эффект я стал ощущать только к концу первой недели, ну и дальше потенция наладилась, я это чувствовал, ведь эрекция была хорошей, такой у меня точно давно не было, к тому же таблетки не имеют вредных последствий.
перга для повышения потенции у мужчин
Когда у тебя не член, а жалкий отросток, то уже и крест на себе впору ставить. Я все надеялся, что попадется мне какая-нибудь принцесса, которая будет меня любить за мою душу. А им всем большой член подавай. Если бы не Биопотен, не знаю, как бы моя жизнь сложилась. С его помощью отрастил член на 4 см за полгода.
Какие травы полезны для мужской потенции, список лечебных растений, сборов и рецепты приготовления для увеличения мужской силы.  . Травы и сборы для улучшения мужской потенции. Список лучших трав для хорошей эрекции! Перечень растений, которые помогают ликвидировать бессилие, достаточно обширный. Готовить настойки для эффективного повышения потенции у мужчин можно, использовав такие травы: • Петрушка. • Иван-чай. • Чабрец. • Аир. Растения для повышения потенции — 10 самых эффективных. 105348 4. . Для повышения потенции у мужчин придумано множество рецептов с применением . Для увеличения потенции чаще всего применяется корень женьшеня. Лечение травами повышения потенции у мужчин отличается доступностью, помогает решению многих проблем. . Травы для повышения полового влечения, увеличения длительности акта, используют в производстве настоек. Травы имеют высокую эффективность для потенции и здоровья мужчин и применяются веками. Конечно, отвар любого растения не подействует как Виагра, но регулярное использование правильно подготовленного средства эффективно, повышает либидо и улучшает мужское здоровье. Мужчины используют это растение для стимуляции продуцирования семенной . Трава помогает при ослабленной потенции и увеличивает объем спермы. . Вот несколько способов использования этого растения для повышения потенции. Преимущества применения растений, повышающих потенцию. Перечень лекарственных трав для мужчин и их свойства. . Природа предлагает натуральные по составу растительные средства, а именно травы для повышения потенции у мужчин, которые могут помочь в устранении проблем интимной. Препараты для повышения потенции у мужчин после 40-50 лет. 4 Экстракты трав. В последнее время все большую популярность набирают биологически активные добавки для улучшения эректильной функции мужчины. Потенция издревле считалась аналогом мужественности, а угасание сексуальных возможностей болезненно воспринималось самим мужчиной, да и вряд ли могло обрадовать его женщину. С той поры мало что изменилось в этом плане. Скорее ситуация усугубилась пот. Ответить на вопрос, какие травы повышают потенцию у мужчин, может только врач. Эффективные средства для увеличения силы потенции он сможет назначить после проведенного обследования. Это очень важно, так как только воздействие на причину нарушений может быть по-настоящему продуктивно. Использовать лекарственные травы для повышения потенции и укрепления полового здоровья у мужчин стали задолго до появления официальной медицины и различных фармацевтических препаратов.

Перга детям: дозировка, приём.

Апипедия® — энциклопедия семейной пасеки Загайновых.

       Перга не зря зовётся пчелиным хлебом. Биологическая ценность белка, содержащегося в перга, значительно больше ценности мяса, яиц и молока. Говядину перга в 5-6 раз превосходит по содержанию белка! Мы уже подробно писали об этом чуде природы, однако, отдельно мы хотели бы отметить, что пчёлы пергой выкармливают своих детей — личинок. Природа — очень мудра и поэтому мы и решили отдельно освятить вопросы применения перги для детей.

       Витамины очень необходимы детскому организму. Организм ребёнка постоянно растёт, и их недостаток отрицательно сказывается не только на физическом состоянии ребёнка, но и на развитии его умственных способностей — а от этого зависит ведь его дальнейшая судьба!!!

       Перга очень богата витаминами A, E и B. Начнём с витамина А. Этот витамин просто необходим для роста ребёнка (его ещё называют витамином роста) и при его недостатке у ребёнка будут серьёзные проблемы. Кроме того, витамин A просто необходим для хорошего зрения, а в наш компьютерный век эта проблема стоит очень остро, поскольку дети с утра и до вечера сидят перед экранами компьютеров. Так что лучше подстраховаться заранее — и помочь с детства ребёнку сохранить острое зрение. Наконец, витамин A — крайне необходим организму ребёнка для сопротивления инфекциям! Так что обратите внимание, уважаемые родители, на информацию выше!

       Витамин E (токоферол) очень важен для поддержания мышечного тонуса ребёнка. Кстати, «токоферол» в буквальном переводе с греческого означает «рождение младенца» — он очень необходим организму будущей матери, чтобы родить здорового малыша! При нехватки витамина E у ребёнка очень быстро развивается анемия, поскольку эритроциты очень быстро разрушаются. К сожалению, токоферол легко разрушается в процессе приготовления пищи: при сильном прожаривании, прогоркании масла, при замораживании продуктов, да даже если кастрюля у Вас железная — всё это уничтожает этот ценный витамин. Вот почему перга в этом отношении является очень ценным продуктом для детей.

       Из витаминов группы B в перге особенно много: рибофлавина (витамин B2), никотиновой кислоты (витамин B3), фолиевой кислоты (витамин B9) и пантотеновой кислоты (витамин B5). Если вкратце, то ситуация обстоит следующим образом: витамин B2 играет незаменимую роль в обмене веществ, активно используется организмом в окислительно-восстановительных процессах и крайне необходим ребёнку для восстановления после физических нагрузок; витамин B3 очень важен для синтеза жизненно важных жирных кислот, которые помогают в развитии мозга и центральной нервной системы ребёнка; витамин B5 крайне необходим детям для поддержания их гиперактивной нервной системы в «рабочем» состоянии, а витамин B9 — крайне необходим для роста и развития кровеносной и иммунной систем ребёнка.

       Наконец, мы бы хотели добавить, что очень сложно найти аналогичный перге продукт, который был бы настолько же богат всевозможными минералами, как перга. И это не удивительно, ведь основой для перги является… мужское семя растений, то есть фактически — будущие зародыши, из которых бы могла появиться жизнь. Вот почему в перге есть всё, что необходимо ребёнку! Так что давайте пергу детям на здоровье!!!

       Сколько принимать. В видео ниже представлена разработанная нами таблица, по которой Вы всегда легко сможете определить детские лечебные и профилактические дозировки перги. Данные посчитаны как в граммах, так и в гранулах. Всё что Вам нужно — узнать вес Вашего ребёнка в килограммах.

       И не забудьте, что у перги есть противопоказания!  Будьте здоровы Вы сами и Ваши детки!

       Стоимость перги на нашей пасеке указана здесь.

       См. также:

1. Маска из перги.
2. Маточное молочко.
3. Профилактика анемии пергой.
4. Перга — как принимать детям.

Как пить или есть пергу: способы употребления

Перга пчелиная является ценным продуктом пчеловодства. Необходимо знать, как и когда правильно ее употреблять для того, чтобы она принесла максимум пользы человеческому организму.

Дозировка

Прежде, чем начать лечиться этим компонентом, необходимо узнать о том, какая дозировка в каждом конкретном случае нужна для человека. Учесть необходимо множество факторов, таких как:

• возраст;
• наличие определенного заболевания и степень его тяжести;
• с профилактической или лечебной целью употребляется.

Так, с целью излечения употребляют от 30 до 90 г продукта ежедневно. Разбивая его на 2-3 приема в течение дня.

Пергу для профилактики употребляют в суточной дозе от 30 до 45 г с разбиванием ее на 3-х кратный прием.

Важно учитывать, что как и сколько применять ее в лечебных целях, может порекомендовать только лечащий врач, знающий полный анамнез своего пациента.

Варианты употребления

Необходимо учитывать, что она может быть в разных формах. В зависимости от этого может измениться способ, как можно принимать пчелиную пергу.

Необходимо учитывать, что перга как лечебный или профилактирующий продукт, может употребляться не более 1 месяца. Также важно сколько принимается за сутки данного вещества. Дело в том, что превысив суточное количество пчелиного продукта в 60 г, человек начинает испытывать гипервитаминоз, проблемы с почками и печенью. К тому же, это окажет чрезмерно возбуждающее воздействие на нервную систему.

В гранулах

Хлеб пчелиный в гранулах – наиболее распространенная форма. К тому же, именно так ее принимать проще всего, если сравнивать с натуральным продуктом.

В гранулах принимается:

• единоразово за 1 сутки, в целях профилактики, в количестве приблизительно 5-10 г;
• для лечения доза увеличивается до 3 чайных ложек гранул, которые дробят на несколько приемов.

Существуют определенные правила, как принимать ее в гранулах. Их необходимо обязательно учитывать, чтобы сохранить максимум полезных свойств пчелиного продукта и увеличить эффективность воздействия на организм человека:

• Гранулы можно положить в рот и медленно их рассосать. Слюна будет высвобождать все важные питательные вещества, которые медленно впитаются и всосутся, как в ротовой полости, так и далее, в пищеварительном тракте.
• Не запивать их водой, чтобы они как можно дольше находились во рту.
• Не стоит пчелиный хлеб принимать в позднее вечернее время, так как продукт может излишне возбуждающе действовать на нервную систему.
• Так как правильно есть это вещество лучше до еды или после нее, через 1,5 часа.

Перемолотая

Измельчив в порошок принимать пергу можно в сухом виде, запивая слегка теплой водой.

Можно предварительно размолотые гранулы смешать с небольшим количеством меда и так рассасывать во рту. Такой способ хорошо подходит детям.

В сотах

Перга в сотах употребляется в натуральном виде, путем разжевывания в течение определенного промежутка времени. Именно так полезные вещества максимально усваиваются организмом.

В сотах берется в количестве от 5г до 30 г на 1 сутки (с учетом возраста) и делится на 3 приема.

Необходимо обратить внимание, что если суточная дозировка данного продукта будет незначительно превышена, то организм усвоит ровно столько, сколько ему необходимо. При этом не наблюдается передозировка при приеме такой перги только в случае здорового организма.

Показания к применению

Перед тем, как пить пергу пчелиную необходимо усвоить, что это единственный продукт пчеловодства, который не вызывает у человека аллергических реакций.

К тому же существует целый перечень не только заболеваний, но и определенных состояний человека, при которых рекомендуется принимать пергу для улучшения состояния:

• Мочеполовой системы.
• Мужского здоровья, в том числе аденомы простаты.
• Обновление крови.
• Нормализации обмена веществ, что в свою очередь способствует более быстрому процессу похудения.
• Гормонального баланса.
• Во время климакса.
• Во время беременности, но не тогда, когда женщина кормит грудью младенца.
• При возникновении рахита и его профилактики.
• Зрения.
• Мозговой деятельности.
• Нормальной работы центральной нервной системы.
• Правильного функционирования сердца и сосудов.
• При избытке ультрафиолетового облучения.
• Оптимизации работы памяти.

Как видно из вышеприведенного списка, перга пчелиная способна оказать, как общеукрепляющее, так и лечебное действие.

Применение

Во всех остальных случаях важно придерживаться указанного способа применения и рекомендованных доз.

Косметология

Для женщин возможно принимать данный продукт не только внутрь, но и в качестве косметического продукта. Перга в косметологии имеет самое широкое применение. Она входит в рецепты домашних масок, кремов, ополаскиваний, как для кожи лица и тела, так и для волос.

• Перга, используемая для лица способна оказать следующий эффект:
• Регенерирующий.
• Повышающий уровень эластичности.
• Образование нового коллагена.
• Формирование новых клеточных мембран.
• Нормализация жирности кожи, тем самым способствуя устранению угревой сыпи.
• Устранения воспалений, покраснений.
• Снижение уровня сухости кожи.

Из перги можно готовить маски для лица, протирки, крема и компрессы.

Заболевания ЖКТ

При панкреатите, гастрите, восстановление кишечника и нормальной работы желудка, можно принимать до еды в одном из представленных видов. Вещества, содержащиеся в ней стимулирует пищеварительную систему.

Но следует помнить, что перги в день для лечения органов ЖКТ необходимо 2 чайные ложки за 1 сутки. Общая масса должна быть разбита на 2-3 приема.

К тому же учесть, что запивать ее нельзя. А так как правильно принимать пергу будет до приема пищи, то придется положить ее в рот приблизительно за 30-40 минут до начала трапезы.

При склонности организма к проблемам с печенью, необходимо употреблять данный продукт с профилактическими целями.

Заболевания сердца

Микроэлементы, витамины и другие биологически активные вещества, содержащиеся в этом веществе, благотворно влияют на работу сердца и сосудов.

При таких болезнях, как инфаркт и пороки, компонент смешивают с медом. Поэтому если она взята в виде гранул, то ее лучше предварительно размолоть в кофемолке. Затем взять 1 часть такого порошка и смешать с 2 часть меда. Употреблять данную смесь по 1 столовой ложке 3 раза в день. При таком способе употребления необходимо после не пить и не есть на протяжении 30 минут.

При гипертонических состояниях принимают вещество до приема пищи. Тогда как при гипотониях – после.

Диабет

Так как принимать данный пчелиный продукт в любом виде при диабете I типа не рекомендуется, то не стоит злоупотреблять данными рекомендациями, чтобы не допустить проблем со здоровьем.

А вот при II типе она может быть использован для лечения, так как он способен уменьшить количество сахара в крови. Но даже это не исключает обязательного контроля уровня сахара, сбалансированного питания, соблюдения рекомендаций по приему.

Важно учитывать, что для диабетиков необходимо принимать ее после приема пищи.

Курс лечения составляет 1 месяц, с возможностью повторения после перерыва. Принимают по следующей схеме:

• 3 раза в день.
• Разовая доза в гранулах составляет от 0,5 до 2 ч.л., в зависимости от возраста пациента.
• Разовая доза в сотах – от 15 до 20 г.
• Разовая доза пасты, приготовленное с медом – от 20 г до 30 г.

Профилактика

Взрослым и детям можно использовать ее и в качестве профилактики различных отклонений со здоровьем. Также хорошо действует это вещество и на поддержание иммунной системы.

В этом случае необходимо принимать от 4 до 15 г за 1 сутки, разбивая на 3-4 приема все количество. Общая суточная доза приведена в интервале, соответствующем разным возрастным группам.

Противопоказания

Принимать продукт необходимо с учетом всех возможных противопоказаний, к которым относятся:

• Диабет I типа.
• Диабет II типа без контроля врача (если же доктор разрешит и будет контролировать процесс приема данного препарата, то можно уменьшенное количество перги в день).
• Индивидуальная непереносимость.
• Низкая свертываемость крови, так как она способна еще более разжижить кровь.
• Дискомфортные ощущения в области желудка, которые сопровождаются появлением тошноты, диареей, увеличенное газообразование, возникающие при приеме продукта пчеловодства.
• Миома матки.
• Онкологические заболевания.
• Токсический зоб (нарушение работы щитовидки).

Во всех остальных случаях пчелиный хлеб благотворно воздействует на человека. Поэтому используя все выше приведенные рекомендации и проконсультировавшись с врачом, при лечении этим веществом, можно действительно улучшить состояние здоровья.

Ассемблер De Novo с управляемым парным чтением для расширения контигов с использованием SVM и подхода Look Ahead

Abstract

Поскольку длина считывания технологий высокопроизводительного секвенирования (HTS) невелика, сборка de novo , которая играет важную роль во многих приложениях, остается серьезной проблемой. Большинство современных подходов основаны на стратегии графа де Брейна и стратегии компоновки с перекрытием. Однако эти подходы, которые зависят от k -меров или перекрытий считываний, не полностью используют информацию парных и односторонних чтений при разрешении ветвей. Поскольку они одинаково обрабатывают все односторонние чтения с перекрывающейся длиной, превышающей порог фиксации, они не могут использовать более надежные длинные перекрывающиеся чтения для сборки и смешиваются с относительно короткими перекрывающимися чтениями. Более того, эти подходы не были специально разработаны для работы с тандемными повторами (повторы встречаются в геноме рядом), и они обычно разрушают контиги рядом с тандемными повторами. Мы представляем PERGA (управляемый ассемблер парных считываний), новый подход к сборке de novo , управляемый считываниями последовательностей, который использует жадно-подобную стратегию прогнозирования для сборки чтений в контиги и каркасы с использованием чтений с парными концами и различного размера перекрытия чтений. в диапазоне от O _макс. до O _мин. для устранения зазоров и ответвлений.Построив модель решения с использованием подхода машинного обучения на основе признаков ветвей, PERGA может определить правильное расширение в 99,7% случаев. Когда правильное расширение не может быть определено, PERGA попытается расширить контиг всеми возможными расширениями и определить правильное расширение, используя подход с опережением. Многие ответвления с трудным разрешением возникают из-за тандемных повторов, которые расположены близко друг к другу в геноме. PERGA обнаруживает такие разные копии повторов, чтобы разрешить ответвления, чтобы сделать расширение намного длиннее и точнее.Мы оценили PERGA как на реальных, так и на смоделированных наборах данных Illumina, начиная от небольших бактериальных геномов и заканчивая крупными хромосомами человека, и она построила более длинные и точные контиги и каркасы, чем другие современные ассемблеры. PERGA можно бесплатно загрузить с https://github.com/hitbio/PERGA.

Образец цитирования: Zhu X, Leung HCM, Chin FYL, Yiu SM, Quan G, Liu B, et al. (2014) PERGA: ассемблер De Novo , управляемый парным чтением, для расширения контигов с использованием SVM и подхода Look Ahead. ПЛОС ОДИН 9(12): е114253. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253

Редактор: Ян Чжан, Харбинский медицинский университет, Китай

Получено: 13 августа 2014 г.; Принято: 5 ноября 2014 г .; Опубликовано: 2 декабря 2014 г.

Авторские права: © 2014 Zhu et al. Это статья с открытым доступом, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Доступность данных: Авторы подтверждают, что все данные, лежащие в основе выводов, полностью доступны без ограничений. Данные смоделированных чтений доступны по адресу https://github.com/hitbio/PERGA. Данные о реальных коротких чтениях E.coli можно загрузить с http://bix.ucsd.edu/projects/singlecell/nbt_data. html. Данные реальных коротких прочтений S.pombe доступны на веб-сайте NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=ERX174934. Реальные данные о хромосоме 14 человека доступны в проекте GAGE ​​http://gage.cbcb.umd.edu/data.

Финансирование: Эта работа была частично поддержана Национальным фондом естественных наук Китая (61173085, 61102149 и 11171086), Национальной программой исследований и разработок в области высоких технологий (863) Китая (2012AA020404, 2012AA02A602 и 2012AA02A604), Гонконгский GRF (HKU 7111/12E, HKU 719709E и 719611E), Шэньчжэньский проект фундаментальных исследований (NO.JCYJ20120618143038947) и Премия выдающегося исследователя (102009124). Спонсоры не участвовали в разработке исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

Введение

Технологии высокопроизводительного секвенирования (HTS) появились в течение нескольких лет [1], [2] и широко используются во многих биомедицинских приложениях, таких как крупномасштабное секвенирование ДНК [3], повторное секвенирование [4] и Открытие SNP [5], [6] и т. д. Однако, поскольку длина ридов, генерируемых технологиями HTS (обычно 50–150 пар оснований [7]–[9]), намного короче, чем у традиционного секвенирования по Сэнгеру (обычно около 800 пар оснований [10]), а ошибка секвенирования на одно основание высока [11], сборка короткого чтения по-прежнему представляет собой серьезную проблему для секвенирования генома.

Стратегия компоновки с перекрытием и стратегия графа де Брейна — два основных подхода к сборке. Подходы, основанные на перекрытии, сначала вычисляют перекрытия среди чтений, а затем собираются в соответствии с перекрытиями чтения, и он состоит из жадной стратегии расширения и стратегии графа перекрытия как двух подкатегорий.

Подход жадного расширения применялся несколькими первыми ассемблёрами de novo для данных HTS, такими как SSAKE [12], VCAKE [13], SHARCGS [14].В этих ассемблерах чтения хранятся в дереве префиксов/суффиксов для записи перекрытий, а сборка выполняется на основе побазового 3′-расширения в соответствии с простой жадной эвристикой выбора базы с максимальным перекрытием или с использованием наиболее часто представленного база. Чтобы предотвратить неправильную сборку, когда существует более одного возможного расширения из-за ошибок секвенирования или подобных областей в геноме, расширение будет остановлено. В результате будут образовываться короткие контиги, и последовательности генома не могут быть реконструированы полностью.Во многих ситуациях ошибочные расширения (в нескольких допустимых расширениях) могут быть обнаружены, если ассемблеры пытаются расширить несколько баз, например. ошибочные удлинения из-за ошибки секвенирования в конце чтения обычно не могут быть расширены на более поздних этапах (тупики [15]), а множественные удлинения из-за ошибки секвенирования в середине чтения должны быть расширены до одного и того же нуклеотида на более поздних этапах. пузырьки [15]). Помимо построения коротких контигов, эти ассемблеры неэффективно хранят чтения и их обратные дополнения, поэтому потребление ими памяти обычно очень велико (особенно при наличии огромного количества ошибочных чтений с большой глубиной секвенирования), что ограничивает их применение для большого количества наборов данных HTS. .

Чтобы избежать недостатка жадной стратегии расширения, Edena [15] и CABOG [16] используют стратегию перекрывающихся графов. Этот подход строит граф перекрытий, в котором вершина представляет уникальное чтение, а ребро соединяет вершины и и и тогда и только тогда, когда и и и в достаточной степени перекрывают друг друга. Сборка выполняется путем упрощения графа на основе топологий, таких как транзитивные ребра, тупики и пузыри. Каждый простой путь в упрощенном графе представляет контиг.Этот подход также не подходит для данных HTS, поскольку они требуют огромных вычислений для обнаружения перекрытий среди большого количества прочтений. В последнее время новые методы, основанные на перекрытии чтения с использованием преобразования Берроуза-Уилера [17], такие как SGA [18] и fermi [5], могут собирать большее количество данных HTS. Однако для построения FM-индекса требуется гораздо больше вычислений [19]. Ассемблер MaSuRCA [21], основанный на Celera Assembler [20], преобразует данные с высоким охватом в данные с низким охватом, но с длительным суперчтением, чтобы значительно сократить вычисления с перекрытием, что делает его более популярным.

Стратегия графа де Брейна, впервые представленная в EULER [22], особенно подходит для коротких чтений технологий HTS. Эта стратегия может помочь уменьшить большое количество вычислений перекрытий чтения или построения FM-индекса подхода графа перекрытий, а также Velvet [23], EULER-SR [24], ALLPATHS [25], ABySS [26] , IDBA [27], IDBA-UD [28], SOAPdenovo [29], используют эту стратегию. Этот подход разбивает каждое чтение на набор перекрывающихся k -подстрок, называемых k -мерами, для построения графа де Брейна.На графе вершина представляет уникальный k -мер, а ребро соединяет вершины u и v тогда и только тогда, когда u и v перекрываются на k –1 нуклеотидов и появляются последовательно в читать. Затем граф будет упрощен за счет удаления тупиков и слияния пузырьков, а простой путь в упрощенном графе представляет собой контиг. Поскольку тыс. -меров имеют фиксированную длину, а ошибочные тыс. -меров могут быть обнаружены по их низкой частоте дискретизации, граф де Брейна потребляет гораздо меньше памяти, чем граф перекрытия.Однако большинство из них используют только фиксированный размер k -mer, за исключением IDBA и IDBA-UD. Поскольку малые значения k приведут к лучшей связности с гораздо большим количеством ветвей из-за повторяющихся сегментов, превышающих k , тогда как большие k приведут к худшей связности с большим количеством пробелов из-за отсутствия k-меров [28]. Большинство этих ассемблеров просто выбирают промежуточное значение k , чтобы скомпрометировать эти две проблемы. IDBA [27] и IDBA-UD [28] дают лучшие результаты, итерируя размеры k -mer от k _min до k _max с использованием маленьких k для устранения пробелов и больших k для разрешения ветвей.

На вышеперечисленных ассемблерах есть две распространенные проблемы.

1) Неполностью использованная информация парных и односторонних чтений

Информация о считываниях с парными концами обычно использовалась для сборки контигов в каркасы, однако при сборке чтений с контигами обычно не учитывалась различная длина перекрытия чтений с парными и одиночными концами. Таким образом, некоторые ветви, которые могут быть разрешены с использованием этой информации, становятся неразрешимыми. IDBA-UD применяет чтения парных концов, выровненные с одним и тем же контигом, для расширения контига (локальная сборка).Тем не менее, парные и односторонние данные рассматривались с одинаковым весом, а количество чтений, поддерживаемых каждой ветвью, и длина перекрытий каждого поддерживаемого считывания не учитывались.

Фактически, парные чтения должны использоваться с наивысшим приоритетом для разрешения ветвей. Учитывая ветвь с двумя возможными расширениями (или исходящими ребрами), одно расширение хорошо поддерживается достаточным количеством парных чтений, тогда как другое расширение имеет больше односторонних чтений, но без хорошо поддерживаемых парных чтений, тогда ассемблер должен расширить контиг. к тому, у которого больше хорошо поддерживаемых чтений с парным концом, и рассматривать другой как неправильный.Если нет доступных парных чтений, следует использовать односторонние чтения для определения правильного расширения.

Сборщики останавливаются, когда имеется более одного варианта расширения без учета различных перекрывающихся длин, поддерживающих каждое расширение. Вместо этого они обычно одинаково обрабатывают все односторонние чтения, превышающие пороговое значение (или скорость). Учитывая ветвь с двумя возможными расширениями (или исходящими ребрами), ассемблер должен расширить контиг до одного с большим количеством поддерживающих операций чтения и рассматривать другой как неправильный.Даже когда количество чтений, поддерживающих оба расширения, одинаково, ассемблер должен расширить контиг до расширения с гораздо более длинными перекрытиями, потому что короткие перекрывающиеся чтения могут быть вызваны ошибками последовательности или короткими повторами.

2) Тандемные повторы

Из-за ошибки в рекомбинации или дупликации генома многие повторы представляют собой короткие тандемные повторы (например, <100 п.н.), при этом положение повторов близко в геноме (например, расстояние между двумя соседними вхождениями <100 п. н.) (Файл S1– С2).Эти тандемные повторы введут ответвления, которые трудно разрешить с помощью существующих ассемблеров. Ассемблеры, основанные на стратегии компоновки с перекрытием, останавливаются, когда есть более одного варианта расширения. Для графа де Брейна эти тандемные повторы будут вводить сложные ветви в граф де Брейна, и существующие ассемблеры не могут правильно разделить разные копии повторов на их правильные позиции во время сборки. Для таких ветвей существующие ассемблеры обычно останавливаются, чтобы избежать ошибок сборки, что приводит к уменьшению размера сборки.

Чтобы полностью использовать информацию в чтениях для разрешения ветвей при сборке, мы представляем PERGA (управляемый ассемблер парных чтений), новый de novo ассемблер чтений последовательностей, который использует жадно-подобную стратегию прогнозирования для сборки ридов для формирования контигов. и подмости. Основные вклады PERGA заключаются в следующем.

1. Использование информации в парных и односторонних чтениях. Вместо односторонних чтений для построения контигов PERGA использует парные считывания и различные пороговые значения размера перекрытия считываний в диапазоне от O _max до O _min для разрешения пробелов и ветвей.В PERGA контиги расширяются на основе расширения базы за базой. Чтения с парными концами выравниваются по контигам для определения возможных расширений. Когда в некоторых областях генома не так много прочтений с парными концами, для обработки ветвей и пробелов применяются одноконцевые чтения с переменным размером перекрытия от большего порога O _max до меньшего порога O _min . Размер большого перекрытия O ≧ O _max используется с приоритетом для расширения контигов для разрешения ветвей; и если отсутствуют перекрытия для большего O , то будет использоваться нисходящий меньший O для получения лучшей связности для устранения пробелов, пока перекрытие чтения не будет найдено до O  =  O _min .
2. Навигационная модель SVM для определения ветви. При наличии нескольких возможных расширений (из-за ошибки секвенирования или повторов) PERGA определит, какое расширение более вероятно, на основе характеристик ветвей, т. е. считывания уровней покрытия на сайте ветвления и локально, веса пути, размера промежутка (см. Материалы и методы ). Построив модели принятия решений с использованием подхода машинного обучения (SVM) на основе этих признаков, PERGA может определить правильное расширение в 99,7% случаев. Обратите внимание, что PERGA также определит случай и прекратит расширение contig, когда оба расширения, вероятно, будут правильными.
3. Подход с опережением. Поскольку все еще есть некоторые ошибочные прогнозы (около 0,1–0,3%), а также когда достоверность прогноза низкая, PERGA проверит все эти расширения и определит, вызваны ли эти расширения ошибками секвенирования или повторами. Если несколько расширений вызваны ошибками секвенирования (удлинения похожи и сходятся к одному и тому же нуклеотиду на небольшом расстоянии), PERGA объединит расширения вместе, чтобы сформировать один контиг. Если ответвления были введены из-за коротких тандемных повторов (расширения разные, не сходятся и поддерживаются парными считываниями с разным расстоянием вставки), PERGA обнаружит их перекрытие и разделит разные копии повторов для разрешения ответвлений.

Таким образом, PERGA сочетает в себе принципы традиционных подходов, основанных на графах перекрытий, с новой эвристикой для расширения пути и разрешения путей в ответвлениях. В частности, он использует четыре эвристики, от самой консервативной до самой спокойной, как показано ниже. i) в каждой точке использовать совместимые парные чтения для расширения пути; ii) если считывания с парными концами недоступны, расширить считываниями с одного конца, начиная с считываний с максимальным перекрытием; iii) для нескольких возможных расширений использовать метод машинного обучения (SVM), чтобы различать один путь, принимая во внимание уровни покрытия чтения на сайте филиала и локально, вес пути, размер промежутка; iv) если они неразличимы, использовать упреждающий подход для поиска возможных коротких отрезков ошибок секвенирования, которые можно устранить, и возможных коротких тандемных повторов, разные копии которых можно разделить, до завершения удлинения на ответвлении.

Согласно нашим экспериментам, PERGA показал лучшую производительность, чем другие ассемблеры (Velvet, ABySS, IDBA-UD, CABOG и MaSuRCA) с более длинными и точными контигами (каркасами) с умеренной памятью из-за своей жадно-подобной модели прогнозирования, просмотра вперед подход и подход с переменным размером перекрытия, чтобы в полной мере использовать информацию парных и односторонних чтений для более точного разрешения ветвей при сборке.

Материалы и методы

На рисунке 1 показан обзор предлагаемого подхода PERGA, который состоит из сборки прочтений и сборки контигов (т.э., строительные леса) как две его фазы. На этапе 1 из набора входных операций чтения создается хеш-таблица k-меров , которая используется для представления перекрытий считываний последовательными k -меров, а затем PERGA использует парные концы и переменные размеры перекрытия считываний. пороги от O _max до O _min для расширения контигов. Стратегия жадного предсказания, в которой k -mer выбирается в качестве начала удлинения контига, выполняется итеративно в 3′-направлении по одному основанию за раз до тех пор, пока либо не перекроются считывания, либо не будет найден повтор, а затем контиг будет расширен на 5′-конце таким же образом.Для каждого базового расширения PERGA предпочитает чтения, имеющие больше перекрытий с контигами, и использует чтения, имеющие наиболее представленную базу для расширения. При расширении базы PERGA сначала использует чтения с парными концами для навигации по расширению contig с наивысшим приоритетом, поскольку она может разрешать ветви, вызванные повторами, меньшими, чем размер вставки, с гораздо большей уверенностью, чем те, которые используют чтения с одним концом. Однако, поскольку могут быть области генома с низкой глубиной секвенирования и недостаточным числом считываний парных концов, PERGA использует односторонние считывания для расширения контигов в таких областях, применяя переменный размер перекрытия в диапазоне от большего O _max до меньшего O _мин. для разрешения повторов размеров меньше O _макс. и устранения пробелов из-за отсутствия больших перекрытий.

Рис. 1. Рабочий процесс PERGA.

PERGA состоит из двух фаз. сборка ридов и сборка контигов . (A) Фаза 1, сборка ридов. Хэш-таблица k -mer сначала строится с использованием чтения с парными концами для k  =  O _min , затем контиги итеративно расширяются по одному основанию за раз (левая петля обратной связи) на 3′-конце с использованием парных- конец считывается с высоким приоритетом и переменными порогами размера перекрытия в диапазоне от O _max до O _min (правый контур обратной связи), если нет парных концов.(B) Этап 2, строительные леса. Чтения с парными концами используются для упорядочения и ориентации контигов, заполнения промежутков внутри каркаса для создания более крупных каркасов.

https://doi.org/10. 1371/journal.pone.0114253.g001

Из-за наличия повторов в геноме или ошибок секвенирования в чтениях могут быть ветви, которые имеют более одного возможного расширения с различными вхождениями чтения при расширении контигов . Вместо того, чтобы останавливать расширение, PERGA записывает информацию о ветвях для создания гиперплоскостей для парных концов и одиночных концов соответственно с помощью метода опорных векторов (SVM).Наконец, эти две модели SVM используются для определения того, следует ли расширять или останавливать ответвления при сборке, и в большинстве случаев ответвления могут быть правильно разрешены.

Однако есть также несколько исключений (ветви, которые неправильно остановлены или расширены) при использовании моделей SVM для определения навигации. Эти ситуации можно решить, заглянув вперед, чтобы найти возможные пути устранения неправильных остановок и неправильных расширений. Этот подход с опережением может сделать контиг намного длиннее с меньшим количеством неправильных сборок. Обратите внимание, что PERGA определяет, вызваны ли ответвления ошибками последовательности или повторениями, на основе свойств расширенных путей, и разрешает эти два вида ответвлений, используя разные методы.

Помимо подхода с опережением, PERGA также обрабатывает ошибочные основания при чтении с использованием топологических структур, что аналогично удалению тупиков и пузырей для подходов на основе графа де Брейна. При расширении ошибки на концах ридов приведут к тупикам, а другие ошибки во внутренней части ридов вызовут пузыри, PERGA работает с тупиками с длиной меньше длины чтения и допускает пузыри размером не более O _мин .В PERGA тупики, содержащие ошибочные k -меров, будут исключены из сборки другими правильными чтениями при расширении; и пузыри в чтениях считаются допустимой заменой.

В фазе 2 чтения с парными концами выравниваются по контигам и используются для упорядочения и ориентации контигов для формирования каркасов (то есть упорядоченных наборов контигов с промежутками между ними). Затем вычисляются размеры перекрытия и размеры промежутков для связанных соседних контигов, и перекрывающиеся соседние контиги объединяются для формирования более длинных смежных последовательностей, а соседние контиги с промежутками обрабатываются с использованием подхода локальной сборки, чтобы закрыть их промежутки внутри каркаса для генерировать более длинные непрерывные последовательности.В отличие от SOAPdenovo [29], который обрезает 90 005 k 90 006 оснований, чтобы исключить ошибочные основания на концах контигов при формировании лесов, PERGA исправляет такие ошибочные основания путем попарного выравнивания перекрывающихся концов соседних контигов. Наконец, последовательности каркасов генерируются для формирования результирующей сборки в соответствии с перекрытиями и размерами промежутков контигов в каркасах.

Детали каждого шага будут описаны один за другим в следующих разделах.

Сборка ридов в контиги

Первая фаза PERGA заключается в сборке операций чтения в контиги с использованием жадного метода прогнозирования, основанного на информации о операциях чтения с парными концами (если возможно), а затем о чтениях с одного конца. Алгоритм начинается с k -mer в конце неиспользованного чтения и обрабатывает его как контиг. PERGA итеративно выравнивает чтения парных концов с контигами и пытается расширить их на обоих концах. Чтобы определить возможное удлинение, A, C, G или T, модель SVM используется для определения того, должна ли PERGA удлинять контиг, используя нуклеотид с максимальной поддержкой из выровненных парных прочтений (вместо того, чтобы удлинять контиг только тогда, когда все выровненные чтения поддерживают то же расширение, что и другие жадные алгоритмы) на основе свойств выровненных чтений.Кроме того, даже когда модель SVM не может определить, расширяется ли контиг или нет, PERGA попытается расширить контиги всеми возможными нуклеотидами и определить, какой нуклеотид следует использовать для расширения контига на более поздних этапах (упреждающий подход). После расширения ошибки в выровненных чтениях могут быть идентифицированы и исправлены для последующего расширения. Детали этапа сборки описаны ниже.

Построить

k -mer хеш-таблицу.

PERGA применяет экономичный подход, основанный на k -mer, для выполнения выравнивания чтения.Перекрытия двух прочтений могут быть представлены их последовательными общими k -мерами, например, два прочтения, перекрывающиеся с w нуклеотидами, должны иметь общие w — k +1 последовательные k -меров. Таким образом, PERGA использует хеш-таблицу для хранения тыс. -меров в операциях чтения. Мы ссылаемся на вхождений k -меров как на позиции в считываниях, которые они появляются. Обратите внимание, что k -mer может встречаться при многократном чтении, а k -mer и его обратное дополнение сохраняются в одной и той же записи; и вхождения каждого k -mer хранятся в порядке возрастания в соответствии с их чтениями, так что чтения могут быть быстро выровнены по контигам.Кроме того, чтобы уменьшить потребление памяти, PERGA производит выборку только десяти процентов всех тыс. -меров чтения на обоих концах, и эти тыс. -меров на концах чтения используются для выравнивания операций чтения по контигам в массиве. эффект способ при сборке.

Выравнивание считываний с последовательными.

Информация парных чтений используется для расширения контига перед информацией односторонних чтений, поскольку она может разрешать более длинные повторы, т. е. до размера вставки парных чтений. PERGA автоматически определяет средний размер вставки, а также стандартное отклонение считываний парных концов, собранных в контиги.Только те два конца, которые выровнены в правильном направлении, то есть направлены друг к другу на разных нитях, используются для удлинения контигов.

PERGA извлекает пути, которые будут собраны в ближайшей области генома вместе со сборкой, и считывания, имеющие большую часть выровненных оснований (например,> 90%), с путями будут считаться правильно выровненными. Следовательно, некоторые чтения из других областей генома только с несколькими выровненными основаниями на концах будут предотвращены от сборки, что уменьшит неблагоприятное влияние коротких повторов на концах прочтений и улучшит значимость правильно выровненных прочтений во время сборки, и предотвращенные чтения могут быть помещены в правильное место в другие области генома (рис. 2А).Как показано на рисунке 2B, PERGA выравнивает считывания парных концов в один контиг. Считывания, у которых один конец полностью выровнен с контигами, а другой конец частично выровнен с контигами, используются для определения расширения контигов.

Рисунок 2. Выравнивание чтений с contig для расширения.

(A) Выравнивание считываний с контиг. Путь близлежащей области генома извлекается в соответствии с считываниями, которые частично выровнены по контигу, тогда новые считывания, имеющие более чем 90% выровненных оснований с путем, будут считаться правильно выровненными; в противном случае их следует выровнять по другим областям генома, а не по этому положению.(B) Расширение с использованием чтений с парными концами. Contig расширяется на 3′-конце в соответствии с считываниями в пуле 1 и чьими сопряжениями в пуле 2. Есть две базы-кандидаты «C» и «T», и «C» хорошо поддерживается сопряжениями в двух пулах, тогда как «T» не поддерживает чтение с парным концом, поэтому «C» будет выбран для добавления к контигу. (C) Расширение с использованием чтения с одного конца. При сборке области серого цвета, которая не может быть собрана считываниями с парными концами, а считывания в пуле 1 не имеют сопряжений в пуле 2, считывания в пуле 1 используются как считывания с одним концом для расширения контига.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253.g002

Когда начинается расширение контига, k -мер в конце чтения выбирается в качестве начального контига, и контиг расширяется итеративно используя модель SVM, чтобы устранить ошибки секвенирования и избежать воздействия коротких повторов, применяя подход с переменным размером перекрытия, основанный на считываниях с одного конца. Когда длина контига достаточна для использования чтений с парными концами, расширение будет применяться с использованием чтений с парными концами с наивысшим приоритетом, чтобы избежать повторов короче, чем размер вставки.Более того, когда начальный k -mer содержит ошибки секвенирования, он обычно имеет низкую частоту в хеш-таблице k -mer, и такие k -mer исключаются из начального построения контига. Когда PERGA не может определить расширение из выровненных чтений с парными концами, информация о чтении с одним концом, включая чтение с парными концами, один конец которого выровнен с концом контига, а другой конец не выровнен, используется для определения расширения контига ( Рисунок 2С).

Использование информации при парном и одностороннем чтении.

Поскольку выравнивание считываний с одного конца менее надежно, чем считываний с парными концами, особенно когда длина выровненной области O короткая, информация об считывании с одного конца тщательно используется от чтений с большими O до чтений с маленький О . PERGA определяет возможное расширение, используя чтения с O больше, чем большее пороговое значение O _max , а затем до меньшего порога O _min итеративно. Таким образом, если PERGA может уверенно определить расширение с помощью чтений с большими O , то чтения с малыми O она рассматривать не будет. На рис. 3 контиг удлиняется на риды 1 и 2 ( O ≥6) и разрешает повтор ААТ в ридах 5 и 6 из других участков генома, а если нет ридов, имеющих O ≥6, то меньшие O ≧5 будет применяться снова таким же образом. Более того, подход с перекрытием считываний может разрешать повторы в считываниях без перекрытий друг с другом, например, GCA из чтений 1, 2, 5 и 6.

Рис. 3. Пример подхода с переменным размером перекрытия для расширения контигов.

Предположим, k  =  O _min  = 3 и O _max  = 6. — это чтения, которые должны быть собраны в другие регионы. Контиг расширяется с использованием O ≥ 6 на чтения 1–2, и если нет чтений, имеющих O ≥ 6, то меньшие O ≥ 5 будут использоваться таким же образом, пока контиг не будет успешно расширен. . AAT — это повтор, который может быть разрешен с помощью O ≥4, а GCA — это еще один повтор, который был разрешен с помощью чтений, поскольку такие чтения не перекрывают друг друга.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253.g003

SVM навигационная модель.

При расширении контигов может быть более одного возможного расширения с различными поддерживающими чтениями, которые в основном связаны с повторами или ошибками секвенирования, т. е. имеется ветвь (рисунок 4). При определении правильного расширения в ответвлении PERGA записывает информацию о ответвлении в виде признаков ( maxOcc , secOcc , covRatio , gapLen ), где maxOcc — количество чтений, поддерживающих большинство нуклеотидов, secOcc — . количество прочтений, поддерживающих второй мажоритарный нуклеотид, covRatio — это отношение среднего количества выровненных прочтений (на нуклеотид) на расширяющихся концах (в пределах двух длин прочтений) к среднему количеству выровненных прочтений для контига, gapLen — это расстояние от предыдущего полностью выровненного чтения до непрерывного конца. Идея состоит в том, что для ветки, если ее maxOcc и secOcc сильно различаются (например, secOcc/maxOcc <0,7), возможное расширение, соответствующее maxOcc, обычно является правильным расширением; в противном случае расширение, соответствующее maxOcc, может оказаться неверным и его следует остановить для дальнейшей проверки. Ветвь с низким значением gapLen предполагает, что количество прочтений, выровненных по концу контига, велико, и maxOcc должен быть правильным расширением, а ветвь с covRatio больше единицы предполагает, что поблизости есть повтор, и PERGA следует расширять более осторожно.

Рисунок 4. Модель SVM для разрешения ветвей.

Значения maxOcc и secOcc должны максимально отличаться, covRatio должен быть близок к 1,0, а gapLen должен быть как можно короче. В противном случае contig следует расширять более тщательно.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253.g004

Для обучения моделей прогнозирования SVM мы записали ветви четырех признаков при сборке и рассматривали каждую ветвь как точку в четырехмерном пространстве. в котором эти точки можно использовать для рисования гиперплоскости с помощью машинного обучения для разделения ветвей, которые следует продолжить или остановить.Сравнивая их с эталоном при сборке, эти ответвления можно разделить на правильное удлинение, неправильное удлинение, правильный упор и неправильный упор. Мы использовали эти точки в качестве обучающего набора данных для обучения модели SVM и пометили каждую ветвь как ПРОДОЛЖИТЬ, если ветвь является правильным расширением или неправильной остановкой, которую следует продолжить; в противном случае это ветвь STOP, которую следует остановить.

Основываясь на обучающем наборе данных по ветвям, PERGA может определить случаи, следует ли нам расширять контиг с использованием большинства нуклеотидов или нет.Метод опорных векторов с использованием полиномиальной ядерной функции x , y — векторы, содержащие информацию о ветвях, < x , y > — скалярное произведение x , y , построенное на основе четырех признаков и используемое для определения того, должен ли контиг быть продлен. Обратите внимание, что PERGA сначала определит правильное расширение, используя функции, рассчитанные на основе выровненных считываний парных концов.Если PERGA не решит, следует ли расширять контиг, она пересчитает признаки, используя выровненные односторонние чтения от O ≧ O _max до O _min , и определит, когда расширять контиг.

Упреждающий подход.

Поскольку SVM не идеален для всех ветвей, есть несколько случаев с низкой достоверностью при использовании моделей SVM для принятия решения о том, следует ли расширять контиг или нет. Для этих случаев PERGA ищет все возможные варианты расширения.Начиная с ветвей, PERGA извлекает все пути, которые будут присоединены к contig с помощью операций чтения, и сравнивает последовательности этих путей. Основываясь на предположении, что если множественные удлинения связаны с повторами, будет труднее получить хорошо согласованную консенсусную последовательность, чем в случае, когда множественные удлинения связаны с ошибками секвенирования, PERGA вычисляет соотношение большинства нуклеотидов в каждой позиции и предполагает, что большинство нуклеотидов неверно, если их соотношение меньше 0. 9. Если неправильных нуклеотидов менее 3, удлинение продолжится с использованием большинства нуклеотидов, в противном случае PERGA определит, вызваны ли ответвления короткими тандемными повторами.

Разобраться с короткими тандемными повторами.

По нашим наблюдениям, есть короткие повторы с длиной меньше длины рида, а некоторые из них имеют короткое расстояние, например, меньше рида (файл S1–S2). Такие повторы могут вызвать неоднозначность при сборке, поэтому их следует устранить для большей точности.Если перекрытие путей является значительным (например, >10 п.н.) (например, пути P1 и P2 перекрываются на рисунке 5), это обычно означает, что в соседней области генома есть еще один повтор, который будет недавно собран, и два пути могут быть объединенные и выровненные чтения на пути P2 будут скорректированы в соответствии с перекрытием, а расширение продолжится в соответствии с путем (например, P1) в ответвлении; в противном случае это обычно означает, что эти повторяющиеся копии происходят из разных регионов генома с большим расстоянием, и расширение должно быть остановлено, чтобы предотвратить ошибки сборки.

Рисунок 5. Подход к разделению повтора R на его две копии R1 и R2.

(A) Ответвление вызвано разными копиями повтора R (жирный красный). (B) Две копии повтора R разрешаются двумя путями P1 и P2. P1 и P2 извлекаются в соответствии с считываниями в этой ветви, и суффикс P1 перекрывает префикс P2, затем считывания P2 настраиваются на их правильные позиции.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253.g005

Когда после слияния перекрывающихся путей имеется более одного повторения, PERGA сначала вычисляет количество несоответствующих оснований каждого пути по сравнению с контигами, а затем вычисляет расстояние парных концов каждого пути, один конец которых выровнен по пути, а другой конец выровнен по контигу.Для каждого пути, если его несовпадающее базовое число является значительным (например, >2) и его расстояние сильно отличается от расстояния вставки (например, разница>2 * стандартное отклонение расстояния вставки), это обычно означает, что повторная копия (т. е. , путь) с высокой вероятностью может исходить из других областей генома, а не из ветви, поэтому такие пути будут недействительны и будут удалены вместе с их выровненными чтениями, а эти удаленные чтения могут быть использованы для последующей сборки других областей генома.

Обработка ошибочных баз.

Ошибочные основания в чтении для данных HTS могут значительно усложнить проблему сборки и привести к ошибкам, и ее нелегко решить с помощью чтения с парными концами и подхода с переменным размером перекрытия. Для разрешения неоднозначностей, возникающих из-за ошибок секвенирования, PERGA применяет метод, аналогичный подходу, основанному на топологических структурах [15], [23], [26]. Ошибки в конце чтения обычно приводят к коротким тупикам, которые, вероятно, будут преждевременно завершены, а ошибки во внутренней части чтения вызовут небольшие пузырьки, в которых два пути имеют одинаковые основания с одинаковыми начальными и конечными чтениями (рис. 6). ).Обратите внимание, что такие тупики и пузыри проверяются при чтении, а не в контигах, и PERGA проверяет такие ошибки и исправляет их для последующих расширений. Он проверяет сходство между чтением и контигом в соответствии с топологическими структурами, и если сходство высокое, скажем, ≥95%, то чтение собирается в контиги; в противном случае чтение не будет собрано в контиги, вместо этого оно может быть собрано в другие области генома с более высоким сходством.

Рисунок 6. Схема удаления ошибочных баз.

Ошибочные базы в операциях чтения приведут к возникновению тупиков и пузырей, которые могут быть устранены неявным образом, поскольку эти ошибки могут быть замаскированы этими правильными операциями чтения. Риды с низким сходством, вероятно, могут быть собраны в другие контиги с более высоким сходством.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253.g006

Сборка контигов

PERGA собирает сгенерированные контиги в более крупные каркасы, используя информацию о парных концах, аналогичную существующим ассемблерам.В этой процедуре чтения выравниваются по концам контигов, чтобы упорядочить и сориентировать контиги для создания каркасов. После построения каркасов PERGA объединяет перекрывающиеся соседние контиги, заполняет промежутки внутри каркаса и генерирует консенсусные последовательности для окончательной сборки (рис. 1В). Подробный метод строительных лесов описан в следующих подразделах.

Считывает выравнивание.

Если один конец считывания парных концов однозначно выровнен с одним контигом, а другой конец уникально выровнен с другим контигом, эти два контига должны появиться в геноме рядом.Обратите внимание, что чтения, выровненные по нескольким контигам, не следует рассматривать. Поскольку операции чтения с обоими концами, выровненными с одними и теми же контигами, не предоставляют дополнительной информации для построения каркаса, PERGA выравнивает операции чтения по концу контига, называемому связывающей областью , которая по умолчанию имеет размер 2 кбит/с.

Связывание контигов с каркасами.

Поскольку считывания могут быть взяты из положительной или отрицательной цепи случайным образом, и неизвестно, представляет ли последовательность контигов положительную или отрицательную цепь, существует четыре допустимых размещения для двух соседних контигов (A, B), как показано на рисунке 7. .Относительные положения и направления контигов могут быть определены из выровненных считываний парных концов. Однако из-за ошибок секвенирования и несоответствия относительное направление и положение двух контигов могут различаться при использовании разных считываний парных концов. Чтобы определить правильное относительное направление и положение контигов, по набору связывающих областей строится каркасный граф для захвата всех размещений смежных контигов по набору ребер. На графике вес размещения определяется как количество чтений с парными концами, поддерживающих каждое размещение двух связывающих областей и в отдельных контигах, и каждое ребро связано с кватернионом, где вес для размещения.Только однозначно выровненные чтения используются для построения графика, чтобы предотвратить внесение ошибок повторениями.

Рисунок 7. Четыре места размещения двух смежных контигов.

Размещения, изображенные внизу, соответствуют размещениям в верхней таблице. Смежные контиги (жирные стрелки) размещаются на основе их выровненных пар чтения. Серые стрелки указывают на обратное дополнение контигов. Ориентация контига («+»/«-») в верхней таблице — это ориентация контига в скаффолдах.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253.g007

Контиги связаны на основе жадного подхода. Контиг длиннее, чем размер связывающей области, случайным образом выбирается в качестве начального расширяемого каркаса. Расширение выполняется итеративно путем включения соседних контигов справа, и как только контиг включается в каркас, его ориентация назначается в соответствии с размещением. Расширение выполняется итеративно и прекращается до тех пор, пока не останется ни одного соседнего контига или нескольких кандидатов, не различающих, какой из них правильный.Когда удлинение прекращается с 3′-конца, 5′-конец будет удлиняться аналогичным образом (рис. 8). После связывания контигов будут определены их порядок и ориентация в скаффолдах.

Рисунок 8. Схема связывания контигов.

Первый раунд ссылок (правый) расширяет контиги парными чтениями от начального контига A вправо до тех пор, пока расширение не станет невозможным, затем второй раунд ссылок (левый) выполняется от A влево таким же образом . Каркас представляет собой линейную структуру набора связанных контигов (внизу), которые были упорядочены и ориентированы.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114253.g008

Перекрытие между контигами.

Для создания окончательных каркасов необходимо вычислить расстояние между каждыми двумя соседними контигами в каркасах, которые могут перекрываться или иметь промежутки между ними. Для перекрывающихся контигов будет обнаружена перекрывающаяся область, и два контига должны быть объединены в один контиг. Для контигов с промежутками между ними размер промежутка будет вычисляться в соответствии с считываниями парных концов, которые связывают два контига.

PERGA сначала оценивает размер зазора между соседними контигами в каркасах. Учитывая считывания парных концов с концами a и b , выровненными по разным контигам A и B соответственно, размер зазора g можно оценить по формуле , где — средний размер вставки, — расстояние от 5′-конца от считывания a до поля промежутка контига A, представляет собой расстояние от 5′-конца считывания b до края промежутка контига B. На практике может быть несколько таких парных концов, выровненных по двум соседним контигам, таким образом окончательный размер промежутка можно определить по количеству пар чтения между контигами A и B.

PERGA дополнительно проверяет предполагаемый размер зазора. Если предполагаемый размер промежутка представляет собой большое положительное число, вероятно, между контигами имеется разрыв с предполагаемым размером промежутка; и если размер зазора представляет собой большое отрицательное число, вероятно, имеется перекрытие. Если размер промежутка незначителен, необходима дополнительная проверка путем сравнения префикса и суффикса двух контигов.

Если размер промежутка является большим отрицательным числом или незначительным, два контига могут перекрываться в определенной пропорции.Из-за ошибки последовательности и ошибок при сборке перекрывающаяся последовательность может не совпадать. PERGA выполняет парное выравнивание последовательностей, чтобы зафиксировать перекрытия. Если перекрытие превышает 3 и соответствует предполагаемому размеру промежутка, эта пара контигов будет записана как перекрывающиеся контиги и объединена в один контиг; в противном случае между ними будет разрыв.

Заполнение зазоров.

После оценки размера промежутка между соседними контигами необходимо заполнить области промежутка для лучшей непрерывности путем локальной сборки с использованием ридов с парными концами, при этом один конец выровнен по контигам, а другой конец выровнен по областям промежутков.Большинство последовательностей в областях пробелов являются повторяющимися последовательностями, поэтому для разрешения таких повторов можно использовать заполнение пробелов. Поскольку последовательности, примыкающие к гэп-областям, были распознаны, повторяющиеся последовательности в гэп-областях могут быть легко реконструированы с помощью локальной сборки, основанной на алгоритме сборки прочтений для PERGA с использованием парных концов.

Консенсусные последовательности генерируются из контигов в каркасах с учетом их перекрытий и промежутков. Если соседние контиги перекрываются, то они будут объединены; и если контиги пропущены, область промежутка между этими контигами будет заполнена неоднозначными основаниями («N»).

Наборы данных

Мы оценили производительность PERGA как на смоделированных, так и на реальных наборах данных Escherichia coli, Schizosaccharomyces pombe и человеческой хромосомы 14 (подробности показаны в таблице 1) с эталонными размерами в диапазоне от 4,6 Мб до 88,3 Мб (миллион пар оснований). Смоделированные наборы данных парных концов Illumina были сгенерированы с использованием GemSIM [30] с различными покрытиями 50x, 60x, 100x для E. coli (можно загрузить с https://github.com/hitbio/PERGA), 50x для S. .pombe , 50x для хромосомы 14 человека; и реальные данные считывания парных концов Illumina E.coli были загружены с http://bix.ucsd.edu/projects/singlecell/nbt_data.html со стандартной геномной ДНК, полученной из культуры, с охватом около 600x, реальные Данные S.pombe были загружены из NCBI (доступ к SRA: ERX174934), реальные данные по хромосоме 14 человека были загружены с http://gage.cbcb.umd.edu/data, этот набор данных уже был скорректирован с помощью Quake. [31] Зальцберг и др. [32].Мы оценили производительность PERGA при разрешении ветвей с использованием модели прогнозирования SVM и подхода с опережением. Мы также сравнили производительность PERGA при сборке с другими ведущими современными сборщиками, включая IDBA-UD (v1.0.9) [28], ABySS (v1.3.2) [26], Velvet (v1.2.01) [23] и ассемблеры на основе перекрытия SGA (v0.9.20) [18], CABOG (v7.0) [16] и MaSuRCA (v2.2.1) [21].

Чтобы оценить производительность каждого ассемблера, мы использовали длину N50 для оценки их метрик длины, и мы использовали BLASTN (v2. 2.25+) [33], чтобы выровнять контиги и каркасы по эталону, чтобы оценить их точность, используя эталонное соотношение, количество и длину неправильных сборок. Если контиг (или скаффолд) полностью совпадает с эталоном со сходством <95%, он считается неправильно собранным контигом. Поскольку Velvet является сборщиком только каркасов для данных о парных концах, мы разделили каркасы в позициях поли-N, чтобы получить контиги для сравнения. Обратите внимание, что повторы из разных областей генома будут свернуты в единую копию, которая может быть выровнена более чем по одному местоположению или в непересекающихся местах при использовании BLASTN, и мы также считаем, что все эти положения генома охватываются этими повторами.

Сначала мы протестировали производительность подхода SVM, а также подхода с опережением. Результаты представлены в таблицах 2–3. Затем мы сравнили производительность PERGA с другими ведущими современными ассемблерами, основные элементы результатов были перечислены в таблицах 4–11 с подробностями в таблицах S1–S8 в файле S1.

Эксперименты для моделируемых данных чтения проводились на 64-разрядной машине Linux с процессором Intel(R) Core-2 2,53 ГГц, снабженным 3 ГБ памяти, за исключением экспериментов для CABOG.Эксперименты для CABOG и данные реального чтения проводились на сервере Intel(R) Xeon(R) Core-8 с тактовой частотой 2,00 ГГц, оснащенном 24 ГБ памяти.

Результаты и обсуждение

Производительность модели жадного прогнозирования

Производительность нашей жадно-подобной модели прогнозирования SVM оценивалась путем подсчета количества правильно и неправильно предсказанных расширений и остановок для всех ветвей на этапе сборки. Для независимой оценки жадноподобной модели прогнозирования были рассчитаны статистические данные, когда подход с опережением не использовался.Статистические результаты показаны в таблице 2. Построив модели принятия решений с использованием подхода машинного обучения, PERGA может определить правильное расширение в 99,7% случаев для смоделированных данных чтения D1 ~ D3. И PERGA также определяет стоп-кейсы, в которых оба расширения, скорее всего, будут правильными. PERGA может выдать только несколько неправильных удлинений и неправильных остановок (менее 0,1%).

Производительность упреждающего подхода

Хотя производительность модели прогнозирования SVM хорошая, PERGA по-прежнему имеет некоторые неверные расширения и останавливается с низкой достоверностью.Эти прогнозы с низкой достоверностью могут быть решены с помощью прогнозного подхода. В таблице 3 показано количество правильных и неправильных навигаций для ветвей с низкой уверенностью при применении этого подхода для разрешения ветвей из-за ошибок секвенирования и коротких тандемных повторов на наборах данных D1 ~ D3. Статистику ошибок секвенирования рассчитывали независимо, без учета коротких повторов; а для низконадежных ветвей с неудовлетворительными свойствами из-за ошибок секвенирования была применена дополнительная проверка, чтобы определить, вызваны ли эти ветви коротким тандемным повтором.

Для ветвей из-за ошибок секвенирования большинство из них могут быть правильно разрешены с высокой вероятностью (около 98%) с низкой частотой ошибок (около 2%), что позволяет PERGA генерировать длинные и точные контиги. Согласно табл. 2 и табл. 3, менее 1% ветвей (D1∼D3) корректируются при таком подходе. Поскольку подход с опережением очень эффективен, с помощью этого подхода можно легко обрабатывать ветви неправильного предсказания.

Из таблицы видно, что около трети ветвей не удовлетворяют свойствам для ветвей из-за ошибки последовательности.Эти ответвления будут дополнительно проверены по свойствам ответвлений из-за коротких повторов. Среди этих ветвей было всего несколько неправильных переходов (<2%). Таким образом, общая правильная навигация для прогнозного подхода после устранения ошибок секвенирования и коротких тандемных повторов была более чем в 99% случаев.

Таким образом, модель навигации с жадным прогнозированием разрешила большинство (> 99%) ветвей, а затем подход с опережением разрешил большинство (> 99%) ветвей с низкой достоверностью. Таким образом, после объединения жадно-подобной модели прогнозирования и упреждающего подхода PERGA может создавать длинные и точные контиги.

Производительность на геноме

E.coli

Таблица 4 показывает производительность PERGA, а также других ассемблеров на 50-кратном смоделированном наборе данных чтения парных концов D1. PERGA сгенерировала самые длинные контиги в измерениях N50, самый высокий эталонный охват и самый точный результат без неправильных сборок. PERGA и Velvet были самыми быстрыми ассемблерами среди семи ассемблеров с умеренным использованием памяти и были примерно в 3 раза быстрее, чем IDBA-UD и ABySS, поскольку SGA использует FM-индекс для вычисления перекрытия чтения, а CABOG вычисляет перекрытие чтения между собой, таким образом, они требуют больше времени при сборке (43 минуты и 77 минут).MaSuRCA сгенерировал 4 неправильно собранных контига (560 кб), а PERGA — нет. Это связано с тем, что PERGA гораздо более тщательно обрабатывает ветви для расширения, использует жадно-подобные модели SVM прогнозирования, которые содержат много информации о ветвях, чтобы обеспечить гораздо лучшие расширения, и PERGA различает ошибки последовательности и повторения для ветвей, используя подход просмотра вперед для принятия решения. правильные расширения. Таким образом, PERGA может предоставить меньше, но более длинные контиги, чем другие, без создания ошибочных контигов.

Когда количество операций чтения в наборе данных увеличивается, время работы всех других ассемблеров увеличивается (таблица 5 для набора данных D2). Однако время работы PERGA существенно не увеличивается, и он по-прежнему остается самым быстрым ассемблером. Контиги и леса, производимые PERGA, имеют самый большой N50 и охват без неправильной сборки. Из-за увеличения глубины секвенирования IDBA-UD и Velvet работали лучше, чем на D2, с увеличением контига N50 со 112,6 кб и 108,1 кб до 124.6 кб и 125,2 кб соответственно с меньшим количеством ошибок сборки, тогда как MaSuRCA имел меньший размер N50, чем на D1. У PERGA и IDBA-UD были самые большие размеры скаффолдов (173,9 кб), тогда как результаты других ассемблеров были намного короче (всего около 140 кб). MaSuRCA, как правило, производил больше ошибочных контигов и каркасов, что уменьшало охват его генома. По сравнению с другими сборщиками, SGA и CABOG производили более короткие контиги и каркасы с более длительным временем работы. Охват всех сборщиков на D1 и D2 практически одинаков, и они не сильно различаются между контигами и производством строительных лесов.

Для смоделированного набора данных 100x D3 (таблица 6), поскольку глубина секвенирования высока, все ассемблеры сгенерировали одинаковое количество контигов с одинаковым покрытием как в контигах, так и в каркасах, за исключением ABySS и MaSuRCA, которые упали с 99,90% до 90,89% и с 98,89%. до 92,15% из-за неправильно собранных 4 каркасов (206 кб) и неправильно собранных 4 каркасов (371 кб) для ABySS и MaSuRCA соответственно. У MaSuRCA были самые ошибочные каркасы, CABOG сгенерировал 1 неправильно собранный контиг (61 т.п.н.) и 1 неправильно собранный каркас (65 т.п.н.), таким образом, охват его генома упал до 93.5%. Из экспериментов на D1∼D3 видно, что CABOG может не подходить для данных с высоким покрытием, поскольку размеры его контигов (скаффолдов) уменьшаются с увеличением глубины покрытия, а также видно, что ассемблеры на основе перекрытия (SGA и CABOG) не подходит для данных с высоким охватом. PERGA также была самым быстрым сборщиком и давала самые точные результаты, в то время как все остальные производили несколько неправильно собранных контигов (скаффолдов). Во всех экспериментах с смоделированными данными PERGA не создавала неправильно собранных контигов и каркасов, в то время как другие ассемблеры неправильно собирали некоторые чтения в некоторых наборах данных.

Далее мы использовали загруженный набор данных E.coli D4 с охватом ∼600x, чтобы выделить производительность PERGA на данных с высоким охватом, и сравнили его производительность с другими сборщиками. CABOG нельзя было запустить на D4, потому что для этого требовалось много места на диске, превышающем объем сервера. Перед сборкой данные парных чтений были скорректированы с помощью Quake [31], и результаты представлены в таблице 7.

Общая производительность всех остальных ассемблеров упала из-за того, что размер короткой вставки упал с 370 до 215 п.н., а некоторые повторы с длиной, попадающей в этот диапазон, не могли быть разрешены. PERGA по-прежнему показала лучшие результаты по размеру N50, максимальному размеру и охвату генома. Можно предположить, что модель SVM, используемая PERGA, может фиксировать свойства в реальных наборах данных. PERGA был самым быстрым ассемблером и генерировал самые длинные контиги (скаффолды) (133,5 кб и 154,8 кб) с наибольшим покрытием (99,99%), в то время как у других ассемблеров N50 был намного ниже, за исключением каркасов IDBA-UD (148,5 кб). Поскольку PERGA генерировала очень длинные и точные контиги, каркасы, произведенные PERGA, имели самый большой N50 и самое высокое покрытие, даже несмотря на то, что они не соединяли много контигов в каркасах.По мере увеличения глубины секвенирования с 50x до 600x размер контигов (скаффолдов) N50 MaSuRCA уменьшился со 172 т.п.н. до 77 т.п.н., а количество контигов (скаффолдов) увеличилось с 70 до 240, что может указывать на то, что MaSuRCA не подходит для высоких наборы данных покрытия.

После создания лесов ABySS и Velvet производили более длинные каркасы с меньшим покрытием, в то время как PERGA и IDBA-UD не имели разницы в покрытии между контигами и каркасами, поскольку они производили точные сборки. ABySS и Velvet имели неправильно собранные контиги > 200 кб и неправильно собранные каркасы > 300 кб, таким образом, их покрытие контигов резко упало с 96% до 86%, MaSuRCA также сгенерировало несколько ошибочных контигов и каркасов (> 100 кб), и SGA создал точные контиги и каркасы, однако его размеры N50 очень малы (19.3 кбит/с и 21,3 кбит/с), и он использовал больше времени, чем другие. Это показывает, что ABySS, Velvet, SGA и MaSuRCA могут не подходить для данных секвенирования с высоким охватом. Они могут иметь хорошую производительность на данных с низким охватом, но не могут быть хороши на данных с высоким охватом.

Производительность на геноме

S.pombe

Мы также протестировали производительность PERGA на S.pombe 50-кратном смоделированном наборе данных D5 и 52-кратном реальном наборе данных D6, а чтение реального набора данных S.pombe было скорректировано с помощью Quake [31] перед сборкой, результаты представлены в таблицах 8–9.

Из Таблицы 8 MaSuRCA, PERGA и Velvet вошли в тройку лидеров по размеру скаффолда N50 (417,9 кб, 386,7 кб и 293,2 кб), в то время как размер скаффолда N50 всех других ассемблеров был меньше 300 кб с несколькими ошибками сборки, и, тем не менее, охват генома MaSuRCA составлял только 90,76% из-за его 6 неправильно собранных больших каркасов (1,3 Мбп). ABySS создал больше неправильно собранных скаффолдов, чем другие (2,7 Мб), поэтому охват генома упал с 99,78% до 76,7%. IDBA-UD сгенерировал короткие контиги и меньше неправильных сборок, чем ABySS и Velvet, а его каркасы содержат больше ошибок, чем Velvet.SGA имел наибольшее количество, но самые короткие контиги и каркасы (размер N50 43,0 кб и 155,1 кб), а CABOG генерировал короткие каркасы (размер N50 157,1 кб) с несколькими ошибками (778 кб). В целом, PERGA превзошла других сборщиков на D5 по длине сборки, точности, покрытию и времени работы.

Результаты для S.pombe реального набора данных D6 перечислены в таблице 9. Из таблицы все ассемблеры дали одинаковые результаты с точки зрения длины, точности и охвата. PERGA создала самые большие контиги и каркасы (размер N50 37.0 т.п.н. и 70,3 т.п.н.) с самым высоким охватом генома (98,97%) и меньшим количеством ошибок сборки (73 т.п.н.). PERGA, MaSuRCA и IDBA-UD вошли в тройку лучших ассемблеров по размеру скаффолда N50 (>54 кб), в то время как размер N50 остальных был меньше 50 кб. PERGA и IDBA-UD генерировали самый большой размер каркаса (334,7 кб и 270,3 кб), а MaSuRCA был более подвержен ошибкам и с большей вероятностью давал ошибочные контиги и каркасы (210 кб и 672 кб). Velvet и PERGA были намного быстрее других ассемблеров; однако Velvet выдал больше ошибок (175 кбит и 239 кбит) с большими затратами памяти (3.9 ГБ). SGA и CABOG требовали больше времени, чем другие, и CABOG требовал больше всего времени и памяти среди всех ассемблеров, тогда как ABySS потреблял меньше всего памяти (0,8 ГБ).

Таким образом, PERGA показал лучшие результаты, чем другие ассемблеры, как для смоделированных, так и для реальных наборов данных S. pombe D5~D6, что указывает на то, что модель SVM и прогнозный подход подходят для сборки других геномов и приводят к хорошая производительность.

Действие на хромосоме человека 14

Чтобы подчеркнуть производительность PERGA, мы использовали смоделированный набор данных D7 с 50-кратным увеличением хромосомы 14 человека и реальный набор данных D8 с 40-кратным увеличением для проверки его производительности.MaSuRCA не удалось правильно запустить на смоделированном наборе данных из-за неизвестной ошибки запуска, и результаты для ассемблеров были показаны в таблицах 10–11.

Из таблицы 10 PERGA сгенерировала наименьшее количество контигов с самыми большими контигами (размер N50 149,9 кб, максимальный размер 1 Мб, средний размер 36 кб) и самыми большими скаффолдами (размер N50 229,5 кб, максимальный размер 1 Мб, средний размер 39 кб). ) с меньшим количеством неправильных сборок, чем другие. PERGA и IDBA-UD были двумя лучшими сборщиками по размеру скаффолда N50 (230 кбит/с и 174 кбит/с), максимальному размеру (около 1 Мбит/с) и точности (неправильно собранные скаффолды 30 кбит/с и 1. 2 Мб), в то время как размер каркаса N50 и максимальный размер других были <90 кб и <500 кб, соответственно, и они генерировали больше неправильно собранных каркасов (>5 Мб), чем PERGA и IDBA-UD. IDBA-UD был самым быстрым ассемблером и давал гораздо более длинные и точные результаты, чем ABySS и Velvet. Velvet, CABOG и ABySS дали наименее точные результаты, а размеры их контигов и размеров каркасов также были короткими, а покрытие генома Velvet сильно упало с 92,24% до 24,87% из-за большого количества неправильно собранных каркасов (67 Мбп).SGA сгенерировал наибольшее количество (32077) скаффолдов с наименьшей длиной (размер N50 5,5 т.п.н.), при этом отсутствовало около 10 млн. п.о. геномных участков, поэтому покрытие генома не превышало 86%.

Из таблицы 11 PERGA сгенерировала большие контиги и каркасы (размер N50 11,8 т.п.н. и 20,2 т.п.н.) с высоким охватом генома (95,86% и 91,96%) и меньшим количеством неправильных сборок (2,8 млн.п.н. и 6,1 млн.п.н.), т.к. для более точного расширения контигов. IDBA-UD, CABOG и PERGA вошли в тройку лучших ассемблеров с точки зрения размера N50 (> 10 кб и > 20 кб для контигов и каркасов соответственно) и максимального размера (> 100 кб и > 140 кб для контигов и каркасов), однако , CABOG выдал больше ошибок (7.3 Мб и 13 Мб для контигов и скаффолдов соответственно), чем IDBA-UD и PERGA, а размер N50 других ассемблеров был меньше 7 кб для контигов и скаффолдов. MaSuRCA, ABySS и SGA дали наиболее точные результаты; однако их длина была короткой (размер скаффолда N50 <7 т.п.н.), а также общая суммарная длина сборки SGA составляла всего 85% (75 млн.п.н.) от эталона (88 млн.п.н.), около 10 млн.п.н. (10%) генома участки отсутствовали, что уменьшало покрытие генома (<85%). Бархат сгенерирован короткий (N50 размер 3.8 т.п.н.), но точные контиги (ошибочные контиги 2.8 Мб.п.н.), однако его скаффолды также были короткими (6.6 т.п.н.) и содержали гораздо больше ошибок (21 Мб.п.н.), поэтому покрытие генома резко упало с 89% до 70%.

Судя по экспериментам на D1~D8, PERGA работал быстрее, чем другие ассемблеры, по нескольким причинам. Во-первых, хэш-таблица k -mer позволила быстро выравнивать операции чтения с контигами при сборке. Во-вторых, считывания из других областей генома только с несколькими основаниями, выровненными по контигам, предотвращались от сборки, что уменьшало количество вычислений ложного перекрытия.В-третьих, PERGA приняла подход с переменным размером перекрытия и использовала парные чтения с наивысшим приоритетом, что уменьшило объем вычислений и ускорило алгоритм. Поэтому PERGA работала быстрее, чем другие ассемблеры.

Таким образом, PERGA превзошел большинство других ассемблеров, когда размер генома увеличился от небольших бактериальных геномов (например, E.coli ) до больших человеческих хромосом (например, хромосома 14) в более длинных и точных результатах сборки, и IDBA-UD был первым. вторым лучшим ассемблером и имел аналогичную производительность, в то время как другие ассемблеры (например,г. Velvet, SGA и ABySS) могут больше подходить для небольших бактериальных геномов, чем для больших геномов.

Эксперименты показали, что жадно-подобная стратегия расширения предсказания имеет лучшую производительность, чем ассемблеры на основе графов, потому что она использует модель предсказания SVM для устранения ошибок секвенирования и использует упреждающий подход для обработки ошибок секвенирования и разрешения коротких тандемных повторов в геном, что приводит к более длительным и точным результатам сборки.

Выводы

В этой статье мы представляем PERGA, новый de novo ассемблер парных считываний, который может генерировать большие и точные сборки, используя жадно-подобную стратегию прогнозирования для обработки ветвлений и ошибок, чтобы обеспечить гораздо лучшие расширения.Используя упреждающий подход, PERGA различает ошибки секвенирования и точно повторяет, а также разделяет разные копии коротких повторов, чтобы сделать расширение намного длиннее и точнее. Кроме того, вместо односторонних чтений для построения контигов, PERGA использует парные считывания на первом этапе и присваивает различный приоритет разным порогам перекрытия чтений в диапазоне от O _max до O _min для разрешения проблема разрыва и ветвления. Эксперименты показали, что PERGA может генерировать очень длинные и точные контиги и каркасы с меньшим количеством ошибок неправильной сборки как для смоделированных данных считывания, так и для реальных наборов данных как для наборов данных с низким, так и с высоким покрытием, чем существующие методы для небольших бактериальных геномов (например,g., E.coli и S.pombe ) и большие сложные геномы (например, человеческая хромосома 14).

Вспомогательная информация

Файл S1.

Пример тандемных повторов в хромосоме человека и подробные результаты сборки. Эталонная область 58 287 977–58 288 418 (размер области 442 п.н.) хромосомы 14 человека состоит из трех сложных повторов A, B и C, где A встречается три раза, B появляется четыре раза, C появляется пять раз, а A содержит B в качестве подгруппы. -повтор, B содержит C как субповтор.PERGA может правильно разрешить эту повторяющуюся область, но другие не работают.

https://doi. org/10.1371/journal.pone.0114253.s001

(DOC)

Благодарности

Авторы благодарят Qinghua Jiang и Yongdong Xu из Харбинского технологического института за содержательные предложения. Мы также благодарим рецензентов за их конструктивные комментарии.

Авторские взносы

Задумал и разработал эксперименты: Ю.В. Проведены эксперименты: XZ HCML. Проанализированы данные: XZ HCML FYLC SMY BL.Написал статью: XZ HCML SMY. Руководил разработкой в ​​ранних исследованиях: GQ.

Каталожные номера

1. 1. Shendure J, Porreca GJ, Reppas NB, Lin XX, McCutcheon JP, et al. (2005)Точное мультиплексное полоническое секвенирование эволюционировавшего бактериального генома. Наука 309: 1728–1732.
2. 2. Маргулис М., Эгхольм М., Альтман В.Е., Аттия С., Бадер Дж.С. и др. (2005)Секвенирование генома в микрореакторах высокой плотности пиколитр. Природа 437: 376–380.
3. 3.Li RQ, Fan W, Tian G, Zhu HM, He L, et al. (2010)Последовательность и сборка de novo генома гигантской панды. Природа 463: 311–317.
4. 4. Бентли Д.Р., Баласубраманиан С., Свердлоу Х.П., Смит Г.П., Милтон Дж. и др. (2008) Точное секвенирование всего генома человека с использованием химии обратимого терминатора. Природа 456: 53–59.
5. 5. Li H (2012) Изучение однообразных SNP и вызовов INDEL с полной сборкой генома de novo. Биоинформатика 28: 1838–1844.
6. 6.Бланка Дж. М., Паскуаль Л., Зиарсоло П., Нуэз Ф., Канисарес Дж. (2011) ngs_backbone: конвейер для очистки чтения, сопоставления и вызова SNP с использованием последовательности следующего поколения. Геномика BMC 12:285.
7. 7. Schatz MC, Delcher AL, Salzberg SL (2010)Сборка больших геномов с использованием секвенирования второго поколения. Геном Res 20: 1165–1173.
8. 8. Surget-Groba Y, Montoya-Burgos JI (2010) Оптимизация сборки транскриптома de novo на основе данных секвенирования следующего поколения. Геном Res 20: 1432–1440.
9. 9. Треанген Т.Дж., Зальцберг С.Л. (2012)Повторяющаяся ДНК и секвенирование следующего поколения: вычислительные проблемы и решения. Нат Рев Жене 13:36–46.
10. 10. Фличек П., Бирни Э. (2009) Смысл чтения последовательности: методы выравнивания и сборки. Нат-методы 6:S6–S12.
11. 11. Shendure J, Ji H (2008)Секвенирование ДНК следующего поколения. Nat Biotechnol 26:1135–1145.
12. 12. Уоррен Р.Л., Саттон Г.Г., Джонс С.Дж., Холт Р.А. (2007) Сборка миллионов коротких последовательностей ДНК с использованием SSAKE.Биоинформатика 23: 500–501.
13. 13. Джек В. Р., Рейнхардт Дж. А., Балтрус Д. А., Хикенботэм М. Т., Магрини В. и др. (2007) Расширение сборки коротких последовательностей ДНК для обработки ошибок. Биоинформатика 23: 2942–2944.
14. 14. Dohm JC, Lottaz C, Borodina T, Himmelbauer H (2007) SHARCGS, быстрый и высокоточный алгоритм сборки с коротким считыванием для секвенирования генома de novo. Геном Res 17: 1697–1706.
15. 15. Эрнандес Д., Франсуа П., Фаринелли Л., Остерас М., Шренцель Дж. (2008)Секвенирование бактериального генома de novo: миллионы очень коротких ридов, собранных на настольном компьютере.Геном Res 18: 802–809.
16. 16. Миллер Дж. Р., Делчер А. Л., Корен С., Вентер Э., Валенц Б. П. и др. (2008) Агрессивная сборка пиросеквенирования с товарищами. Биоинформатика 24: 2818–2824.
17. 17. Burrows M, Wheeler DJ (1994) Алгоритм сжатия данных без потерь с сортировкой блоков. Технический отчет 124: Пало-Альто, Калифорния, Digital Equipment Corporation.
18. 18. Симпсон Дж.Т., Дурбин Р. (2012)Эффективная сборка больших геномов de novo с использованием сжатых структур данных.Геном Res 22: 549–556.
19. 19. Феррагина П., Манзини Г. (2000) Оппортунистические структуры данных с приложениями; 2000. стр. Компьютерное общество IEEE, 390–398.
20. 20. Myers EW, Sutton GG, Delcher AL, Dew IM, Fasulo DP, et al. (2000) Полногеномная сборка дрозофилы. Наука 287: 2196–2204.
21. 21. Зимин А.В., Маркайс Г., Пуйу Д., Робертс М., Зальцберг С.Л. и соавт. (2013) Сборщик генома MaSuRCA. Биоинформатика 29: 2669–2677.
22. 22.Певзнер П.А., Танг Х., Уотерман М.С. (2001) Эйлеровский подход к сборке фрагментов ДНК. Proc Natl Acad Sci USA 98:9748–9753.
23. 23. Зербино Д.Р., Бирни Э. (2008)Бархат: алгоритмы для сборки коротких чтений de novo с использованием графов де Брейна. Геном Res 18: 821–829.
24. 24. Chaisson MJ, Pevzner PA (2008)Сборка короткого фрагмента бактериального генома. Геном Рез. 18: 324–330.
25. 25. Батлер Дж., МакКаллум И., Клебер М., Шляхтер И.А., Бельмонте М.К. и др.(2008) ALLPATHS: сборка de novo полногеномных микрочтений дробовика. Геном Рез. 18: 810–820.
26. 26. Симпсон Дж. Т., Вонг К., Джекман С. Д., Шейн Дж. Э., Джонс С. Дж. и др. (2009) ABySS: параллельный ассемблер для данных коротких последовательностей чтения. Геном Рез. 19: 1117–1123.
27. 27. Peng Y, Leung HCM, Yiu SM, Chin FYL (2010) IDBA — Практический итеративный ассемблер de Bruijn Graph De Novo. Исследования в области вычислительной молекулярной биологии, Proceedings 6044: 426–440.
28. 28. Peng Y, Leung HC, Yiu SM, Chin FY (2012) IDBA-UD: сборщик de novo для данных одноклеточного и метагеномного секвенирования с очень неравномерной глубиной.Биоинформатика 28: 1420–1428.
29. 29. Li R, Zhu H, Ruan J, Qian W, Fang X и др. (2009)Сборка геномов человека de novo с массовым параллельным секвенированием коротких прочтений. Геном Рез. 20: 265–272.
30. 30. МакЭлрой К.Е., Лучани Ф., Томас Т. (2012)GemSIM: общий симулятор данных секвенирования следующего поколения на основе модели ошибок. Геномика BMC 13:74.
31. 31. Келли Д.Р., Шац М.К., Зальцберг С.Л. (2010) Quake: качественное обнаружение и исправление ошибок секвенирования.Геном Биол 11:R116.
32. 32. Зальцберг С.Л., Филлиппи А.М., Зимин А., Пуйу Д., Магок Т. и др. (2012) GAGE: Критическая оценка сборки генома и алгоритмов сборки. Геном Res 22: 557–567.
33. 33. Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Э.В., Липман Д.Дж. (1990) Базовый инструмент поиска локальной центровки. Дж. Мол. Биол. 215:403–410.

PERGA: ассемблер de novo с управляемым чтением на парных концах для расширения контигов с использованием SVM и перспективного подхода

Поскольку длина считывания технологий высокопроизводительного секвенирования (HTS) невелика, сборка de novo, которая играет важную роль во многих приложениях, остается большой проблемой.Большинство современных подходов основаны на стратегии графа де Брейна и стратегии компоновки с перекрытием. Однако эти подходы, которые зависят от k-меров или перекрытий чтений, не полностью используют информацию парных и односторонних чтений при разрешении ветвей. Поскольку они одинаково обрабатывают все односторонние чтения с перекрывающейся длиной, превышающей порог фиксации, они не могут использовать более надежные длинные перекрывающиеся чтения для сборки и смешиваются с относительно короткими перекрывающимися чтениями. Более того, эти подходы не были специально разработаны для работы с тандемными повторами (повторы встречаются в геноме рядом), и они обычно разрушают контиги рядом с тандемными повторами.Мы представляем PERGA (управляемый ассемблер парных чтений), новый подход к сборке de novo, управляемый последовательностями чтений, который использует жадно-подобную стратегию прогнозирования для сборки чтений в контиги и каркасы с использованием чтений с парными концами и различного размера перекрытия чтений в диапазоне от Омакс к Омину, чтобы устранить пробелы и ответвления. Построив модель решения с использованием подхода машинного обучения на основе признаков ветвей, PERGA может определить правильное расширение в 99,7% случаев. Когда правильное расширение не может быть определено, PERGA попытается расширить контиг всеми возможными расширениями и определить правильное расширение, используя подход с опережением. Многие ответвления с трудным разрешением возникают из-за тандемных повторов, которые расположены близко друг к другу в геноме. PERGA обнаруживает такие разные копии повторов, чтобы разрешить ответвления, чтобы сделать расширение намного длиннее и точнее. Мы оценили PERGA как на реальных, так и на смоделированных наборах данных Illumina, начиная от небольших бактериальных геномов и заканчивая крупными хромосомами человека, и она построила более длинные и точные контиги и каркасы, чем другие современные ассемблеры. PERGA можно бесплатно загрузить с https://github.com/hitbio/ПЕРГА.

Перга — Оксфордская стипендия

Страница из

НАПЕЧАТАНО ИЗ OXFORD SCHOLARSHIP ONLINE (oxford.universitypressscholarship.com). (c) Copyright Oxford University Press, 2021. Все права защищены. Отдельный пользователь может распечатать PDF-файл одной главы монографии в OSO для личного использования. дата: 24 января 2022 г.

Глава:

Перга

Источник:

Путеводитель по библейским местам в Греции и Турции

Автор(ы):

Клайд Э.

Fant

Mitchell G. Reddish

Издатель:

Оксфордский университет пресс

DOI: 10.1093 / oso / 9780195139174.003.0041

Конечно, ударный город в день, Перга (также пишется Perge) сегодня еще впечатляет место для посещения. Его театр, стадион, агора, башни, бани и улицы с колоннадами дают посетителю хорошее представление о том, каким был древний город. Перга расположена в древнем регионе Памфилия, примерно в 9 милях к востоку от Анталии.Чтобы посетить это место, следуйте по шоссе 400 на восток от Анталии до города Аксу, в котором слева есть желтый знак, указывающий на Пергу, которая находится чуть более чем в миле к северу от Аксу. Аксу Чайи (древняя река Цеструс) протекает в 3 милях от этого места на пути к Средиземному морю, примерно в 7 милях от него. В древние времена в Перге, по-видимому, был судоходный порт на реке, что позволяло городу получать коммерческую выгоду от реки. Древняя традиция утверждает, что Перга была основана после Троянской войны греческими поселенцами под предводительством Калхаса (провидца, чьи пророчества помогли грекам в войне) и Мопса (еще одного древнего провидца).Однако акрополь в Перге был заселен гораздо раньше, еще в бронзовом веке. Когда в 333 г. до н. э. через эти земли прошел Александр Македонский, город Перга не оказал ему сопротивления. Некоторые люди из Перги даже служили проводниками, чтобы привести часть армии Александра из Фазелиса в Памфилию. После смерти Александра город находился под властью Птолемеев, а затем правителей Селевкидов. Одним из самых известных уроженцев Перги в эллинистический период был Аполлоний, живший в 3 веке до н.математик, написавший девятитомный труд по коникам. Его работы были важным вкладом в астрономию и геометрию. Он учился в Александрии, а затем жил в Пергаме. После поражения Селевкидов римлянами в 189 г. до н. э. в битве при Магнезии Перга стала частью Пергамского царства. Завещан Риму в 133 г. до н. э. при последнем пергамском царе Аттале III через четыре года город перешел под контроль римлян как часть римской провинции Малая Азия.

Ключевые слова: Варнава, Домициан, Адриан, Иоанн Марк, Магнезия ад Сипилум, Септемий Северус

Oxford Scholarship Online требует подписки или покупки для доступа к полному тексту книг в рамках службы.Однако общедоступные пользователи могут свободно осуществлять поиск по сайту и просматривать рефераты и ключевые слова для каждой книги и главы.

Пожалуйста, подпишитесь или войдите, чтобы получить доступ к полнотекстовому содержимому.

Если вы считаете, что у вас должен быть доступ к этому названию, обратитесь к своему библиотекарю.

Для устранения неполадок см. Часто задаваемые вопросы , и если вы не можете найти ответ там, пожалуйста, связаться с нами .

Более 70% 5000-летнего города Перга на юге Турции все еще находятся под землей

Около 70 процентов 5000-летнего древнего города Перга в южной турецкой провинции Анталья все еще находятся под землей, и археологи продолжают раскопки, чтобы раскрыть его скрытые красоты.

Перга, расположенная в районе Анталии Аксу, признана одним из самых значительных древних городов мира, а также родиной выдающихся древних скульпторов.

В настоящее время археологи продолжают раскопки вдоль западного проезда, а также пытаются обнаружить водные туннели, расширяющиеся в четыре разных ответвления, сообщил агентству Ihlas директор музея Антальи Мустафа Демирель.

С 2012 года музей Анталии проводит раскопки, сказал Демирель, добавив, что они также работают над тем, чтобы посетители могли лучше понять древний город.

Более 70% 5000-летнего города Перга на юге Турции все еще находятся под землей

Более 70% 5000-летнего города Перга на юге Турции все еще находятся под землей

Более 70% 5000-летнего города Перга на юге Турции все еще находятся под землей

Более 70% 5000-летнего города Перга на юге Турции все еще находятся под землей

Более 70% 5000-летнего города Перга на юге Турции все еще находятся под землей

Более 70% 5000-летнего города Перга на юге Турции все еще находятся под землей

«Археологические раскопки занимают много времени и проводятся в рамках определенного плана», — сказал Демирель, добавив, что на данный момент раскопано 30 процентов города.

К востоку от него протекает река Цеструс, в которой есть акрополь эллинистического периода и артефакты бронзового века, римской и византийской империй.

«Большая часть города все еще находится под землей, но земляные работы продолжаются организованно», — сказал Демирель.

В ближайшее время археологи планируют восстановить две башни, театр, стадион и обеспечить поступление воды на древние фонтаны по туннелям. В частности, к 2019 году ожидается восстановление башен.

Демирель также отметил, что министерство культуры и туризма также завершило работы по озеленению для приема местных и иностранных туристов.

Артефакты, обнаруженные во время раскопок, включают в себя различные сооружения и причудливые архитектурные стили, сказал Демирель, добавив, что крайне важно, чтобы раскопки проводились одновременно с реставрацией, потому что отсутствие одного оставляет артефакты без защиты и подверженными разрушению.

Эти артефакты, включая статуи второго и третьего веков до н. C., в настоящее время экспонируются в музее, добавил директор.

Древний город ожидает более 250 000 посетителей в 2018 году.

Археологические раскопки ведутся в Перге с 1946 года.

Здесь также был обнаружен саркофаг древнегреческого божественного героя Геракла, который был изъят из Женевской галереи древнего искусства Феникс спустя годы после того, как был вывезен контрабандой.

Информационный бюллетень Daily Sabah

Будьте в курсе того, что происходит в Турции, это регион и мир.

ЗАПИШИТЕ МЕНЯ

Вы можете отписаться в любое время. Регистрируясь, вы соглашаетесь с нашими Условиями использования и Политикой конфиденциальности. Этот сайт защищен reCAPTCHA, и к нему применяются Политика конфиденциальности и Условия обслуживания Google.

Целебная перга: как принимать?

Продукция пчеловодства у людей пользуется заслуженной популярностью.Но не многие знают, что такое перга, как ее принимать. Еще меньше известны непревзойденные целебные свойства уникального природного вещества.

Перга представляет собой пыльцу, плотно упакованную пчелами в сотовые ячейки, прошедшую стадию определенного брожения. Натуральный продукт природного происхождения не имеет аналогов по содержанию компонентов, необходимых человеку для здорового развития и функционирования. Знать, чем лечат пчелиные перья, нужно не только, как принимать — не менее важно.

Краткий перечень болезней, которые устраняются с помощью Перги:

• аденома предстательной железы и простатит;

• Анемия;

• астма;

Бронхит;

• выпадение волос;

• головная боль;

• дерматиты;

• Дисбактериоз;

• для нормализации давления;

• для омоложения кожи и предотвращения старения;

• для повышения выносливости спортсменов, увеличения их мышечной массы;

• болезнь почек;

• опьянение;

• лейкемия;

• нарушения обмена веществ;

• переломы;

• снижение иммунитета;

• последствия радиоактивного облучения;

• профилактика инсульта и его последствий;

• при заболеваниях печени;

• при сгущении крови;

• деградация памяти;

• диабет;

• сердечно-сосудистые заболевания;

• туберкулез;

• нарушение зрения;

• язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки.

Перга: как взять

• Курс применения — от полутора до трех месяцев, после незначительного перерыва лечение можно продолжить.

• Взрослому человеку в сутки — от 10 до 30 г, что зависит от того, является ли лечение заболеванием или его профилактикой.

• Детям до 12 лет — от 70 до 100 мг на 1 кг веса ребенка.

• Исключительно натощак целебные свойства перги проявляются в полной мере.Как принимать — за час до еды или после еды (также через час) — решать индивидуально.

• Первые дни приема Перги, следите за своим здоровьем. Если продукт вызывает сонливость, что часто бывает у людей с чрезмерной нагрузкой на нервную систему, принимайте лекарство на ночь до тех пор, пока эффект сонливости не устранит целебный перец.

• Как пользоваться? Утром, днем ​​и вечером рассасывать по 1 чайной ложке. К сведению, в одной ложке содержится от трех с половиной до шести граммов перги — в зависимости от того, принимаете ли вы вещество с лошадью или без нее.

• Пергу можно принимать в равных пропорциях с медом.

• Помните не только о том, как правильно принимать Пергу, но и о том, что передозировка в итоге приведет к гипервитаминозу. Кроме того, противопоказанием к его применению является индивидуальная непереносимость, аллергическая реакция организма на продукты пчеловодства.

Пергу по всем основаниям можно считать панацеей – лекарством практически от всех болезней. Прием этого уникального продукта повышает иммунитет человека, концентрацию внимания, память, ее общий тонус, а умственная деятельность получает новый импульс.Со временем усиливается и репродуктивная активность. В общем, тело полностью омолодилось. Неудивительно, что настроение человека становится бодрым и приподнятым.

Как рисовать красками Perga

Привет привет! Грейс здесь.

Спасибо, что присоединились к нам в воскресенье! Как дела?

Как вы, наверное, уже знаете, мы сделали небольшой перерыв в Летней школе, чтобы дать всем возможность наверстать упущенное и попрактиковаться в том, чему они научились. Последние несколько блогов Глинис были тесно связаны с занятиями Летней школы.

Этот немного другой. Прекрасная Глинис вернулась в пузырек Bloggy, чтобы поделиться с нами некоторыми советами и техниками окрашивания, в частности с использованием красок Perga Colours.

Я не буду больше терять времени и передам вам профессионала!

Глинис Уайтхед

Картина – начнем с бабочки.

Ингредиенты

Квадратная тарелка Tina’s Dragonfly Fun A5 (GRO-AN-40857-03)
1.Инструмент для тиснения Pergamano 5 мм (PER-TO-70004-XX)
Инструмент для тиснения Pergamano 6 мм (PER-TO-70016-XX)
Инструмент для перфорации с двумя иглами Pergamano (FINE) (PER-TO-70037-XX)
Набор микронных ручек (ACC-PE-30778-XX) (я использовал 0,5)
Pergamano Color Exclusives *PCE (PER-CO-70060-XX)
Pergamano Round Brush 2 мм (PER-BR-70044-XX)
Mix mat (PER- AC-70304-XX)
Губка, блюдце, кастрюля с водой и бумажное полотенце.

Несколько слов об оборудовании.

Влажная губка – выбирайте качественную ячеистую, которая равномерно удерживает воду, а не губку из пенопласта.Хотя слишком много воды вредно для пергаментной бумаги, вам нужно немного влаги. Вам нужна губка, чтобы равномерно удерживать воду, а вода имеет тенденцию опускаться на дно более дешевых губок и становится слишком сухой.
Блюдце или небольшая тарелка для хранения губки, чтобы вода не испортила пергамент.
Горшок с водой — вам нужно почистить кисть. Также добавить к пигменту ручки, чтобы ослабить ее.
Ваша кисть – кисть Pergamano отлично подходит для этой работы.Он сделан из колонкового соболя и сохраняет прекрасную остроту. Хорошая кисть очень важна для успеха вашей работы.
Бумажное полотенце , чтобы сохранить наконечник кисти сухим и предотвратить попадание воды на пергамент.
Коврик для смешивания для нанесения пигмента из ручек.
Ручки PCE – на водной основе, легко смешиваются.

Метод

Шаг 1. Есть два способа получить изображение. Первый — это очень легкое тиснение изображения на пергаменте с помощью инструмента для тиснения номер 2 или инструмента 1.Шаровой инструмент 5 мм. Вам просто нужно едва увидеть бабочку.

Шаг 2. Другой способ получить изображение — обвести его с пластины микронной ручкой, затем положить пергамент на обведенное изображение и использовать контур под ним, чтобы направлять рисунок.

Вот так они выглядят, когда готовы к покраске…

Шаг 3. Выберите 3 цвета PCE – светлый, средний и темный из выбранных вами оттенков, а также черный. Мои цвета — 13, 14 и 27 — затем 20 (черный для большей тени).Соберите все оборудование, о котором говорилось выше.

Шаг 4. Нанесите самые светлые оттенки на коврик для смешивания и добавьте немного воды, чтобы растворить пигмент. Смочите кисть губкой и наберите немного цвета, перекатывая кисть так, чтобы кисть оказалась на кончике.

Шаг 5. Сначала используйте самый светлый цвет и рисуйте по одному крылу за раз. Поместите острие заполненной кисти на внешнюю линию, положите кисть так, чтобы она была плоской по отношению к бумаге, и двигайтесь маленькими круговыми движениями, нанося мазок.Поворачивайте работу по мере необходимости и перезагружайте кисть по мере необходимости. Ничего страшного, если центр крыла останется белым — позже в процессе это создаст блики.

Шаг 6. Нанесите еще немного цвета, снова вращая кисть до тонкой точки. Держите кисть вертикально на коврике для смешивания, но на этот раз не разбавляйте ее. Смочите кисть на спонже и наберите только самым-самым кончиком кисти. Рисуйте тонкими линиями от краев внутрь, переворачивая работу по мере продвижения.Если не разбавлять пигмент, получится более темный оттенок основного цвета. Вы будете проходить тонкие линии всего на 3/4 пути через каждое крыло.

Шаг 7. Теперь используйте средний цвет и просто проведите тонкими линиями по 2/3 каждого крыла. Вы должны позволить каждому слою краски высохнуть между нанесениями. Помните, что вы используете только самый кончик кисти. Не волнуйтесь, если края бабочки выглядят немного неровными — вы удивитесь, насколько красиво она получится после вырезания.

Шаг 8.Теперь для самого темного цвета и того же процесса, но только с увеличением тонких линий до 1/3 поперек крыльев — хотя не помешает провести две или три поперек. Опять же, не нужно разбавлять пигмент и просто смочить кисть до тонкой точки спонжем.

Шаг 9. Нанесите немного черного на микс-мат и смешайте его с самым темным цветом – это сделает его менее резким, чем чистый черный. Раскрасьте тело бабочки и усики.

Шаг 10. Обойдите бабочку снаружи с помощью тонкого инструмента с двумя иглами и вырежьте ее.Не беспокойтесь, если у вас не получится сделать усики, вы можете добавить новые, используя немного проволоки для бисероплетения или тычинки из материалов для изготовления цветов.

Шаг 11. Теперь осталось сделать аккуратное тиснение с помощью 6-миллиметрового шарикового инструмента. Просто пройдитесь очень легкими движениями по крыльям, чтобы придать им немного формы. И вуаля!!

---

Какие потрясающие цвета и оттенки! Спасибо, Глинис, за ваш опыт и мягкое руководство. Мы ценим вас 🙂

Как обычно, мы собрали все, что использовал Глинис, в одном месте на веб-сайте Clarity ЗДЕСЬ.

На этой неделе, во вторник Groovi, Пол показывал нам, как раскрашивать карандашами Perga Liner Pencils. Вы можете увидеть, что получилось у Пола, на нашей странице YouTube ЗДЕСЬ.

Теперь, если вы увлекаетесь пергаментным искусством, вы, возможно, слышали потрясающую новость о запуске нашего нового радужного пергамента и бумаги в пятницу во время мероприятия «Момент ясности» на Facebook…

Они доступны ЗДЕСЬ по супер-пупер специальной цене в течение ограниченного времени! И чтобы отпраздновать запуск, у нас есть фантастическая экономия на весь наш цветной и дизайнерский пергамент ЗДЕСЬ — прекрасная возможность запастись предметами первой необходимости!

Много любви, Грейс и Глинис xo

Ясность – дом искусства, ремесел и благополучия.

Прикосновение благодати » Pergamano — Техники — Том 5 — Perga Liners

Привет, девочки, я вернулся с Техники Пергамано — Шаг за шагом — Том 5 . У меня есть несколько дизайнов, которые я сделала из книги на прошлой неделе перед поездкой в ​​Теннесси.

Во-первых, я хочу поблагодарить каждого из вас за ваши молитвы о жертвах наводнения в Теннесси, а также за ваши молитвы о нашем безопасном путешествии.У меня была замечательная поездка, она пролетела слишком быстро, и мне есть что вам рассказать. Скоро я вернусь в другом посте, чтобы поделиться фотографиями крещения Стефана (у меня есть его одобрение… LOL). У меня также есть фотографии, которыми я хочу поделиться, когда я был в гостях у моей дорогой подруги Энн Уильямс из Брентвуда, штат Теннесси; как же здорово было провести день в гостях у Энн в ее прекрасном доме! Я пришла домой и сказала мужу, что готова переехать в Брентвуд, и мы будем рядом со Стивеном. . . РЖУ НЕ МОГУ!

Как вы помните, первые четыре книги, которые я показал, охватывают основные техники, т.е.например, обводка, тиснение, штриховка, перфорация, резка, окрашивание маркерами Perga Color Exclusive и нанесение красок Pintura Inks. Если вы пропустили этот пост, нажмите здесь и здесь , чтобы быстро просмотреть или просмотреть. Книги строятся одна на другой; в пятом томе предполагается, что вы завершили первые четыре книги, и в нем добавлены дополнительные методы окрашивания пергаментных рисунков с использованием лайнеров Perga. Perga Liners — цветные карандаши и акварельные карандаши художественного качества.Цветные карандаши предназначены для использования в «сухой технике», а цветные карандаши и акварельные карандаши — для «влажной техники». Даются подробные инструкции вместе с цветными картинками, иллюстрирующими шаги. Я сделала открытку с тюльпаном, помещенную перед книгой, используя как сухую, так и влажную технику, описанную в книге.

Эта карта изготовлена ​​«сухой техникой». . . . цветные карандаши. Дизайн прекрасен в своей простоте, он прорисован фиолетовыми чернилами Tinta и белыми чернилами Tinta.Мне нравятся эти чернила, их можно смешивать для создания разных оттенков (я играла с ними). Я раскрасила цветок цветными карандашами, использовала технику штриховки вокруг внешних лепестков, а затем сделала тиснение на обратной стороне бумаги.

 

Эта открытка-бабочка также была раскрашена в «сухой технике» цветными карандашами. Я обвела узор, используя чернила Tinta sepia, а также белые чернила Tinta. После обводки я раскрасил изображение и сделал тиснение на открытке.Для создания пунктирных линий на границе использовался инструмент для тиснения пуансоном.

 

Мне нравится это изображение лесных фиалок, такое мягкое и красивое, что я не могла устоять перед шелковым бантиком! Я обвел узор зелеными чернилами Tinta, фиолетовыми чернилами Tinta, а также белыми чернилами Tinta. Это изображение было сначала раскрашено цветными карандашами, а затем акварельными карандашами. Цветные карандаши работают как основа при нанесении масла Дорсо. В книге даны пошаговые инструкции по этой технике.Этот паттерн также проиллюстрирован на DVD Pergamano – The True Passion.

Мне тоже нравится это изображение тюльпана, цвета такие красивые. Я нарисовал его, используя ту же технику, что и древесные фиалки. Для стеблей использовалась зеленая краска Tinta, для рамы использовались белые и золотые краски Tinta. Для тюльпана не используется калька или чернила, он полностью окрашен круглой кистью № 2 Pergamano. Внутренняя сторона открытки обшита пергаментом цвета слоновой кости. Я обвязала золотым шнуром линию сгиба.

Не могла определиться, какая картинка мне больше нравится, поэтому вставила обе в пост. Мне очень нравится глубина, которой я достиг на стебле и листьях; с большей практикой, я чувствую, что моя живопись улучшится. Тюльпан и листья тиснены как с обратной стороны, так и с лицевой (три задних лепестка тюльпана тиснены на лицевой стороне бумаги для придания иллюзии глубины, а также части листьев). Тиснение на бордюрных свитках хорошо видно на этой фотографии, использовалась техника растушевки (рассказанная в предыдущем томе).

Это коробка, в которой находятся вкладыши Perga Liners.  Я положил свою карточку с бабочкой в ​​нижний правый угол коробки. Как видите, изображение бабочки, использованное в книге, находится на обложке Perga Liners.

На этой фотографии показано, как выглядят карандаши. На акварельных карандашах черным цветом выгравированы буква «А» (акварель) и цифра. На цветных карандашах нанесена белая гравировка с буквой «В» (основа) и координационным номером.Цифры на акварельных карандашах совпадают с цифрами на цветных карандашах. Во всех узорах Pergamano даны инструкции, какие цвета следует использовать с узорами, что позволяет очень легко дублировать цвета в оригиналах.

Я вернусь позже на неделе, чтобы поделиться своими фотографиями и поездкой в ​​Теннесси. В следующем месяце моя 27-я годовщина свадьбы. На этой неделе я работал над дизайном в честь июньского месяца (месяц свадьбы в моей книге… LOL!).Если у вас намечаются свадьбы или вы просто любите свадебный дизайн, вы не захотите пропустить этот пост. Надеюсь, я подготовлю его к концу этой недели, если нет, то в начале следующей недели.

Покупки:

Прикосновение благодати — Бутик бумаги

• Техники – шаг за шагом – том 5
• Пергаментная бумага
• Карандаш для картирования
• Оттеночные чернила (белый, листовой зеленый, сепия, фиолетовый, золотой, желтый)
• Подушка для тиснения
• Перфорирующая прокладка
• Подушка для резки
• Инструменты для тиснения (большой шарик, маленький шарик, тонкий стилус, сверхтонкий стилус, очень маленький шарик)
• Инструменты для перфорации (1 игла, 2 иглы, 4 иглы)
• Инструмент для тиснения перфоратором
• Ножницы для пергамента
• Клей Perga
• Перга Мягкая
• Вкладыши Perga
• Пергамано Круглый №2 Щетка
• Губка
• Масло Дорсо
• Белый карандаш
• Пергамано – Истинная страсть

Большое спасибо за визит, я очень ценю, что вы заглянули.